To all students

This blog site serves the purpose of collecting your comments and questions about the Course.  I hope that it will also act as a useful forum for you to exchange information and thus learn from each other.

I will monitor the site regularly and will reply to comments and questions as promptly as I can.

E Gherardi

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720 Responses to “To all students”

  1. giuliop Says:

    Am i really the first one writing on this blog?? Quite incredible, i usually am the last one doing this stuff..ohoh. There are not too many things to discuss about since there have been just tree lessons till now, but i want to express my (first) impression about the course: so intresting! i never had to force myself paying attention and never missed a word. And THIS is really UNusual. I also have to say i really think it’s a good idea using a blog to communicate each other, hoping someone will use it this year. And if someone now thinks i’m exaggerating or i’m doing this for a free beer, the answer is: obviously!! haha just kidding.
    byebye and don’t ask me why i wrote in english…

  2. Cinzia Says:

    Ciao a tutti sono Cinzia e volevo farvi una domanda: partendo dal presupposto che esistono diversi alleli per i complessi di istocompatibilità maggiore nell’uomo, volevo sapere ciò che differenze comporta. A lezione mi è parso di capire che ognuno riconosce un frammento di peptide diverso dello stesso antigene.. E’ vermanete così? Grazieee

  3. Francesca Says:

    Good morning at all, is there someone that can indicate me where I can found the book on Max Perutz by Marta Paterniti (isn’t so?)
    So I will have pleasure to present it to my collegues…
    thank you!

  4. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Francesca,

    The details of Marta’s book are:

    Piccole Visioni: La Grande Storia di una Molecola
    by Marta Paterlini
    Codice Edizioni: 2006. 263 pp. € 19.00

    If you are interested in reading my review of the book, I can send you the pdf. It was published in Nature in September 2007.

    Ermanno

  5. Sata Says:

    In risposta a Cinzia, credo sia come hai capito tu a lezione. Vorrei verificare qui invece seun esempio di questo lo ritroviamo nei CDR o peptidi ipervariabili nelle IgG, attracchi di complementarietà. A seconda del variare di questi, attraverso comunque una stessa impalcatura, c’è la possibilità di”attracco” per differenti antigeni. Grazie.
    Marco.

  6. luisa Says:

    Ciao! Sono luisa…
    Più che due domande avrei due buchi negli appunti…
    1. Ho seguito il discorso per cui qualcuno pensò di mettere assieme un linfocita B e una cellula tumorale per formare un ibrido con le caratteristiche ottimali di entrambi…poi però mi sono distratta fino a quando, troppo tardi, la frase “Bisogna però uccidere i genitori” mi ha decisamente risvegliata. Ehm..cosa voleva dire?Dobbiamo eliminare le 2 cell di partenza semplicemente per isolare quelle ibride, che ci interessano? E, in questo caso, se il linfocità tanto muore da solo in breve tempo, come distruggiamo la cellula tumorale, sicuri di non danneggiare anche l’ibrido?
    2. Nella tecnica per determinare l’affinità Ab/Ag, che utilizza Ag solubili e registra il precipitato in relazione alla quantità di Ag aggiunto alla data quantità di Ab…perchè quando l’Ag diviene in eccesso il precipitato diminuisce? Chissà perchè io mi aspettavo di avere un grafico simile alla saturazione, per cui quando tutto l’Ab era stato legato dall’Ag e quindi precipitato, semplicemente non se ne sarebbe più potuto formare dell’altro…e invece? Grazie! Luisa

  7. Sata Says:

    Ciao Luisa, in risposta ai buchi da rattoppare (sperando di esserti utile^^):

    1.Per prima cosa devi pensare che ogni 1.000/10.000 cellule genitrici si ottiene un Ibrido. Il motivo per cui si devono uccidere le cellule genitrici sta nel fatto che se no non si dà la possibilità alle cellule ibride di crescere e svilupparsi. In pratica non sarebbe poi possibile recuperare gli ibridi utili per il vaccino tra le migliaia di cellule capostipiti. Per l’altro punto, quello riguardante l’eliminazione della cell tumorale, la risposta sta nella tecnica usata, ossia l’uso dell’enzima inibitore Aminopterina che nel mezzo HAT va a eliminare le cellule del mieloma tumorale mentre lascia intatte le cellule ibride . infatti queste vanno a saltare, per così dire, l’ostacolo dell’aminopterina che inibisce le vie di produz di nucleotidi trifosfati per la sintesi di DNA, usando quelle che il prof ha chiamato “le 2vie di salvataggio”, ossia l’uso dei due substrati Ipoxantina e Timidina che sono state aggiunte nel mezzo HAT. In questo modo le cellule ibride continuano ad avere la possibilità di crescere e “vivere” mentre le cellule tumorali no.

    2. Per quanto riguarda questo punto io ho segnato sui miei appunti che occorrono condizioni stechiometriche ottimali per questo processo e che le quantità di Ag e Ab siano calibrate, ossia nè eccesso di antigene nè di anticorpo affinchè il precipitato sia ottimale..

    Marco

  8. Cinzia Says:

    grazie sata!! Meno male che ci sei tu a risp!!

  9. shel Says:

    ciao a tutti sono shel e vorrei fare una domanda su quanto riguarda la reazione di aggluttinazione più precisamente com’è sfruttata nella malattia emolitica del neonato. Ho pensato di aver capito in lezione, ma a casa… grazieeeeee

  10. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Shel,

    We will discuss again the haemolytic disease of the newborn (in terms of the immunological mechanism of disease) in the lecture on Blood Groups.

    Ermanno

  11. Letizia Says:

    ciao scusate, avrei bisogno di un’illuminazione, anzi di più…1 qualcuno conosce la traduzione di “swine erisiphila” in italiano? 2 L’ esperimento di Tonegawa: cosa accade durante l’ibridizzazione in campo elettroforetico, in quali cellule avviene la ricombinazione e come? 3 nel determinare l’affinità tra Ag Ab, l’affinità, quindi la quantità di complesso legato è misurabile nella differenza tra le curve? Qualche illuminato risponda, per favore..

  12. Sata Says:

    Ciao Letizia, spero di esserti un poco di aiuto..
    1. Ho cercato qua e là e ho trovato in rete questa cosa: “Erysipelothrix rhusiopathiae, also known as insidiosa, is a rod-shaped bacterium which was identified more than 100 years ago as the etiologic agent of swine erysipelas that cause infection in several dozen species of mammals and other animals, then humans through contact.”
    Che tradotto è…Erysipelothrix rhusiopathiae, conosciuto anche come insidioso, è un batterio a forma di bacchetta, che è stato identificato più di 100 anni fa, come la peste eziologica agente di erisipela che causano infezioni in diverse decine di specie di mammiferi e di altri animali, allora l’uomo attraverso il contatto.

    2.Da quel che ho capito in campo elettroforetico Tonegawa puù spezzettare i frammenti di DNA e può ibridizzare i frammenti; con l’aggiunta di sonde può verificare l’esperimento. Risultato di tutto è che la ricombinazione avviene solo nelle cellule somatiche differenziate che proprio per questo si possono ricombinare, mentre in quelle embrionali, non ancora differenziate e che non produce ancora anticorpi non avverrà ricombinazione, i segmenti sulla seconda sonda della porzione V e parte C rimarranno invariati..

    3. Credo ti riferisca al primo esperimento per definire l’affinità, quella di dialisi. Appunti alla mano: La concentrazione di antigene è data dalla differenza tra le due curve. Se non legano infatti le due curve corrono parallele e non è possibile fare alcuna differenza.

    Spero di esserti stato di aiuto..ogni correzione a quel che ho scritto è oro visto che così correggo anche i miei appunti. Grazie^^

  13. Letizia Says:

    tu sei il mio mito! Grazie

  14. Sata Says:

    Negli esperimenti del GVHD sono segnate tre “forme” o tre prove per meglio dire. nell’ultima che riguarda l’adulto, una mia amica mi ha fatto notare che viene specificato più volte “adulto irradiato” e ci siamo chiesti il perchè. Ho cercato qua e là e spero che sia utile anche a voi:

    Il link è: http://www.bag.admin.ch/transplantation/00697/01681/02858/03631/03632/index.html?lang=it

    Spero sia utile. ^^

  15. Cristina Says:

    Ho letto e poi discusso con Sata ciò che c’è scritto nel link riportato sopra da lui stesso..Pare che le radiazioni, in quanto in grado di distruggere il sistema emopoietico, siano in grado di aumentare la tolleranza nei confronti di un eventuale trapianto. Ciò vuol dire, per quanto riguarda il terzo esperimento del GVHD, che nonostante gli adulti siano stati irradiati il trapianto con linfociti allogenici causa la GVHD nell’ospite?!E nel caso in cui l’adulto non sia irradiato, cosa succede?
    Grazie^^

  16. Sata Says:

    Rileggendo mi pare di capire che dp l’irradiamento con successivo trapianto, il ricevente sviluppa una tolleranza verso il donatore.
    Credo che a questo punto l’irradiazione sia una tappa obbligata per la possibilità ti trapianto nell’adulto. Certo nell’embrione sarà differente in quanto il suo sistema immunitario è ancora in fase di sviluppo e può essere “abituato” finchè non inizia a svilupparsi completamente.

  17. Luisa Says:

    Ho pensato un po’ agli ultimi commenti fatti sul GVHD, e riguardando gli appunti credo di aver capito qualcosa.
    Secondo me non dobbiamo confondere la risposta immunitaria del ricevente del trapianto verso il tessuto allogenico, con la risposta immunitaria del tessuto verso il ricevente: il GVHD appunto.
    Nel primo caso, come dicono Marco e Cristina, certo è molto meglio irradiare il ricevente, per deprimerne la risposta di rigetto. Questo irradiamento però, dal punto di vista del GVHD, non può essere che dannoso.
    Nel caso infatti di risposta immunitaria da parte dei linfociti del tessuto trapiantato verso il ricevente, l’estensione del sistema immunitario del ricevente gioca un ruolo fondamentale, e questo risulta chiaro anche dalla seconda prova del GVHD sulla F1: “Se il numero di cellule trapiantate è sufficiente, l’animale muore entro 2-3 settimane”. Cosa vuol dire “é sufficiente”? mi sono chiesta. Secondo me tutto è basato sul rapporto tra la “capacità immunitaria” (ho inventato ora questa parola, sperando di rendere l’idea) del tessuto e quella del ricevente. Se il tessuto contiene 100 linfociti (per fare un esempio, ovviamente) e l’organismo del ricevente ne contiene 100000, ci sarà probabilmente un GVHD, ma con effetti neanche visibili probabilmente. Se invece i 100 linfociti del tessuto hanno a che fare con un sistema immunitario depresso, o rudimentale come nel caso del neonato, allora la loro reazione di rigetto dell’ospite sarà senz’altro visibile, se non letale.
    E questa è la stessa cosa che dicevamo alla lezione sui gruppi sanguigni: il rischio minimo di danno in una trasfusione di sangue da un soggetto A a un soggetto AB può aumentare con il volume di sangue trasfuso. Anche in questo caso infatti abbiamo una reazione di GVHD da parte degli anticorpi anti-B del soggetto A.
    Mi viene in mente allora alla fine che forse le condizioni ottimali per un trapianto allogenico siano quelle di irradiare sia il ricevente, sia il tessuto da trapiantare. Chissà se si può fare, o se si fa già…
    Mi raccomando Sata, tu che sei il re del blog ormai, correggimi se ti sembra che abbia detto delle stupidaggini! Ciao a tutti…

  18. Sata Says:

    Il re mi sembra eccessivo^^
    Dopo questo rispostone direi che se ci fosse uno scettro sarebbe tuo di certo!

    Tornando al discorso.. ogni cosa che hai scritto credo sia esatta e ti ringrazio perchè mi hai messo insieme certi punti fondamentali per capire. Le osservazioni che hai fatto mi sono d’aiuto. Dal link che ho fornito credo che quello che dici nel tuo ultimo punto già si faccia o sia in procinto di miglioramento, il che è un gran passo per le frontiere del trapianto e delle varie “malattie” o effetti dannosi legati ad esso.
    Qualsiasi chiarimento o curiosità prego il prof quando ha tempo di postarlo visto che sembra un argomento molto seguito. :-)

  19. Francesca Says:

    grazie sata, e agli altri che hanno postato: i vari confronti e sono proprio davvero tanto utili!!!
    Francesca

  20. Ambra Says:

    Ciao a tutti!
    Vedo che ci sono degli assidui frequentatori del blog! Bene bene, vediamo di sfruttarvi un po’ agh agh agh!
    Avrei bisogno di una mano su alcuni punti.
    1) Ho letto i vostri commenti sull’esperimento di Tonegawa, scusate se lo riprendo ma continua a non essermi chiaro. Da quanto ho capito serve a dimostrare che la ricombinazione avviene solo nelle cell che producono anticorpi. Quello che l’amico T fa è usare il Dna di una cell neonatale (che quindi non produce ancora anticorpi) e di una cell di mieloma (che li produce). A questo punto li taglia, li ibridizza e li fa migrare in campo elettroforetico. Qui sta il punto: la migrazione in campo elettroforetico mica dipendeva dal peso molecolare? Ricordo male io?
    Perchè, se è così, non mi spiego il resto. A questo punto i miei risultati sono: per la cell neonatale la migrazione in un solo punto della sonda C e in 2 della sonda V, che vorrebbe dire che la sonda V è migrata su due geni di peso molecolare diverso, cioè due geni diversi. La sonda V e quella C nella cell di mieloma, invece, migrano nello stesso punto. Questo vorrebbe dire che le due sonde migrano su un gene dello stesso peso molecolare, cioè lo stesso gene.
    Ho il forte dubbio di aver scambiato le due cose o, più probabilmente, di non aver capito l’esperimento.

    2)Una seconda cosa riguarda il ciclo vitale dell HBV. Non ho nulla sugli appunti e sulle dispense non riesco a capire bene. Coma fa a replicarsi? Magari non è molto significativo per l’esame, ma vorrei capire…

    Grazie a tutti in anticipo! :)

  21. Sata Says:

    A spiegarlo così a parole semplici mi sa che si fa solo una gran confusione perciò credo sia più utile trascrivere questi appunti che ho cercato per capirci un po di più di questo esperimento:

    Esperimento di Tonegawa: con questo esperimento scoprì la posizione dei geni per Ig e il meccanismo alla base della formazione di anticorpi a partire da un piccolo numero di geni; prese in considerazione cellule embrionali e linfociti B tumorali. Confrontò la posizione dei geni V e J che codificano la porzione variabile delle catene leggere. Osservò che nelle cellule embrionali esistono 40 geni per V e 5 geni per J e che questi sono distanti fra loro lungo la molecola di DNA. Nelle cellule B tumorali invece esistono un solo gene V e un solo gene J e che questi due geni sono vicini nella sequenza.

    Questa è la spiegazione che cercavi per quanto riguarda la “posizione” delle sonde, ricordando che la 2° sonda comunque è più lunga della 1° e copre sia il segmento C che V in parte.

    Per quanto riguarda l’epatite B invece so di mio, se può essere utile, che non attacca direttamente gli epatociti ma questi vengono danneggiati solo a causa dell’attivazione della risposta immunitaria. Può risolversi grazie alla formazione di anticorpi protettivi HBsAb, oppure diventare un’epatite acuta con possibilità che diventi cronica—>portatore sano. (tutto ciò non è tratto dai miei appunti presi in classe ma da quello che so, perciò se sbaglio sono ben felice di ogni correzione!^^).
    Passando agli appunti: tra i vari geni della sua catena DNA c’è un gene importante per l’identificazione della subunità utilizzabile per il vaccino che è l’HBsAg che codifica per 3proteine, 2 utili per l’immissione in circolo del virus e 1 che è il virus vero e proprio in sostanza. Quest’ultima proteina è idrofilica solo per una 60ina di aa e si è visto che gli Ab protettivi sono diretti esclusivamente verso questa parte.

    Spero sia utile e comprensibile…

  22. Ambra Says:

    Ops, allora ho scritto male qualcosina su Tonegawa… quindi intanto erano geni V e J, non C. Il resto ci medito sopra. Grazie mille, è stato molto utile! Io non sono così rapida a prendere gli appunti, wahhh!

    Alla prossimaaa…^_^

  23. Luisa Says:

    Qualcuno ha capito la distinzione in due fasi dell’ipermutazione somatica? Grazie…

  24. Sata Says:

    Nella prima fase ci sono riarrangiamenti VDJ numerosi ma per lo più “silenziosi” sia nella VH che nella VL, infatti la VDJricombinasi riesce a “mettere in gioco” i riarrangiamenti al meglio delle sue possibilità.

    In fase2 invece, successivamente, attiva un numero considerevole di mutazioni, tanto che si arriva a un cambio di 1base ogni 1.000 o più. Questa è l’Ipermutazione somatica vera e propria. Solo nei geni per gli anticorpi e solo nei segmenti V, cosìcchè impiega molto meno tempo a dividersi e modificarsi. Se operasse su tutte le basi impiegherebbe minuti e sarebbe svantaggioso in una risposta anticorpale.

    La prima risposta all’Ag sarà dunque più lenta e meno pronta, molti IgM hanno switch in IgG. Nella seconda risposta invece Saranno prodotti meno IgM ma molto più velocemente e con affinità maggiori.

    Spero che sia questo quello che chiedevi. Se ho sbagliato qualcosa perfavore correggete, grazie. ^^

  25. Luisa Says:

    La tua spiegazione, Sata, va benissimo, anche se per la verità io non intendevo chiedere questo…Quello che non capisco è la figura (mi sembra numero 6) di quel capitolo sull’ipermutazione…Sai quando l’AID deammina una citosina trasformandola in un uracile a livello della sintesi di DNA: nella fase 1a mi pare che, in assenza dell’enzima UDG, la mutazione possa risolversi nella sostituzione della coppia C-G con la coppia T-A, e fino qui ci siamo. Ma nella fase 2, che sta sulla destra, del patch repair? Tra l’altro …è effettivamente una “fase 2″ nel senso che segue la 1, o è in alternativa alla 1?

  26. Sata Says:

    …io ho scritto che con la codifica per l’enzima uracil-DNA-glicosilasi, l’AID converte C in U nella catena che originariamente sarebbe CAA in UAA (codone di stop), ma l’enzima poi elimina l’U dal DNA e aggiunge un’altra base che può far ritornare la catena corretta originale oppure può risultare diversa, perchè non ha basi su cui basarsi (scusate gioco di parole).
    La maggiorparte dell mutazioni così ha effetto deleterio, ma essendoci un pool così elevato c’è sempre la presenza di almeno una variante vantaggiosa con un aumento di affinità maggiore. —->vantaggio selettivo.

    Guarda lo scrivo ma lo andrò a studiare per bene così al max mi autorettifico perchè mi rendo conto che potrei fare un bel minestrone di informazioni qui^^

  27. Luisa Says:

    Grazie Sata…nel frattempo, se ti può essere utile, e se può essere utile a tutti, mi è sembrato di capire che a seguire la fase 1a è la 1b, e cioè quello che dici tu: formazione di un sito abasico e correzione (se l’AP endonucleasi e la 5’desossirbofosfodiesterasi hanno il tempo di farlo) o sostituzione della coppia C-G con una qualsiasi delle altre combinazioni(se gli enzimi di prima non fanno in tempo a correggere, essendo magari la cellula in espansione clonale). Mi sembra invece che la fase 2 sia slegata dalla 1, e cioè che sia un altro meccanismo di riparo nei confronti delle mutazioni da AID: in questo caso alcune proteine come MSH 2/6 rimuovono tutto un pezzo (patch) del DNA in cui è avvenuta la mutazione, e lo ricostruiscono, basandosi sul filamento stampo. Credo… Speriamo che intervenga qualcun altro in questa discussione, a portare nuovi spunti, prima che io e Sata cominciamo a inventare delle cose allucinanti, per far quadrare tutto a tutti i costi!

  28. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sata, Cristina and Luisa,

    Re: Your entries in the journal concerning GVHD

    You queried and discussed the procedure and/or the significance of the GVHD that develops in adult, irradiated hosts.

    Irradiation of an adult organism with a suitable dose is an experimental tool used in order to induce a state of immunosuppression (typically a dose of 850R is used for whole-body irradiation of a mouse where the R (Roentgen) is an old unit of radiation dose and corresponds to ~ 9.330mGy). The reason for this is that the cells of immune system have a high turnover, and hence a high mitotic index, and thus are particularly sensitive to radiation damage. This is the same principle of course that underlies the use of radiation therapy in human cancer.

    An adult, irradiated host accepts allogeneic grafts because it lacks a functional immune system but a graft containing lymphocytes in this host will cause GVDH because the lymphocytes of the graft are not destroyed by the immune system of the host, which are no longer there as they have been killed by radiation. Instead, the lymphocytes of the grasft attack host cells that they recognise as foreign.

    The severity of the GVHD depends on the number of lymphocytes grafted and, if the number is sufficient, the host as a result of the immune attack caused initiated by the graft.

    Ermanno

  29. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Shel,

    Re: Your query concerning the use of agglutination reactions for the diagnosis of the haemolytic disease of the newborn

    You posted an enry, before our lecture on Blood Groups, concerning the use of agglutination reactions for the diagnosis of the haemolytic disease of the newborn. Do you still have queries about this point ? If you do please let me know and I will try and expand on this point before leaving for the USA.

    Ermanno

  30. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Ambra and Sata,

    Re: Your discussion of Tonegawa’s experiment

    Sata is correct explaining the probes used (the short one is a C probe, the long one is a V+J+C probe, which I did indicate as V+C for simplicity in our lecture).

    With DNA prepared from a cell that does not produce antibodies (duly digested with a restriction endonuclease and separated by electrophoresis) the short probe hybridises to the relevant V gene. As for the long probe, part of it hybridises to the same V gene and part hybridises to the C gene but these are distant in the chromosome and they reside on two different restriction fragments (hence two bands are highlighted).

    With DNA prepared from the antibody-producing myeloma cells (similarly digested and separated by electrophoresis) the short probe hybridises to the V gene. All of the long probe (and not just part of it) hybridises to the same restriction fragment because this fragment now contains the V and C genes close together as a result of gene rearangement/recombination.

    One final comment concerning the J segment. In theory, in the case of the cell that does not produce antibodies, you would expect the long probe to hybridise to three different fragments: V, J and C. In practice hybridisation is seen to two fragments (V and C). There are two reasons for this: the first is that the cluster of J minigenes is rather close to the C gene (see the link http://imgt.cines.fr/textes/IMGTrepertoire/LocusGenes/locus/human/IGK/Hu_IGKmap.html in lecture 11 of our Course) hence there is a strong chance that in DNA restricted with a variety of restriction enzymes J and C would reside on the same fragment. The second reason is that the J sequences are very short and, under the standard conditions in which hybridisation experiments are conducted, it is more difficult to reveal them (unlike V and C).

    Ermanno

  31. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Ambra and Sata

    Re: Your discussion concerning the replication cycle of HBV

    I am sure that you will cover this in depth in the Virology Course. The replication cycle of this virus is complex but, for the time being, you may take a look at the nice animation available on the web site of John Hopkins University:

    http://hopkins-gi.org/multimedia/database/intro_248_VB-04.swf

    Ermanno

  32. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sata and Luisa,

    Re: Your discussion of the role of uracil DNA glycosylase in the process of somatic hypermutation of antibody genes.

    I deliberately avoided discussing the processes that Michael Neuberger calls “phase 2 of somatic hypermutation” during the lecture because, for the sake of our Course, it is more than adequate if you understand phase 1 (a and b). I can, however, send you the .pdf of Michael’s review if you wish to read more extensively about phase 2; just let me know.

    With respect to phase 1, in a cell that lacks uracil DNA glycosylase only transitions can occur (C to T on one strand, G to A on the complementary strand) because the U is not removed from the DNA and is read as T. If the cell, however, expresses a good level of uracil DNA glycosylase the result is the generation of an abasic site that can lead to both transitions and transversions (if DNA replication occurs before the abasic site is repaired) This considerably expands the range of somatic hypermutation in terms of which amino acids can substitute the ones present in the initial VDJ or VJ rearrangements.

    Sata, the way you describe antigen-selection of higher-affinity binders from the pool of somatic mutants is both correct and effective. Many thanks to you, Luisa and all other students who are contributing to these discussions. I am very proud of the work of the students in Pavia, as I said at the end of the Course.

    Ermanno

  33. Sata Says:

    Thanks for the explanations cause they’ll be very important and usefull to complete my notes for exam and my personal knowledge of the matter.

    Good Easter to everyone! :-)

  34. Norma Says:

    Ciao a tutti! Mi chiedevo…ma la data dell’esame??? Sono la sola a nn saperlo ancora oppure davvero nn si è ancora deciso nulla di ufficiale?
    Grazie mille

  35. lorenzo Says:

    ciao a tutti.. avrei un paio di domande riguardo il corso:
    1_ quando si fa sto benedetto esame?
    2_ E’ indispensabile o utile comprare un libro di immunologia? ne ho sfogliati alcuni di sfuggita e mi sembravano molto diversi rispetto a come è organizzato il corso..
    se si (qui magari può rispoender emeglio il professor ghirardi) che libro si consiglia?
    grazie
    lore

  36. Sata Says:

    Ciao a tutti. Volevo chiedere…ma per l’iscrizione all’esame? Sulla sezione delle iscrizioni on-line nn mi pare di aver visto la data corrente…se qualcuno sa lo ringrazio di cuore.

  37. Corinna Says:

    Ciao Sata, in tua risposta, l’iscrizione all’esame è on-line. Non è ancora stata caricata sul sito la data in quanto solo oggi abbiamo avuto la definitiva certezza dell’orario ( c’era il rischio (!) che il professore fosse captato in una riunione proprio il 28 mattina, ma fortunatamente il pericolo è stato sventato) Quindi solo oggi il signor Piero Micheletti è stato informato sui dati da caricare, quindi confidando nella sua efficienza, ci potremo iscrivere a partire dalla prossima settimana. L’ordine sarà alfabetico, quindi niente corsa all’iscrizione. Saranno definiti i gruppi in base al numero degli iscritti. Spero di essere stata esaustiva :) Buon week end a tutti, Cori

  38. Corinna Says:

    Ciao Lorenzo! Hai scritto qualche giorno fa, quindi credo tu sappia che l’esame è il 28, cmq lo ripeto: lunedì 28 Aprile dalle ore 9 alle ore 12, divisi in 3 gruppi per ordine alfabetico. L’esame è della durata di 1 ora per ciascun gruppo e si terrà nell’aula Camillo Golgi dove si sono tenute le lezioni di immunologia.
    Iscrizione on-line disponibile in un futuro prossimo.
    Per il libro, prendilo, se non vuoi comprarlo, chiedilo in biblioteca (io ho fatto così!) Credo serva proprio per capire meglio la materia, perchè dà delle informazioni generali che aiutano a contestualizzare gli appunti del prof.
    Per quale libro….basta che vai sulla home page del corso del prof (a cui accedi per raggiungere questo blog) e c’è un link tra gli altri (books, mi pare) in cui ci sono tutti i titoli etc dei testi consigliati.
    Byeee, Cori

  39. Sata Says:

    Grazie mille cori^_^
    Sotto con lo studio allora!

  40. Corinna Says:

    Giovani, l’iscrizione è disponbile!!!

  41. doyle Says:

    can anybody tell me the definiton of attenuation and its role in vaccine development? thank you!

  42. Flip Says:

    Ciao doyle,
    l’attenuazione è una serie processi (T diverse da 37°C, passaggio in diverse colture ed ospiti) che rendono l’Ag meno patogeno conservando l’immunogenicità.
    Es importante è quello di Sabin per la poilio in sostituzione di quello inattivato di Salk

  43. Giovanni Says:

    Ciao a tutti, avrei qualche domanda da porvi:

    1) come si quantifica numericamente la risposta di un anticorpo ad esempio alle SRBC? qual’è l’unità di misura?
    (Cantor and Boyse’s experiment )

    2) http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/antig.html nella prima tabella fra le proprietà degli antigeni l’ultima voce è “ruote of administration” (via di amministrazione). qualcuno saprebbe spiegarla con parole sue? da quelle due righe non si campisce molto.

    3) http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/agabint.html
    Dato che la tecnica di fluorescence quenching sfrutta la proprietà di fenilalanina, tirosina e triptofano di fluorescenza se colpiti da luce ultravioletta, quello che mi chiedo è: ma se si vuole misurare l’affinità di un anticorpo nei confronti di un antigene di natura proteica che contiene questi amminoacidi la tecnica non è valida? come si fa ad essere certi che la fluorescenza non sia dovuta agli amminoacidi dell’antigene proteico?

    grazie a tutti!
    Giovanni

  44. lilli Says:

    qualcuno può spiegarmi come si fanno gli esercizi che ci sono sugli esempi di esami pubblicati in internet? grazie !!!

  45. Valentina Says:

    ciao, mi potete spiegare lo squilibrio di linkaged locus MHC?
    e ho anche visto che nei topics del capitolo sugli anticorpi e i recettori delle cellule T e loci MHC chiede una stima del numero dei geni nei loci complessi….al che la mia risposta è “what??”
    Grazie..

  46. Luisa Says:

    Ciao a tutti…
    Per rispondere a Valentina: da un brain storming è risultato che secondo noi, essendo il locus MHC polimorfico, presenta diverse sequenze alleliche (superiori all’ 1%). Lo squilibrio di linkage rappresenta lo scarto tra il prodotto tra due frequenze alleliche che ci aspettiamo di ottenere in un incrocio, e la reale frequenza allelica risultante. Questo squilibrio è dovuto a siti preferenziali di cross over nei cromosomi.
    Per quanto riguarda il numero dei geni nei loci complessi…nelle dispense del professore su internet c’è una tabella, ma se vuoi il mio parere personale…non credo che mi metterò a fare un esercizio mnemonico così faticoso…al massimo non risponderò a quella domanda.

  47. Luisa Says:

    Avrei una domanda sull’autoimmunità: qualcuno ha capito perchè una malattia autoimmune sia trasmissibile da un soggetto a un altro, o a un animale, mediante Ab? Se io per esempio avessi autoAb che mi attaccano, che ne so…le articolazioni per esempio…trasferedo il mio sangue a un altro individuo, gli “attaccherei” la malattia autoimmune? I miei autoAb non verrebbero riconosciuti da lui semplicemente come Ag da “combattere” e distruggere? A me sembra assurdo, visto che le malattie autoimmuni sono soprattutto a base genetica…

  48. Luisa Says:

    Per rispondere a lilli: x gli esercizi sulla Ka, devi solo usare le formule, in questo caso Ka=K+1/K-1 quindi K+1=Ka x (k-1)=12 x 10^2
    Per il secondo esercizio sinceramente non ho capito neanch’io: sembra troppo facile fare solamente le combinazioni tra le coppie di cromosomi…
    Per il terzo esercizio…credo che tu debba solo contare le basi alla fine del lavoro della VDJ ricombinasi: se sono multipli di 3 (perchè ogni amminoacido è dato da 3 basi) danno un prodotto funzionale, se no la sequenza è out of frame e non si ha un prodotto funzionale.
    ciao ciao!

  49. lilli Says:

    per luisa:grazie mille!!!nn so cosa dirti per la questione dell’autoimmunità però ti confermo che l’esercizio 2 è banale genetica mendeliana!!!!!ciao!

  50. Sata Says:

    Ciao luisa, sulla storia dell’autoimmunità mi sono messo lì a fare un po di ragionamenti.. l’unica spiegazione è che questi anticorpi, o per meglio dire autoanticorpi siano diretti verso un certo target specifico, ad esempio quelli contro le cell beta delle isole di Langherans che danno diabete tipo 1,oppure contro la mielina nella sclerosi multipla. Probabilmente quando avviene un passaggio tra un paziente all’altro, e suppongo solo quando ci sia anche alto match o mascheramenti di qualche sorta, queste vanno ad attaccare cellule e tessuti specifici.. Ora, io ho letto che ci sn certi autoanticorpi che sanno travestirsi anche da ormoni per ingannare il sistema.. Alla base deduco ci sia un mascheramento in modo che non vengano riconosciuti come Ag..
    Non saprei comunque…questa è una mia idea..

  51. X Says:

    Ciao a tutti!
    Io avrei alcune domande e sarei molto grata a chiunque riesca a dirimere i miei dubbi:

    1. Nel capitolo dei trapianti, quando viene trattato il tema del riconoscimento e del rigetto di allotrapianti, la lezione riporta, come terza prova del fatto che TCR possono riconoscere antigeni (self o non self) esposti da MHC self o non self, la seguente frase:

    “the interaction between TCR and MHC in different crystal structures does not necessarily involve the same residues in the MHC molecules”.

    ciò significa che:

    TCR diversi di uno stesso organismo legano residui diversi di molecole MHC (quindi alcuni possono “sbagliarsi” a riconoscere come self MHC non self)

    oppure che:
    il sito di legame della molecola MHC con il TCR di linfociti T dello stesso organismo che ha prodotto l’MHC è diverso dal sito della molecola MHC che viene legato da un TCR di un organismo diverso da quello che ha prodotto la molecola MHC (qualora la cell. che presenta MHC venga trapiantata nel 2° organismo)?

    2.Nella lezione riguardante il complemento c’è la seguente frase:

    “C1q is an examer of three subunits, each of which is composed of three polypeptide chains (named A, B and C)”
    mi chiedevo: come fa un esamero ad essere formato da 3 subunità ciascuna fatta da 3 catene? 3*3 non fa 9 (quindi la molocola non dovrebbe essere un “enamero”)?

    3. Nel capitolo in cui parla della struttura di TCR e Ab, qual è il significato delle seguenti frasi:

    -local dyads relationships are present within or between individual segments,

    -the structure of the two antigen-binding sites (see below) are nearly identical except for a single side chain ?
    La traduzione non dovrebbe essere:
    -“legami locali bivalenti sono presenti all’interno o tra segmenti individuali”
    e
    -“la struttura dei due siti di legame per l’antigene sono praticamente identici tranne che per un singolo lato della catena”?

    Grazie a chiunque mi risponda!

  52. chiara Says:

    ciao !ho trovato questa domanda..metodi moderni per i vaccini tossodi?quali sono quelli moderni?e poi metodi per la produzione di anticorpi isotipo-specifici?grazie a tutti..

  53. Luisa Says:

    Ciao chiara secondo me i metodi moderni per la produzione di vaccini tossoidi consistono nel trattamento della tossina con formaldeide, mentre quelli classici sono quelli di von Bhering: filtrazione, ebollizione, centrifugazione…
    I metodi per la produzione di Ab isotipo specifici…in effetti forse non sono spiegati nelle dispense…io ho pensato però che una strategia potrebbe essere quella di mettere una certa proteina per esempio di una pecora in un organismo di specie diversa, per esempio nel pollo: in questo modo il sistema immunitario del pollo produrrà Ab isotipo specifici contro quella proteina…ciao ciao!

  54. chiara Says:

    grazie milla luisa!

  55. ovviamente Says:

    ma tonegawa era giapponese o cinese??

  56. Luisa Says:

    Io suggerisco orientale…

  57. X Says:

    giapponese (nato a Nagoya nel 1939)

  58. IgG Says:

    Non credo che sia un’informazione vitale,né tantomeno utile ai fini dell’esame,eh…;) senza offesa…

  59. ciuculaten Says:

    ma sei scemo??? mangi i sassi x vivere o è solo un passatempo?? ma chi sei?? ma come fai a non capire che era una provocazione???????

  60. IgG Says:

    E la mia era una pura risposta goliardica, non c’è bisogno di fare così…;) ;)

  61. Sata Says:

    Ciao ragazzi…qualcuno sa se domani c’è o no questa benedetta ade? ^_^
    E una volta stabilite le date…l’orario è quello di patologia?
    (penso siano domande un po comuni a tutti in questo momento eh..)
    Grazie mille!

  62. Ermanno Gherardi Says:

    To all my students in Pavia.

    First of all I am sorry that my other duties with the University of Pavia and your busy work schedule has meant that our Part II lectures (so called ADE) may have to slip to after the summer. Apologies for this.

    I am writing here, however, in order to comment on the statistics of your exam on the 28th April.

    The exam was entered by 179 students from year 2 plus one extra student from a previous year. We have not broken the magic target of an average score of 90% but the results have been excelloent nd I would like to offer my congratulations to all the students who have put a considerable amount of work in the subject.

    The pass rate has been 91.6% and I hope that the 15 students from year 2 who have not passed the exam on the 28th of April to re-sit it at the first available opportunity, ie June 9th. Four of them, in fact, were close to a pass and I am sure that they only need some extra revision, the other 11 students will need to cover more ground work.

    Of the students who passed the exam, a quarter obtained marks in the range 18/30 to 26/30, three quarters obtained marks above 26/30. I am of course deeply sorry for being unable to relate back to you individual marks but I am following the orders of your Faculty and University on this issue.

    I also confirm that the exam results will be posted tomorrow on the notice board in Palazzo Botta and that I have also sent a copy to Piero Micheletti in case he is able/willing to post the results online as well.

    Finally, in recent correspondence with Corinna (your valued representative0 we have agreed to go for a pub outing on Wednesday 14th of May. I would like to suggest that we meet at 6.00 pm at the main (outer) entrance in Palazzo Botta and I am aware that I promised to buy a beer to the three students who activated our blog. I intend to honour the promise of course, if the students in question turn up, but I hope that a number of other students may also wish to join an informal, Cambridge style, student-lecturer exchange.

    Meanwhile, I am delighted that the vast majority of you took Immunology very seriously and I know that you will not regret it throughout your future years.

    Ermanno

  63. Tonegawa Says:

    Sono d’accordo con ciuculaten!!!! IgG ma ti pare goliardica la tua risposta?!?!? non fa per niente ridere… Ma dove vivi?!?! nel mondo delle marmotte che confezionano la cioccolata?!
    Scherzo dai…
    Comunque verrò anch’io a bere la birra e vi illustrerò meglio il mio esperimento e la cerimonia di consegna del Nobel nel lontano 1987………..

  64. IgG Says:

    Dai,su, basta prendersela con me, il blog non è stato creato dal prof. per le zuffe…;) ;)

  65. JP Tods Leather Handbag Says:

    JP Tods Leather Handbag…

    I found your site on technorati and read a few of your other posts. Keep up the good work. I just added your RSS feed to my Google News Reader. Looking forward to reading more from you….

  66. . Says:

    abbiamo detto che la diminuzione della mortalità dal1200 circa al 1800 è causata principalmente dall’igene, l’alimentazione e le abitazioni; in secondo luogo dai vaccini. mi chiedevo se in qualche modo incidesse anche la selezione naturale…..al corso di genetica la prof zuffardi disse che le popolazioni africane presentano una maggiore resistenza all’aids..chi è meno resistente muore prima, ha una fitness pu bassa, qundi non si riproduce… non si puo considerare anche questo come peramentro, anche se sicuramente di gran lunga meno incidente rispetto agli altri?
    ps il corso è bellissimo. complimenti.

  67. stefano Says:

    ciao a tutti! vorrei rispondere a . dicendo che la selezione naturale influenza su periodi di tempo estremamente lunghi e ci vogliono centinaia e centinaia di anni per creare delle resistenze genetiche come quelle africane per l’aids e mi sembra assolutamente improbabile che dal 1800 all’improvviso la popolazione europea abbia sviluppato una resistenza per tutte le malattie infettive, solo per quelle soprattutto!!:-)
    inoltre non mi è molto chiara una piccolo aspetto della lezione di oggi:
    i recettori dei macrofagi essendo piu primitivi non riconoscono uno specifico antigene ma solo delle sequenze proteiche… allora com’è possibile che non attacchino le cellule del nostro organismo? esistono delle sequenze ripetute che si trovano in batteri e virus senza esser presenti in NESSUNA delle proteine di cui siamo fatti? scusate l’intervento straserio…
    ciao

  68. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Stefano,

    Your point about the role natural selection (or lack of it) in the control of infectious diseases in the Western world is obviously correct. What caused the change was clearly economic development, on the one hand, and its consequences on diet, housing and sanitation and the development of vaccination, on the other, at the very least for selected diseaseas.

    Your comment on the structural motifs recognised by Pattern Recognition Receptor (PRR) such as TLRs enables me to clarify this better than I did during the lecture. PRR are very ineffective at recognising protein antigens. The simple structures recognised by these receptors are, typically, non protein components of the bacterial cell wall, lipid components of certain viral envelopes, etc.

    I hope that this helps

    Ermanno

  69. ESTER Says:

    ciao a tutti,
    scusate avrei una curiosità riguardante le “caratteristiche generali degli antigeni”:
    nel paragrafo -Estraneità-, viene introdotto il concetto di Autoantigene e in questa categoria si annoverano (potenzialmente) Cornea e Sperma;
    avete capito in che senso queste strutture sono inaccessibili al sist. immunitario?

  70. Laura Says:

    http://news.bbc.co.uk/2/hi/in_pictures/7786491.stm i discorsi della prima lezione sulle malattie infettive mi hanno fatto pensare inevitabilmente all’ennesima tragedia che si sta consumando in questo periodo in zimbabwe…quando finirà tutto questo? buono studio a tutti

  71. stefano Says:

    Gentile professore,
    tutto questo continua a non essermi molto chiaro…
    in pratica quello che lei ha detto significa che il riconoscimento di virus e batteri da parte dei macrofagi e di tutte le cellule dotate di recettori PRR è estremamente generale e riguarda molecole non proteiche non presenti in quella forma nel nostro organismo…
    tuttavia riconoscendo un numero cosi limitato di molecole non è inefficace?
    stefano

    P.S. secondo me, patendo puramente da anatomia, gli spermatozoi in invaginazioni dentro le cellule del sertoli, per cui probabilmente il sistema immunitario non ha accesso ad esse… è chiaro che non possiedono le normali cellule mhc per non essere identificati come antigeni dall’organismo femminile e quindi l’organismo maschile le potrebbe riconoscere come non self… per quanto riguarda la cornea essa è nutrita dall’esudato dei processi ciliari che formano una barriera simili a quella dei glomeruli renali, in cui non possono passare cellule…non capisco perchè venga riconosciuta come non self però…

  72. ESTER Says:

    grazie stefano.
    quella degli spermatozoi mi sembra una valida spiegazione… non ci avevo pnsato.
    Sulla cornea lasciamo ancora aleggiare il dubbio
    ciao

  73. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Stefano,

    In reply to your further comment (re: the limitations of antigenic recognition by PRR). Of course if you look at this from the perspective of vertebrate immunity, the system is very primitive but if you compare a normal fly with a Toll mutant in which the gene has been inactivated you quickly realise how important this type of immunity is for an invertebrate organism.

    With respect to cornea, sperm, etc these are self antigens that, during development, the immune system does not encounter due to the underlying tissue anatomy (and therefore does not call as ‘self’). If, as a result of tissue damage, the immune system subsequently comes in contact with these cells it will treat them, therefore, as ‘foreign’ even though they are self.

    Ermanno

  74. stefano Says:

    grazie! dovrei iniziare a rileggere i miei interventi…:-))

  75. J.D Says:

    Ciao a tutti, avrei bisogno di qualche chiarificazione sull’esperimento di Mitchell e Miller. Se non ho capito male quando vengono iniettati anticorpi anti CBA e complemento, la distruzione delle cellule del bone marrow (CBA) porta a una diminuzione netta della risposta anticorpale, cosa che non succede con gli anticorpi anti C57BL/6 (che uccidono solo le cellule T). Da qui la deduzione che le cellule che producono anticorpi sono bone marrow derivate e quindi cellule B. Non capisco però come mai la risposta anticorpale sia invariata nel caso dell’anti C57BL/6 ab visto che questo trattamento uccide le cellule T (tra cui le Helper) neccessarie per una corretta risposta anticorpale…

  76. Re Julien Says:

    penso che ciò sia dovuto al fatto che la tecnica rivela le cellule che producono anticorpi. la piastra emolitica di jerne funziona perchè gli anticorpi prodotti da una cellula interagiscono con i globuli rossi del sangue di capra. quando si aggiunge il sistema complemento questo scatena una reazione emolitica contro i globuli rossi rivestiti dagli anticorpi prodotti dalle cellule. quindi quando si mette l’antigene anti linfociti T, la tecnica mostra un risultato uguale al controllo perchè i linfociti T non producono anticorpi, che non rivestono i globuli rossi del sangue di capra perciò la loro distruzione non è rilevata dalla lisi dei globuli rossi da parte del sistema complemento…
    io penso sia così ;-)

  77. Ermanno Gherardi Says:

    Dear JD and Julien,

    The reason why the antibody directed against T lymphocytes (ie the C57Bl antigen) does not diminish the antibody response in Mitchell’s and Miller experiment is that the T helper cells have already exerted their helper function in vivo before spleen cells are harvested and put in culture (please read again the details of the experiment on the web page).

    By the time the spleen cells are put in culture, and the helper function has occurred, the subsequent killing with antibody plus complement of either T cells (C57Bl antigen) or B cells + T cells (CBA antigen) directly establishes which cells produces the antibody. This is the bone marrow-derived B cells because the anti T cells antibody has no effect.

    Ermanno

  78. Re Julien Says:

    oh!
    grazie!
    non avevo capito proprio:)

  79. koch Says:

    ciao a tutti!
    sono giorni che mi scervello sull’esperimento di koch e ancora non l’ho capito…ormai è diventata una questione personale!!!
    quello che ho capito è che
    porcellino d’india sano–>inoculazione con batterio–>nel porcellino dopo 10-14 giorni si riapre la ferita che non guarisce fino alla morte (quindi il porcellino si è preso la tubercolosi?)
    porcellino d’india con tubercolosi (potrebbe essere lo stesso porcellino di prima?)–>inoculazione con batterio–> il tessuto circostante l’inoculazione diventa necrotico,ecc,ecc,cade e guarsice. il porcellino però ha lo stesso la tubercolosi, no?
    ma perchè poi la diagnosi della tubercolosi -che se non ho capito male si basa su questo esperimento- non porta gli stessi risultati?
    poi non ho neanche capito a cosa è dovuto questo fenomeno di koch!
    grazie!
    c

  80. J.D Says:

    1-Thk Prof.

    2. Koch, il porcellino dopo la prima inoculazione ha questa ulcera che lo accompagna fino alla morte (il poverino ha infatti la tubercolosi)

    se al porcellino già tubercoloso di suo (infettato 6 sett prima) viene iniettata una seconda dose di batterio la ferita guarisce (semplificando) ma lui la tubercolosi c’è la già. Cioè questa cosa non fa altro che dirti se l’animale ha contratto tbc è infatti un test dignostico.

    Questo è quello che ho capito, spero sia giusto

  81. elle Says:

    ciao a tutti!
    Da quello che ho capito il fenomeno di koch consiste in questo: nel porcellino d’india viene inoculato il bacillo. Inizialmente le ferite guariscono, ma dopo 14 giorni circa si apre un’ulcera che persiste fino alla morte dell’animale. Il porcellino in questione è malato. In seguito un porcellino che deve essere infetto da diverse settimane (quindi penso possa essere lo stesso porcellino) viene inoculato nuovamente con il bacillo e si ha necrosi del tessuto e guarigione solo di quella zona del tessuto, quindi è una risposta locale e non generale. per quanto riguarda la diagnosi della tubercolosi viene usata una piccola iniezione di tubercolina e si ha comunque un indurimento del tessuto(detto fenomeno di ipersensibilità ritardata), che poi guarisce. penso non dia la stessa identica reazione solo per la quantità somministrata, ma la tipologia è la stessa. Per quanto riguarda a cosa è dovuto, ho anch’io qualche dubbio. Il fenomeno di koch non è trasferibile col siero, ma con gli eritrociti quindi sarà dovuto a fattori necrotici secreti da queste cellule in risposta allo stimolo.

  82. elle Says:

    opss! penso di aver detto proprio una cosa sbagliata! :( scusate!

  83. elle Says:

    non volevo dire eritrociti, ma cellule del sangue periferico! scusate nell’enfasi ho sbagliato!

  84. koch Says:

    grazie grazie…!!!
    quindi: il primo porcelletto si prende la tubercolosi, al secondo guarsce solo l’ulcera, ma gli rimane la tubercolosi…
    mi rimane il dubbio per quanto riguarda il test diagnostico: che differenza ha rispetto all’esperimento? solo in dosi di tubercolina? perchè alle elementari ricordo di aver fatto il test…ma non mi sono presa la tubercolosi! :-)
    per quanto riguarda il perchè del fenomeno…non so!!!

  85. Ermanno Gherardi Says:

    Dear c (koch), JD and elle,

    I am very pleased that you have addressed Koch’s phenomenon in your correspondence because it is a very important immune reaction that medical students need to understand in full. The phenomenon is as described in our lecture:

    (1) Intracutaneous injection of M tuberculosis leads to a temporary wound and is followed, approximately two weeks later, by an ulcer that persists until the animal dies (general several months after the injection of the bacteria.

    (2) Re-injection, at another tissue site, of a second culture of M tuberculosis 4-6 weeks after the first injection, causes a different local tissue reaction, namely hardening of the tissue followed by necrosis, etc.

    This is the basis of the phenomen and please note the following extra points:

    (3) If the second injection consists of dead bacteria instead of live ones or tuberculin, the same local tissue reaction occurs. This is the basis for diagnosis of tuberculosis via the tuberculin test: PPD is injected intradermically and the appearance of the local reaction is noted: if the local reaction occurs this imply an earlier infection because the local delayed hypersensitivity reaction typical of the re-injection occurs only if the animal (or patient) has previously developed immunity to tubeculosis.

    (4) The delayed type hypersensitivity of the Koch’s phenomenon is very useful diagnostically (as you have correctly discussed) but does constitute fully protective immunity, ie the guinea pig will die any way of tuberculosis, whether the second injection takes place or not, but the reaction to the second injection establishes that the animal or patient had been previously infected and this knowledge is very important in the clinic.

    Ermanno

  86. koch Says:

    grazie!
    ma ancora non riesco a capire a cosa è dovuto il fenomeno di koch…
    sulle dispense c’è scritto che non è una reazione di anafilassi…dunque cos’è?

  87. elle Says:

    grazie mille!! :)

  88. Ermanno Gherardi Says:

    Dear c (koch),

    I understand your point (ie that you do not know yet the mechanism underlying the tissue reaction of the Koch’s phenomenon and the same is true for the mechanism leading to Richet and Portier’s anaphylaxis).

    We will cover these in a fortchoming lecture but the important point, for the time being, is that you get the basics right.

    Ermanno

  89. Koch Says:

    aaaaaaaaaaaahhhhhh!
    dunque è un “alla prossima puntata”!

    questo mi rende molto più serena!!
    grazie

  90. Grisù Says:

    nella lezione di oggi si è detto che grazie alla esclusione allelica i linfociti sono in grado di esprimere un solo tipo di recettore (per un solo antigene) in modo da avere una sola specificità…
    Ma non sarebbe più efficace in termini di risposta immunologica, avere più di un tipo di recettori in modo che una stessa cellula abbia la possibilità di riconoscere più antigeni? non vedo molto il lavoro dell’evoluzione in questa cosa…

  91. mukusuluba Says:

    ogni allele esprime una catena diversa ,non possono esistere più di un tipo di catena leggera e pesante su una cellula,ciò è impotante per mantenere la selezione clonale efficace e per una elevata specificità,(la quale impotante anche per una efficace agglutinazione e alta avidità(=affinità)),spero di essere stato d’aiuto
    P.S. per l’effetto sono necessari cellule del sangue in particolare linfociti T per questo non è un’anafilassi in cui è necessario invece il siero

  92. !!!! Says:

    oggi in classe girava voce che il professore gherardi sia stato candidato al nobel….. a quanto pare lo ha detto una ragazza di medicina che fa gli ultimi anni!….ne sapete niente?

  93. elle Says:

    Ciao a tutti! Volevo chiedere per quale motivo in alcuni individui si verifica il rigetto acuto e in altri quello cronico. Può essere dovuto al fatto che l’individuo che presenta il rigetto cronico è più immunocompromesso? E’ semplicemente dovuto ad una risposta cellulare lenta o può essere anche conseguanza di un non corretto uso di immunosoppressori?

  94. stefano Says:

    cosa significa che le reazioni allergiche possono essere trasferite attraverso il siero esattamente come l’immunità protettiva?se trasferisco in un individuo non allergico di un individuo allergico ad una data sostanza il primo diventa anch’esso allergigo? vi prego rispondete anche se sembra stupido!

  95. stefano Says:

    cosa significa che le reazioni allergiche possono essere trasmesse tramite siero esattamente come l’immunità protettiva?

  96. diphteria Says:

    Ciao!!

    vorrei provare a risp alla domanda di stefano: in base a quanto sappiamo fin’ora immagino che le reazioni da ipersensibilità siano dovute agli stessi identici meccanismi dell’immunità protettiva (profillassi) quindi coinvolgono le stesse molecole, cellule e mediatori chimici, che popolano il plasma.
    Gli “effettori” delle risposte allergiche sono sostanzialmente gli stessi (ma non i risultati!) perciò, se è possibile immunizzare un soggetto, tramite ad esempio sieroterapia, “passando” gli anticorpi contro una data malattia deve anche essere possibile trasferire le sostanze responsabili dell’allergia.
    cmq non ho la certezza assoluta che questo sia giusto, spero che ne sapremo di più con le prossime lezioni….

    vorrei ricollegarmi alla domanda di stefano e chiedere: se è possibile trasferire le allergie, può succedere che un individuo sviluppi un’allergia in seguito a trasfusione? e se fosse così, esitono dei meccanismi per impedirlo/prevenire?Chi soffre di forti allergie non è un buon donatore?

  97. diphteria Says:

    un’altra domanda mi tormenta!
    se in ogni locus MHC ci sono tre geni di classe I (A,B,C) ed ogni gene HLA>un recettore MHC, allora ogni cellula può esporre 6 (cellula diploide) tipi di recettore MHC e non uno??
    o c’è qualcos’altro che mi sfugge??

  98. marta Says:

    Ciao a tutti!!
    Che bella questa cosa del blog!!:)
    Volevo chiedere una piccola spiegazione, c’è una cosa che non mi torna nell’esperimento di Mitchell e Miller:
    Quando noi aggiungiamo ad una delle piastre l’anticorpo anti CBA uccidiamo solo i linfociti B oppure anche i T che espongono anch’essi l’antigene CBA oltre a quello CD57??
    Spero mi toglierete il dubbio!!
    Grazie

  99. Enrico Says:

    Scusate ragazzi la domanda stupida, ma qualcuno è in grado di tradurre questo pezzo? A me sembra che nella parte centrale manchi qualche verbo che faccia quadrare il tutto… Grazie!

    The “two genes – one polypeptide” hypothesis was proven correct in the mid seventies by N Hozumi and S Tonegawa who demonstrated that probes for the C or a V+C light chain mRNA hybridized with different restriction fragments of embryo genomic DNA but hybridized with the same restriction fragment in the case of DNA from the myeloma line. This experiment confirmed that a process of somatic rearrangement had occured in the antibody-producing cell.

  100. diphteria Says:

    ciao ragazzi,
    c’è qualcuno che può aiutarmi a risolvere questo dubbio: quanti recettori MHC possiede ogni individuo? UNO?? o 6?? I geni MHC sono 3 x cromosoma giusto? forse è banale ma io ho l’impressione che mi sfugga qualcosa di molto importante…
    grazie!!

  101. marco Says:

    ciao a tutti! provo a dare una mano

    @Enrico: la frase che ti interessa penso sia il pezzo in cui dice che hanno dimostrato che sonde ad mRNA per le porzioni C e C+V della catena leggera ibridizzavano con diversi (due) frammenti di restrizione nel Dna di cellule embionali mentre con uno solo nella cellula di mieloma.
    Io ho capito che questo è dovuto al fatto che nella cellula che produce anticorpi i due geni per C e V sono stati ravvicinati dal riarrangiamento genico, per cui essendo “attaccati” la sonda lega una sola volta. Nell’epatocita invece restano distanti e la sonda ibridizza due volte e hai due striscie.

    @diphteria: se un individuo è eterozigote può esprimere tutte e sei le MHC di classe I parentali e fino a 12 MHC di classe II perchè alle parentali si aggiungono 6 ibridi dati dalle combinazioni delle diverse catene alfa e beta i cui geni sono su loci diversi.

    questa è la mia versione, spero sia anche quella giusta :)

    quanto all’ultima lezione… non mi è chiaro come l’antigene nasconda la porzione data dalla variabilità genetica della MHC… modificazione conformazionale?

  102. koch Says:

    ciao!!!

    per enrico: l’ipotesi”2 geni un polipeptide” fu dimostrata corretta nella metaà degli anni settanta da quei due tipi che dimostarono che le sonde per l’mrna delle catente leggere C o v+C ibridizzavano, con differenti fragmenti di restrizione nel dna genomico embrionale, ma ibridizzavano con gli stessi frammenti di restrizione nel caso del dna proveniente da una linea tumorale. questo esperimento confermo che un prcesso di riarrangiamento somatico era accorso nelle cellule che producono anticorpi.

    per marta:se vai un pochino più in su re julien e jd e il prof hanno parlato di queste faccende.comunque io credo che si lisino entrambe le cellule del ceppo CBA, perchè la prova che le cellule B sono quelle che producono gli anticorpi viene dalla fase successiva, cioè quando si aggiunge l’anticorpo anti c57bl\6…bhò…io ho capito così almeno!

    per difteria (raga…sembro la scienza scesa in terra…!!!): mi sembra che l’anno scorso a genetica avevamo detto che i geni sono codominanti, quindi ugualmente espressi tutti e sei…

    non volevo sembrare saccente :-) c’erano tante questioni aperte!

    buona serata!!!

  103. koch Says:

    uhhhhhhhhh!!!
    abbiamo postato insieme!!!

  104. Laura Says:

    Ciao a tutti! Nella lezione di oggi si è parlato del fatto che probilmente le proteine che causano la risposta Rh non sono altro che dei trasportatori posti sulla membrana degli eritrociti. Mi chiedo come mai si abbia una risposta anticorpale solo nei confronti di questi trasportatori e non nei confronti di altre proteine transmembrana. Forse perchè solo queste sono caratterizzate da un’alta variabilità allelica? in ogni caso mi ha colpito ancora una volta il fatto che la natura tenda ad “andare al risparmio”, cioè ad utilizzare una sola struttura per più funzioni…

  105. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Grisu’ and Mukusulluba,

    re: your queries/comments of March 17th concerning the effectiveness of the clonal selection theory.

    There is extensive mathematical work (the maths is heavy but if you are interested in the details, I will give you the papers) demonstrating that the most effective way to build an immune system is to have a single receptor on each cell. In fact clonal selection theory algorithms are now implemented in the field of artificial machine-learning, pattern recognition, etc.

    Put is simply, the one receptor – one cell strategy that evolution has implemented in order to build the vertebrate immune system: (i) enables a sufficient density on the cell surface of each receptor species and, (ii) avoids positive selection of bystander receptors.

    Ermanno

  106. Ermanno Gherardi Says:

    Dear elle,

    re: your query/comment of March 20th on chronic graft rejection.

    Chronic graft rejection is the least understood of the mechanism of graft rejection if you compare it, for example, with the mechanism of hyperacute graft rejection caused by ABO incompatibility or to the mechanism of acute graft rejection caused by MHC incompatibility.

    For the sake of our course it is sufficient that you know that: (i) minor histocompatibility antigens have a major role in chronic graft rejection, (ii) both cell mediated and antibody-mediated responses are involved and, (iii) current immunosuppressive agents appear ineffective or incompletely effective in preventing an immune response that leads to a gradual loss of parenchymal cells and the onset of fibrosis characteristic of chronic rejection (as seen typically in kidney transplantation).

    In essence, a better knowledge of the immune response to a number of minor histocompatibility antigens is ultimately required in order to improve the understanding of chronic graft rejection.

    Ermanno

  107. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Stefano and diphteria,

    First of all I never thought in my life that I would write to some calling himself/herself diphteria.

    Concerning now your comments of March 20th and 22nd on the transfer of humoral immunity and certain types of hypersensitivity (for example anaphylaxis):

    What you write you write is correct, namely if you immunise animal A with diphteria toxin, wait a few weeks for a good antibody response to develop and transfer serum from animal A to animal B that has never before seen the diphteria toxin, animal B is now immune to the diphteria toxin because has received pre-formed, specific antibodies from animal A against the toxin. This is the basis for serotherapy.

    In exactly the same way (ie with serum) you can transfer from one animal to another the sensitisation to special antigens called allergens that would then cause an anaphylactic response in the recipient animal upon further contact with antigen. The antibodies responsible for the transfer of anaphylactic reactions are IgE.

    Ermanno

  108. Ermanno Gherardi Says:

    Dear diphteria,

    (I have already expressed my amazement at your choice of name and have nothing more to add).

    Concerning your question about MHC class I genes of 22nd March. First of all there are more than three class I genes (at the very least 6 are functional) but the A, B and C genes are by far most important due to their huge level of polymorphism and let’s limit the discussion to these three genes for the sake of simplicity.

    The product of each of the A, B and C genes associates with the invariant beta-microglobulin in order to form a functional class I protein. In homozygous subjects (very rare in outbred populations, like the human one) each cell thus expresses only one product of the A gene, one product of the B gene and one product of the C gene. In heterozgous the numbers are two, two and two, as I believe you imply in your comment.

    Please also remember that, as discussed in our lectures, each MHC alpha chain can bind a number of peptide antigens because these interactions (MHC-peptide) are of low affinity and low specificity compared, for example, to antibody-antigen interactions.

    Ermanno

  109. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Marta,

    re: your query on the Mitchell-Miller experiment of March 23rd.

    The anti-CBA antibody used by Mitchell and Miller killed both the bone marrow cells and the T cells. However the fact that the anti-C57BL/6 antibody caused no change on the antibody response led to the obligatory conclusion that the fall in antibody production due to the anti-CBA antibody was caused by its effect on bone marrow derived cells.

    Ermanno

  110. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Marco and koch,

    (another rather big name to carry).

    Your understanding of the Tonegawa experiment is spot on. Thanks for helping out Enrico. Enrico, there is nothing missing grammatically in my text on Tonegawa; the text is dense but correct.

    Ermanno

  111. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Laura,

    concerning your query on the anti-D antibody response posted earlier today.

    There is nothing unusual about this except the fact that evolution has produced a locus (the RH one) that, in 4 out of 5 people, contains a functional RHD gene whereas in 1 out of 5 it does not.

    The absence of the RHD gene does not have functional consequences so long as there is a functional RHCE gene but if cells expressing the D antigen are introduce in a D- subject, a normal immune system does what is programmed to do, ie it generates an anti-D response.

    Ermanno

  112. Ab-Ag Says:

    ciao a tutti,
    a proposito del processo di attenuazione di un virus o batterio, quali polio e tubercolosi a scopo vaccino… mi chiedevo:
    le mutazioni a carico del genoma immagino siano casuali… e quindi è teoricamente possibile creare oltre a dei ceppi attenuati anche altri alterati in modo opposto, ovvero a virluenza maggiore.
    Oppure i terreni di coltura sono attuati in modo tale da sfavorire la seconda possibilità?

  113. marta Says:

    Ciao a tutti…
    Leggendo a pagina 21 della dispensa ho trovato a proposito delle proteine MHC un paragrafo che parla del meccanismo di salvaguardia che serve ad evitare il legame tra MHC di classe II ed antigeni endogeni.
    Non ho capito molto bene come funziona il meccanismo della catena invariante…probabilmente per via del mio fantastico inglese :)
    Qualcuno ha capito?
    Grazie
    Marta

  114. Enrico Says:

    Ciao a tutti…
    Io non ho ben capito come Milstein e Koheler riescono a produrre delle linee tumorali HGPRT- o TK-. e soprattutto come, da queste linee, fanno a ritornare alla specificità iniziale della cellula B dalla quale erano partiti!
    Grazie!

  115. mukusuluba Says:

    è tardi ma vorrei dare un piccolo aiuto a a marta:chiedi a qualche tuo compagno il riotti perchè li c’è una fig. che è l’apoteosi della chiarezza(su questione catena invariante)inoltre spiega quasi tutti i dubbi qui sopra esplicitati

  116. J.D Says:

    Haloa! Avrei una domanda sui vaccini: si è detto in classe che quelli attenuati sono in gradi di fornire anche una immunità cellulare tramite i Tc, allora mi viene da dire che i batteri attenuati sono comunque in grado di infettare le cellule in modo che poi gli MHC classe 1 espongano sulla superficie gli antigeni estranei e scatenino risposta Tc…può essere plausibile?

  117. marco Says:

    dubbio: dal momento che l’mhc I è espresso ubiquitariamente, è possibile che un macrofago, cell dendritica o B esponga un antigene es. virale mediante mhcI invece che mhc II, e di conseguenza sia ucciso?

    e poi: è possibile distinguere tra un macrofago che ha degradato un virus, ed uno che ne è stato infettato?

    terzo: è corretto affermare che se un antigene virale è presentato da una cellula “normale” la cellula viene uccisa da un T citotossico ma non si innesca risposta helper, mentre quest’ultima si ha soltanto se l’antigene è presentato da un mhc II?

    Grazie molte

  118. ilaria Says:

    non riesco a capire come, nell’esperimento di Milsteiner e Koehler, si possano creare anticorpi con solo la specificità delle cellule B.

  119. marta Says:

    Per J.D.: Io ho capito esattamente come hai capito tu…il battere attenuato infetta le cellule che espongono MHC di classe I e attivano la risposta citotossica.
    Poi non so, attendiamo altre conferme…

  120. J.D Says:

    Grazie Marta

    Ilaria per far si che gli ibridi producano solo la specificità anticorpale B, si scelgono, prima della fusione con il linfocita, mielomi che hanno perso la capacità di sintetizzare le catene H e L. Così se questi non possono produrre Ab gli ibridi potranno produrre solo gli ab che derivano dalla cellula B

    Spero di non avere detto baggianate

  121. J.D Says:

    Scusate altra domanda: non sono sicuro di avere capito bene come funziona la vdj ricombinasi, l’enzima taglia in modo preciso le sequenze di riconoscimento che sono ai lati del segmento V,D,J e queste sono eliminate, poi però rimangono comunque alcuni nucleotidi prima del codone codificante e qui, a volte, la vdj può eliminare e/o aggiungere nucleotidi per creare una reading frame…è corretto?

  122. Enrico Says:

    Ragazzi, io non ho ben capito come Milstein e Koheler riescono a produrre delle linee tumorali HGPRT- o TK-…
    E il paragrafetto sul perchè questa tecnica è così efficace, per me è arabo… Qualcuno l’ha capito?

  123. Enrico Says:

    Altra cosa: qualcuno ha capito bene come agisce in gene AID nell’ipermutazione somatica?

  124. XY Says:

    Per J.D:Il taglio avviene tra sequenza codificante e sequenza segnale(dopo V e prima di J). La parte di sequenza che si trova tra i due geni è eliminata se l’orientamento trascrizionale di V e J è lo stesso, altrimenti viene invertita e mantenuta. A questo punto(a volte) la ricombinasi taglia un certo numero di nucleotidi sia a livello di V che di J in modo da equilibrare le delezioni ( ad es non taglia mai tutto da una parte).è possibile anche l’inserzione di nt de novo indipendenti dallo stampo. Tutto questo dà una maggiore variabilità. Spero sia giusto, ma ho anch’io qualche dubbio!

  125. elle Says:

    Buongiorno a tutti! volevo chiedere due cose: 1-Dove posso trovare The river di E. Hooper? L’ho cercato in tutte le librerie e non l’ho trovato!
    2- Non ho capito molto bene l’esperimento di Baltimore che ha permesso poi di individuare i geni RAG1 e RAG2!
    grazie mille!

  126. J.D Says:

    grazie XY però da quello che ho capito dal testo se le sequenze che si trovano tra i due geni hanno lo stesso orientamento trascrizionale (head to tail) le sequenze vengono invertite e reinserite nel cromosoma.

  127. XY Says:

    hai ragione! ho invertito le cose!grazie! Così sono spariti i dubbi

  128. XY Says:

    aspetta però poi dice che si verifica per la ricombinazione V e J che sono geni con orientamento trascrizionale opposto! c’è qualcosa che non riesco a capire!

  129. J.D Says:

    mm è vero…pero guardando pure gli appunti la cosa della inversione l’ho scritta per quando i pezzi sono head to tail…

  130. XY Says:

    anch’io ho scritto così negli appunti…

  131. XY Says:

    pensandoci mi sembra che sia logico il fatto che se le sequenza hanno orientamento opposto che l’eliminazione della sequenza in mezzo perchè in questo modo segue anche le restrizioni della ricombinazione… Però mi sa che ora sto andando proprio in confusione

  132. XY Says:

    ok sto anche ufficialmente scrivendo in una lingua sconosciuta..

  133. marta Says:

    Per Enrico: Mi sembra di aver capito che le cellule con geni HGPRT- o Tk- nascano spontaneamente perché è sufficiente una singola mutazione a inattivare l’enzima.
    Le nostre cellule mutanti vengono poi selezionate grazie all’utilizzo di analoghi del substrato dell’enzima che nelle cellule normali vengono incorporati nel DNA della cellula che quindi muore, nelle cellule senza questi enzimi invece gli analoghi non vengono incorporati e per questo essa sopravvive.
    A questo punto ibridizzi la cellula di mieloma con il linfo B e ottieni una cellula che da una parte è immortale e dall’ altra ti produce anticorpi. Ok??
    Introducendo quindi aminopterina nella coltura tu blocchi la via della sintesi dei nucleotidi della cellula di mieloma che, non possedendo nemmeno l’enzima per la salvage pathway muore.
    Spero sia chiaro e di non aver detto cavolate, altrimenti qualcuno mi corregga per favore…

  134. sidera444 Says:

    Ciao a tutti!!

    Nella dispensa del professore c’è un capitolo intitolato “Antibody-antigen interactions”.
    Un paragrafo di questo capitolo è intitolato “the interaction of antibodies with insoluble antigens”. In questo paragrafo la figura 7 è un esempio di possibile esercizio che può esserci in esame..ho provato a capire quale fosse il gruppo sanguigno dei vari soggetti…vi riporto quello che penso sia esatto…ditemi se voi avreste fatto diversamente o no…

    -soggetto 1: 0 RH+
    -sog 2: 0 RH+
    -3:0 RH-
    -4:A RH +
    -5:B RH+
    -6:0 RH+
    -7:AB RH+
    -8: B RH-
    -9: 0 RH-
    10:AB RH-
    -11:A RH+
    -12:A RH-

    Grazie a tutti!

  135. marta Says:

    Non capisco perchè durante la tarda risposta primaria debba avvenire lo shift a differenti combinazioni di geni!!
    Qualcuno mi spieghi!
    Per sidera: dando un rapida occhiata anche io avrei risposto allo stesso modo!
    Marta

  136. J.D Says:

    ciao a tutti altro dubbio: se faccio una trasfusione rh incompatibile (ma ab0 compatibile) avviiene emolisi o il complesso anticorpo-cellula sangue viene eliminato da macrofagi? dal quel che ho capito dovrebbe essere la seconda no?

  137. Enrico Says:

    J.D.: Credo che sia una combinazione di entrambi i fattori, ma credo che il contributo più importante sia dato dalla lisi Ab mediata… Anche se sulle dispense non lo specifica…

    Una domanda: quando si parla di trapianti e della comparazione del legame di un TCR con un MHC di tipo self (DR1) e uno non self (DR4) dice in pratica che la diversità dei MHC porta a legare in modo diverso l’antigene, ma che il legame con il TCR è lo stesso perchè i residui che cambiano tra il DR1 e il DR4 non sono accessibili al TCR… Fin quì tutto ok… poi però c’è qualcosa che non quadra, perchè dice che questo fatto lascia intatte le interazioni che stanno alla base della selezione positiva per il self MHC e offrendo una chiara spiegazione della cross- ed alloreattività!
    Ma come è possibile che ci sia selezione positiva, ossia i TCR che reagiscono con self MHC vengono fatti sopravvivere, se per i TCR tutti gli MHC sono legati alla stessa maniera, sia che siano self che non-self?
    C’è qualcosa che mi sfugge!

    Ma come mail il Prof. non risponde più?

  138. Elena Says:

    Ciao a tutti!!!
    Vorrei porre un quesito in merito alle sequenze di riconoscimento per la VDJ ricombinasi (cfr. table 3 della lezione “Primary repertoires of antibodies and T cell receptors”). A lezione il prof. aveva detto di correggere la sequenza substrato in posizione 5′ rispetto al segmento genico D della catena pesante H, e precisamente lo spacer (non di 12 nucleotidi ma di 23 nucleotidi)… ma confrontando sul libro (precisamente il Kubi) si dice che le sequenze di riconoscimento fiancheggianti i segmenti genici D (della catena pesante H) hanno spacer a 12 nucleotidi…pertanto se è corretto scrivere 9-12-7-D-7-12-9, cosa impedisce l’unione di V e D?
    Ciò che lo impedisce è forse la “regola” secondo cui inizialmente un segmento D si unisce a J, e il segmento DJ così ottenuto si lega poi con un segmento V dando origine a una unità VDJ che codifica l’intera regione variabile?
    Ringrazio chiunque voglia chiarire questo mio dubbio.

  139. Ermanno Gherardi Says:

    To all my students in Pavia.

    Dear All,

    I am back my laboratory in Cambridge after several commitments abroad and elsewhere in the UK and I am very pleased to see that you have continued to use our blog very productively.

    I will be tied up for the next couple of days in order to catch up with the work here but I plan to address all the questions that you have raised and may need clarification from me during the Easter weekend. Meanwhile, please keep up the good work.

    A very Happy Easter from me and I hope to see many of you again at the exam on April 27th.

    Ermanno

  140. J.D Says:

    domandina è vero che l’anafilassi di richet e portier è trasferibile con siero…ma è trasferibile anche con solo globuli bianchi? io credo di sì perchè trasferendo i globuli bianchi trasferisco i linfociti b, th e le mast cells responsabili della anafilassi…no? che ne pensate?

  141. sidera444 Says:

    Ciao a tutti!
    Ho 2 dubbi:
    -non ho ben compreso l’esperimento di selezione negativa per cellule T autoreattive introdotte per transgenesi di un gene che codifica un TCR specifico per un autoantigene (HY).

    -Il prof in classe ha detto che una possibile domanda di esame è :”Complessità dei repertori primari di anticorpi e TCR”..non ho ben capito come impostare la risposta..

    Grazie!!!

  142. J.D Says:

    Sidera credo che la risposta che si debba dare riguardi i processi che portano alla produzione di diversi bcr e tcr (attraverso i segmenti germinali e la vdj ricombinasi) e in più magari aggiungere quella parte sulla stima delle possibili combinazioni vh-vk-vl che si trova esattamente sotto il capitolo “factors determinig the size of the repertoire”

    spero di avere aiutato

  143. ff Says:

    la porzione costante degli anticorpi è uguale all’interno degli anticorpi di uno stesso individuo oppure è uguale in tutte le persone?

  144. ff Says:

    ciao sindera4444…non so….ho provato a fare l’esercizio sul sangue…sull Rh ci troviamo daccordo, ma sui gruppi sandìguigni tutto il contrario…..per es il soggetto 12 se agglutina con a significa che se gli faccio una trasfusione con un soggetto a il suo sangue agglutina….quindi non puo essere a!…ti prego dicorreggermi se dico stupidagini!grazie

  145. ff Says:

    cioe secondo me il 12 è b Rh-

  146. sidera444 Says:

    ciao ff….io ragiono così: consideriamo il soggetto 12: nel primo caso il suo sangue è mescolato con un anticorpo diretto contro l’antigene del gruppo sanguigno A e c’è agglutinazione: deduco che c’è l’antigene A nel sangue di questo soggetto; nel secondo caso il suo sangue è mescolato con un anticorpo diretto contro l’antigene del gruppo B e non c’è agglutinazione: deduco che non c’è l’antigene B nel sangue di questo soggetto; il terzo pozzetto conferma quanto detto (c’è agglutinazione con A). Per quanto riguarda Rh, nel caso del soggetto 12, il sangue è mescolato con un anticorpo antiD, non c’è agglutinazione, deduco che è Rh-…io ragiono così e penso sia giusto..

  147. sidera444 Says:

    Ciao a tutti!
    Nella dispensa del professore c’è un capitolo intitolato “Transplantations”.
    Un paragrafo di questo capitolo è intitolato “the basis of tissue typing”. In questo paragrafo c’è un esempio di possibile esercizio da esame..ho provato a risolverlo tutto…vi riporto quello che penso sia esatto…ditemi se voi avreste fatto diversamente o no…

    DP02: genotipo di A: A28 A3
    genotipo di B: B7 B44

    DP03: genotipo di A: A10 A11
    genotipo di B: B7 B45

    Grazie!

  148. ff Says:

    …giornata dubbi!!!!nella seconda fase dall’esperimento di tonegawa, cioe quando utilizza cellule che producono anticorpi ottiene una sola banda sia con la sonda del segmento v che con il segmento v c….perche?

  149. Ermanno Gherardi Says:

    Dear AB-Ag,

    Re: Your blog entry of March 25, 2009

    Your comment about attentuation and the effect of mutations on pathogenicity is correct: mutations introduced in a random manner into the genome of a pathogen could lead in some cases to increased pathogenicity, in other cases to reduced pathogenecity but preserved immunogenicity (the attenuated phenotype). Attenuation therefore is not merely a process of mutagenesis but one of mutagenesis and slection of the attenuated phenotype (mutants with increased pathogenicity are discarded).

    Ermanno

  150. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Marta,

    Your blog entry of March 25, 2009

    The safeguard mechanism preventing MHC class II proteins from loading class I peptides produced in the cytoplasm via the proteasome system and translocated into the ER by the transporters associated with antigen processing is a complex one.

    For the sake of our Course it is sufficient that you know that there is a molecular safeguard mechanism preventing promiscuous loading and involving an invariant chain that is subsequently displaced by bona fide class II peptides (if the class II protein encounters such peptides on its journey to the cell surface as a result of the fusion between secretory and endocytic vesicles in the trans Golgi compartment).

    Mukusuluba, thank you for suggesting to Marta a good schematic that clarifies this matter. I do not know the work that you quote (Riotti) but I trust from your comment that it is excellent.

    Ermanno

  151. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Enrico, ilaria, JD and Marta

    Your blog entries of March 27, March 31, and April 3 (re: HGPRT- and TK- myelomas, rescue of the antibody specificity of the B cell, etc).

    These topics are very important for the sake of the Immunology Course in Pavia so you must make sure that you understand them in full. The comments by JD (31 March) and by Marta (3 April) are spot on. Enrico and Ilaria, in case of further doubts please read through once more the lecture notes on Monoclonal Antibodies and, if necessary, submit a new blog entry.

    Ermanno

  152. Ermanno Gherardi Says:

    Dear JD,

    Your blog entry of March 29

    Your point about a cytotoxic T cell response against attenuated bacteria is perfectly valid (from an immunological point of view the consequences of infection by such bacteria are similar to those caused by a viral infection) but please remember that only some bacteria enter host cells.

    These include obligate intracellular bacteria such as Rickettsiae and Chlamydiae as well optional Intracellular bacteria such as Mycobacteria and Brucellae (and hopefully you will study all this in the Microbiology Course which at other Univerisities is taken before the Immunology one).

    The immunity to the vast majority of bacterial pathogens that multiply in the intercellular space is solely or antibody-mediated.

    Ermanno

  153. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Marco

    Your blog entries of March 30

    1. Virus-infected macrophages that present viral peptides to T cells are killed by antigen-specific T cell clones just like any other type of cell.

    2. I do not think it is very easy it is to identify a macrophage that has previously degraded a virus if virus degradation has occurred completely. It is very easy to identify a macrophage infected by a virus if you know the virus that you are searching and if you have probes for it (viral RNA or DNA sequences that you can use for hybridisation experiments or antibodies specific for the products of viral genes).

    3. Your statement is correct but I would not call cells that do not express MHC class II proteins as ‘normal’. I would simply say that whereas the vast majority of cells in the body of vertebrate organisms can only present endogenous antigens to cytotoxic T cells, some specific types of cells (including B cells and macrophages can also present exogenous antigens in association with MHC class II proteins and can thus initiate a T helper response).

    Ermanno

  154. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Enrico,

    Your blog entry of 1 April (reasons why cell fusion experiments are so effective in immortalising antigen-specific cells).

    In a lymphoid tissue involved in an antibody response, antigen-specific B cell clones are preferentially expanded (ie they proliferate). Next to these clones in the same lymphnode or spleen there are many other B cell clones that do not proliferate. These ‘resting’ clones are long-lasting cells that were involved in other immune responses in previous life. In summary, the B cell clones actively involved in the most recent antigen response are cycling (synthesising DNA and dividing) whereas the other cells are not.

    Somatic hybridisation experiments select for the dividing population of B cells. This means that dividing B cells are more likely to be immortalised by cell fusion compared to non dividing cells and, as a result, this enriches the somatic cell hybrids for antigen-specific clones. The basis for this selectivity is not entirely clear but the result is very clear, namely the frequency of antigen-specific clones among the hybrids is higher than the overall frequency of those cells in the tissue prior to fusion.

    Ermanno

  155. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Elle

    Your blog entry of 1 April (availability of Ed Hooper’s book ‘The River’)

    On Amazon you can still buy the book but it is considerably more expensive than the original cover price. This means that stocks are low.

    I would suggest that you check first with your local library and find out if they have a copy that you can borrow. Failing that I would write to Ed Hooper via his website (http://www.aidsorigins.com/) and explain that you are a medical student who would like to read The River but you cannot afford £ 49.99 for a copy of the first edition (1999) or £ 79.77 for a copy of the second edition (2000) (these are the prices from amazon.co.uk, I do not know if things are different on the Italian site of amazon). If all this fails, please let me know and I will lend you a copy from our library in Cambridge.

    Ermanno

  156. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Marta,

    Your blog entry of 4 April (shift to other gene combinations during the antibody response).

    The best explanation for this, as discussed in the classroom, is that the frequency of recombination of certain V segment is lower than others. At the time at which the system faces a new antigen, therefore, it may not have all the potentially useful VDJ and VJ rearragements in place.

    Consequently, the antibody response therefore is set in motion by the best B cell clones available at that moment but, as new antigen-receptors are constantly produced, if one or more or these can bind antigen they contribute to the response (and may even superseed the original B cells clones if the new antibodies bind antigen with better affinity and kinetics).

    Ermanno

  157. Ermanno Gherardi Says:

    Dear JD

    Your blog entry of 4 April (Rh incompatible blood transfusion)

    There are no anti-D natural antibodies of the kind that cause immediate aglglutination and haemolysis of red blood cells due to ABO incompatibility.

    If D+ cells are transfused into a D- subject, therefore, antibodies need first to be produced and the IgM initially produced mayl cause complement-dependent haemolysis. The majority of the anti-D antibodies, however, undergo a rapid isotype switch. Depending on the subclass. the resulting IgG may cause a certain degree of complement-dependent red blood cell lysis (IgG3 antibodies for example are good at complement fixation) but the main mechanism leading to the destruction of red blood cells by anti-D antibodies is their phagocytosis and degradation by spleen macrophages.

    Please note that, as a consequence, the extent of intravascular haemolysis is generally limited in the case of Rh incompatibility whereas it is substantial in the case of ABO incompatibility.

    Ermanno

  158. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Enrico,

    Your blog entry of 6 April (recognition of foregin antigens by TCR in association with self and non-self MHC)

    During their development, T cells are first selected for their ability to interact with self MHC (see Doherty and Zinkernagel). Next, this pool of cells is purged of clones that react against self antigen (see von Boehemer and P Kisielow). The mature repertoire, therefore, is one of T cells able to react with non-self antigen in association with self MHC.

    How do T cells, therefore, recognise foreign antigen presented by non-self MHC as seen in allogeneic grafts ?

    The explanation that I offered based on structural analysis by Hennecke & Wiley of a TCR in complex with self and non-self MHC is that the sequence and structural differences between the self and non-self MHC proteins were largely masked by antigen and that as a result, the non-self MHC was perfectly able to engage the TCR via the peripheral interactions between the MHC protein and CDR1 and 2 of the TCR.

    This is the first plausible (and structural) explanation of why host T cells can initiate the cytotoxic response to allogeneic cells. The rest is hot air.

    The implication of these studies for the issue of positive selection which you query are relatively straightforward if you take a structural and physico-chemical angle: any TCR clone that can bind self MHC with reasonable affinity via CDR1 and 2 survives. CDR3, instead, contact predominantly the antigen and their contribution to the binding of the antigen-MHC complex, at least at one stage of T cell development, results in negative selection. My own interpretation of this process is affinity-based: clones that bind predominantly via CDR1 and 2 bind with llow-medium affinity are retained, clones that bind with high affinity because of the additional contacts with self antigen mediated by CDR3 are killed.

    Ermanno

  159. Ermanno Gherardi Says:

    Dear JD,

    Your blog entry of 8 April (transfer of anaphylaxis)

    You are right that if you transfer B cell clones producing IgE antibodies you can transfer anaphylactic reactions from one subject to another by this route as well.

    The fact remains, nevertheless, that the transfer of hypesensitivity reactions of type I, II and III can be transferred directly by the antibodies present in serum whereas transfer of type IV hypersensitivity can only be effected by Th cells (because the soluble products of the Th cells, unlike antibodies, are short-lived and locally acting).

    Ermanno

  160. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Elena

    Your blog entry of 7 April 2009

    I am sorry about the confusion concerning the recognition sequences flanking the V, D and J segment at the H locus.

    The sequences in our Lecture Notes are ( V-7-23-9, 9-12-7-D-7-12-9 and 9-23-7-J) are correct and I was wrong in saying that one would have needed correcting following a brief discussion with one of your friends at the start of one of our lectures. I also rectified the errot in discussion with a number of students later but probably you were not there.

    The sequences as they are explain why V cannot rearrange directly with J. They do not explain, however, why the DJ rearrangement occurs before a potential VD rearragement.

    Ermanno

  161. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sidera444,

    Your blog entry of 8 April 2009

    The experiment of von Boehemer and Kisielow that you query is a straightforward and clever genetic experiment demonstrating that T cells expressing a TCR specific for the H-Y antigen are deleted in male animals but not in female animals.

    Because male animals express the H-Y antigen and female animals do not, this is strong and direct genetic evidence in support of the concept that self-reacting T cell clones are deleted (killed) during their development in the thymus if and when they encounter self-antigen.

    Ermanno

  162. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sidera444,

    Your blog entry of 8 April 2009 (size and complexity of primary repertoires)

    The reply you received from JD on 9 April is spot on.

    The question requires a discussion of the number of the gene segments at each locus (the building blocks of the repertoire) and the process of VDJ recombination including a discussion of the the crucial and additional diversity generated at the VJ and VDJ joints as a result of the way in which the VDJ recombinase works.

    Ermanno

  163. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Ff,

    Your blog entry of 11 April 2009 (the sequence of antibody constant regions).

    Most individuals have the same number of constant region genes, ie inactivation of individual genes are rare, see: http://bioinf.uta.fi/xml/idr/classification.xml).

    However there are allelic variations in the sequence of individual constant region genes that can lead to the ability of certain individuals to raise antibodies against the relevant epitope(s). These epitopes are known as allotopes and, together, the antigens in question constitute the allotype of an antibody molecule.

    Ermanno

  164. Ermanno Gherardi Says:

    Dear JD and XY,

    Your blog entries of 31 March and 1 April (VDJ recombinases).

    This was a very useful exchange between the two of you. The first comment by XY on 1st April is spot but, given the subsequent uncertainty that emerged in your correspondence: if the transcriptional orientation of the gene segments to be recombined is the same, the intervening sequence is deleted; if the transcriptional orientation is opposite, the intervening sequence, after cutting, is inverted and there is no sequence loss on the chromosome.

    One additional point. The VDJ substrate recognition sequences are not always following exactly the last coding nucleotide of the V segment or preceding exactly the first coding nucleotide of the J segment. In a number gene segments there are several intervening nucleotides and VDJ-dependent trimming of the sequence at the junction is necessary in order to constitute a functional reading frame that spans V and J (or V, D and J in the case of the H chain).

    Ermanno

  165. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Enrico,

    Your blog entry of 1 April (role of AID)

    The activation-induced deaminase is a cytidine deaminase acting directly on DNA and not on RNA (as several related enzymes do). The product of the reaction catalysed by AID is a uracil, the processing of which may lead to a C to T transition (in the absence of uracil DNA glycosylase) or to a C to T transition or to C to A or G transversions (in the presence uf uracil DNA glycosylase).

    These pathways are (explained graphically in Fig 6 of the lecture on somatic hypermutation and in the revelant text of the lecture Notes.

    Ermanno

  166. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sidera444 and Ff,

    Your blog entries of 4 and 11 April (blood group typing)

    Sidera444, your typing of Fig 7 in the lecture Notes are all and your comments in reply to the comment from Ff are spot on.

    Ff, please you need to revise/clarify this important topic further. The blood group of ubject 12 in Fig 7 is A Rh- and not B Rh+. Please let me know if you have now sorted out the problem or if you need further help.

    Ermanno

  167. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Sidera444,

    Your entry of 11 April (MHC typing)

    The results that you have produced are spot on.

    Ermanno

  168. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Ff,

    Your entry of 11 April (Tonegawa’s experiment)

    The fact that a probe for the C segment and a probe for the V and C segment hybridise to the same genomic fragment in in a cell expressing Ab (such as a myeloma) but not in a cell that does not express Ab demonstrate unequivocally that the genomic structure of these genes/gene segments has undergone a change in the Ab expressing cell.

    Specifically, the data support the interpretation that two genes segments are distant in the germline (and hence they reside on different restriction fragment upon digestion of genomic DNA with restriction enzymes) and are brought in close proximity in myeloma cells.

    Ermanno

  169. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Elle,

    Your blog entry of 1 April (Baltimore’s experiment: discovery of RAG genes)

    It is difficult for me to explain again this experiment without the possibility of drawing some schematics that are very much needed in order to understand the experiment step by step.

    Could you see please if one of your closest friends can meet with you and go through the experiment ? I am sure that many of your friends and colleagues are on top of this experiment. Failing that, please write again.

    Ermanno

  170. Ermanno Gherardi Says:

    To all my students in Pavia,

    Dear All,

    I have done my best to catch up with your productive comments on our blog.

    Most of your entries demonstrate that many of you are doing excellent revision of the subject and I am very pleased with this. Please continue to exchange thoughts via the blog; I am in the process of leaving again for Boston but I will do my best to keep an eye on the blog and enter my own comments if I have a chance. I also plan, of course to travel to Italy for our exam on the 27th April, as agreed during the Course.

    There are now 137 students who have entered the exam for April 27th and I would like to indicate that, as a result, we need three sittings (at 11.00, 12.00 and 14.00). On the 20th/21st of April, I will send you from Boston the list of students in each sitting and I do recollect that a number of you have asked to be in one of the morning sittings due to a separate teaching commitment in the afternoon (I must still have this list somewhere).

    Please also make sure that, if you have lectures to attend in the morning of the 27th prior to the Immunology exam, you do attend these lectures or else I may be forced to cancel this early Immunology exam next year due to the resentment of the colleagues affected.

    Finally, I think that it would be a good idea to go for a beer together after the exam. It is a Cambridge tradition that lecturers and students work extremely hard together but that, after the work, they have a pint together.

    If you are interested please ask one of your student representatives to confirm this to me and I am sure that we will find a suitable date for a late afternoon or evening pint together in Pavia

    Please keep up the good work and see you on the 27th of April

    Ermanno

  171. alberto Says:

    cari amici,potreste aiutarmi a risolvere un dubbio?parliamo di switch isotipico:può essere definito come il variare della regione costante a cui si associa una singola regione variabile dell’anticorpo.i meccanismi molecolari di tale switch sono diverse combinazioni del segmento vdj con il tratto c del gene per l’antocorpo:non capisco però in che modo lo swith isotopico possa essere ricondotto alla attività dell’enzima aid come è scritto nelle dispense!!l’enzima aid agisce sulla parte variabile..l’unica soluzione che ho pensato è che modificando la parte variabile possa modificare il rapporto promotore-enhancer che permette a tutto il segmento vdjc di essere trascritto ,ma non mi convince molto..grazie mille!

  172. ff Says:

    mi ero confusa nel leggere lo schema, credevo che quel “a-A”significasse sangue di gruppo A quindi non mi spiegavocome fosse possibile che gruppo A con gruppo A agglutinassero!grazie mille per le spigazioni.:)

  173. ff Says:

    ciao alberto…provo a rispondere alla tua domanda. prendiamo la regione costante ed ad essa cambiamo le regioni variabili. questo è lo switch isotipico.se non ci fosse l’enzima aid non ci sarebbero le mutazioni necessarie sulle regioni variabili(ho letto su internet che le mutazioni del gene che codifica per Aid blocca completamente l’introduzione di mutazioni somatiche nei geniV. ). cioe le regioni variabili non sarebbero diversificate tra loro poiche non sarebbe avvenuta nessuna mutazione e quindi lo switch isotipico non sarebbe possibile, o quanto eno non avrebbe senso. non so se il ragionamento è giusto!…fammi sapere se formuli altre ipotesi!

  174. elle Says:

    grazie mille per la disponibilità! Provo ancora a cercare! Nel caso non riuscissi a trovarlo le faccio sapere! Grazie mille!

  175. ff Says:

    non capisco cosa succede quando durante la ricombinazione due segmenti di dna si trovno head to head e quando head to tail..e soprattutto non capisco come sia possibile che il dna si trovi invertito in alcuni punti!….aiuto!!!

  176. alberto Says:

    dear ff,grazie della risposta.io però direi che lo switch è il contrario di quello he dici tu:cambio la regione costante(non variabile)alla stessa regione variabile!!infatti il senso dello switch a quanto ho capito è quello di cambiare la porzione costante di un’Ig, che però risponda allo stesso antigene:cioè cambio la porzione fc(parte della regione costante) dell’Ig,anzichè quella della catena pesante m metto la fc della catena pesante g,e questo mi da un tipo di risposta più efficace per via delle interazioni che la porzione fc della catena pesante g può intraprendere rispetto a quelle intraprese dalla porzione fc della catena m.quindi lo switch ha senso anche senza ipermutazione,perchè comunque miglioro la risposta immunitaria col passaggio Im-Ig!dunque in effetti non mi spiego perchè aid sia necessario allo switch,che potrebbe avvenire anche senza ipermutazione..

  177. elle Says:

    volevo rispondere ad alberto ed Ff. lo switch isotipico è appunto il processo che porta a diverse classi di anticorpi però con una stessa specificità. quindi il cambiamento avviene nella regione costante della catena pesante. Visto che lo switch isotipico avviene per ricombinazione potrebbe essere che AID con la sua attività fornisca siti preferenziali di taglio. però saranno coinvolti anche molti altri enzimi. Non so se può essere plausibile. fammi sapere!

  178. sidera444 Says:

    Ciao a tutti! Nel caso trovassimo un esercizio tipo: “le concentrazioni iniziali di anticorpo sono X, quelle di antigene sono Y. Ricava Ka.” Come procediamo?
    Il prof, se non ho capito male,a lezione ha detto di non sostituire queste concentrazioni (X e Y) all’equazione [AB]= Ka[A] [B]..e quindi?

    grazie!

  179. Mauri Says:

    Ciao a tutti io ho alcuni problemi nel capire la fluorescence quenching, non tanto nel suo funzionamento ma nelle sue formule, più che altro che cosa rappresenta F0?
    Grazie a chiunque riesca a risolvere i miei dubbi..

  180. sidera444 Says:

    Altro dubbio…mi sono accorta di non avere ben compreso l’esperimento svolto a Cambridge riguardante sull’enzima AID che non modifica l’RNA, ma il DNA…mi potreste dare una mano?

    Grazie!

  181. Mauri Says:

    In risposta a sidera444

    Allora se ho capito bene l’esperimento, Neumberg e colleghi hanno inserito un plasmide contente AID umano, nel DNA di un E coli, e hanno visto, attraverso analisi di fluttuazione, che il suo DNA mutava al locus rpoB ben di 8 volte in più rispetto al normale. In più se si effettua lo stesso esperimento in cellule carenti di uracil-DNA glicosilasi, un enzima che ripara queste deaminazioni, il numero di mutanti è ancora maggiore. Da questo penso abbiano concluso che AID agisse sul DNA e nn sul RNA.
    Spero di essermi spiegato bene e di nn averti confusi ancora di più le idee…(ammesso che abbia capito correttamente l’esperimento)

  182. emmem Says:

    ciao a tutti!!
    potete aiutarmi con il meccanismo di anergia clonale?
    dunque lo sviluppo della tolleranza al self nei linfociti T e la delezione clonale nelle cellule B mi è abbastanza chiara…tuttavia:
    l’anergia clonale rende immunologicamente inefficaci i linfociti B che espongono BCR contro antigeni propri, ma questo incontro, se ho capito bene, avviene negli organi periferici su linfociti B maturi! inoltre abbiamo sottolineato che l’anergia clonale è indotta dall’antigene stesso (che in questo caso è un ag proprio).
    Avendo queste caratteristiche sostanzialmente l’anergia clonale non sembra molto diversa dalla normale risposta immunitaria ad un antigene estraneo…no?
    come fa il linfocita B a riconoscere quel determinato antigene come self invece che come ag estraneo e ad andare incontro a down-regulation del BCR?

  183. Lady Mary Montagu Says:

    Buongiorno a tutti…
    Mi chiedevo come mai, nell’esperimento di von Boehemer circa la selezione negativa delle cellule T self-reactive, il maschio, che presenta l’antigene H-Y come self, alla fine possiede comunque i linfociti T helper mentre mancano quelli T citotossici (ovviamente). Non dovrebbero mancare entrambi i tipi di linfociti T?…

  184. emmem Says:

    effettivamente me lo sono chiesta anch’io….

  185. Bruce Lee Says:

    Lady io credo che ciò sia dovuto al fatto che i linfociti th non reagiscono con gli mhc tipo 1 che presentano self antigens, ma solo con mhc 2 per cui non possono essere “selezionati”

  186. Ip Man Says:

    Ciao a tutti, espongo il mio dubbio nella speranza che il mio grido disperato sia colto da qualcuno: allora abbiamo detto che, per le leggi dei trapianti, un graft genitore-F1 funziona sempre mentre uno F1-genitore no…ma ragionando sull’ereditarietà MHC la cosa non mi torna!! dunque noi ereditiamo metà mhc dalla madre e metà dal padre giusto? allora il pezzo di pelle che io figlio dò a mio padre contiene metà mhc uguali ai suoi (quelli appunto da lui ereditati) e metà di quelli dati dalla mia mamma per cui dovrei avere 50% compatibilità mhc con lui no? e ancora se faccio l inverso e trapianto un pezzo di pelle da mio padre (che quindi avrà metà mhc uguali ai miei) a me ancora ci sarà 50% di compatibilità mhc! Non capisco allora queste leggi…help me!

  187. sidera444 Says:

    Ciao a tutti! Spero che questo sia il luogo esatto in cui porre questa domanda “pratica”..se non lo fosse chiedo scusa in anticipo…nella preparazione di questo esame ho utilizzato in particolar modo gli appunti presi (bene) durante le lezioni..la dispensa del profe mi sono limitata a leggerla: ho notato che tutto quello che il profe ha trattato durante le lezioni è presente nella dispensa, ma alcuni particolari non sono stati citati dal profe (si veda, per esempio, il locus MHC o la tecnica di fluorescence quenching)..spero basti!!

    Grazie!

  188. Mauri Says:

    Ciao ip man
    allora se ho capito bene la tua domanda, tu ti chiedi perchè anche la f1 nn risponde alle MHC di uno dei genitori come invece fanno i due genitori nei confronti del figlio, giusto???
    beh secondo me il “trucco” sta nel fatto che stiamo parlando di ceppi inbred e quindi che sono omozigoti in tutti i loci, di conseguenza quando io f1 ricevo il 50% dei geni lì ho ricevuti tutti, nn ce ne sono degli altri, quindi nn posso avere un rigetto, cosa che invece accade verso i genitori che nn hanno i geni dell’altro ceppo. Se invece partiamo di trapianti outbred allora ci vuole una tipizzazione conpleta dei loci MHC…spero di essere stato chiaro….

  189. Ip Man Says:

    Ciao MAuri, si effettivamente non ho specificato che i miei dubbi riguardavano l’uomo e quindi ceppi outbred, e come mai, visto che in entrambi i trapianti F1-genitore e genitore-F1 la compatibilità MHc è del 50 %, nelle leggi sui trapianti si dice che un trapianto Genitore-F1 funzioni sempre mentre uno F1-Genitore no. Insomma ste leggi saranno validi anche per noi no? o solo per i poveri topolini accoppiati n volte in modo incestuoso?

  190. steffy Says:

    ciao a tutti!!qualcuno mi spiegherebbe cosa significa questa frase presa dal paragrafo ”overall relationship between domains in an intact monoclonal antibody”?la frase è :
    -the structure of the two antigen-binding sites are nearly identical except for a single side chain

    io pensavo che in un anticorpo i due siti di legame per l’antigene fossero identici…
    grazie mille

  191. pauli Says:

    ciao..!!ho dei problemi nel capire la produzione di anticorpi monoclonali tramite ibridazione di cellule somatiche…
    perchè le b cell di topo on HGPRT+ muoiono in HAT?non dovrebbero sopravvivere?
    grazie in anticipo e buono studio!

  192. Ame Says:

    @ pauli: i linfociti B potrebbero sopravvivere in HAT, ma di per sè resistono poco nelle colture in vitro; si perdono per questo motivo.

  193. Mauri Says:

    Ciao Ip Man
    nn vorrei dire una stupidata però mi sa proprio che la cosa non funzioni per l’uomo e funzioni solo per i topolini anche perchè una cosa che mi sono dimenticato di dire è che cmq la prima cosa da guadare è la tolleranza AB0 e quindi è chiaro che è impossibile che figli e genitori siano sempre dello stesso gruppo AB0…
    Ciao…:-)

  194. Mauri Says:

    Ciao steffy
    premetto subito che nn sono sicuro di quello che sto per dire, nel senso che è una mia supposizione, però io penso che visto che quelle sono le nuove conclusioni a cui si è arrivati dopo la scoperta degli anticorpi monoclonali, penso che si è scoperto che in realta i due siti nn sono proprio identici ma appunto si differenziano in una catena laterale del sito di legame…
    Spero che la mia interpretazione sia giusta…. Ciao ciao e buono studio!!!

  195. marta Says:

    Domanda non tanto ai fini dell’esame quanto a scopi più generali: Quando si parla di complesso maggiore e minore di istocompatibilità si dice giustamente che oltre all’ MHC matching è necessaria terapia immunosoppressiva proprio perchè altri geni possono causare rigetto.
    Mi chiedevo quindi: la terapia immunosoppressiva è mirata a quei cloni di linfociti in grado di reagire oppure è generalizzata?
    Un soggetto trapiantato è immunosoppresso perennemente e quindi a rischio di infezioni?
    Marta

  196. Enrico Says:

    Qualcuno si è segnato quali possibili esercizi ci possono essere all’esame?

  197. Lau Says:

    Ciao a tutti! Mega dubbio: ma che cosa porta alla distruzione dei cloni di linfociti B che, dopo ipermutazione somatica, producono un anticorpo funzionale ma poco affine all’antigene? C’è qualche sistema che richiama macrofagi e affini? Mi è proprio sfuggito questo passaggio!

  198. Marco Says:

    @ Lau: beh, non credo che vengano “distrutti” miratamente, ma semplicemente muoiano (linfociti&plasmacellule mi pare abbiano vita piuttosto breve), senza ricevere stimoli x l’espansione di quel particolare sottoclone, dato che questi stimoli all’espansione mi pare derivino proprio dalla interazione del BCR con l’antigene. Quindi quelle che interagiscono bene si riproducono tanto, quelle che interagiscono meno bene si riproducono di meno o per nulla e vanno “perdute” (infatti si parla di selezione “Darwiniana”). Così almeno l’ho capita io…

  199. marco Says:

    Grazie infinite per la risposta; ed ecco alcuni altri punti oscuri, che sto cercando di riunire in pochi post “voluminosi”…
    1)sulle dispense pag 59 c’è uno schema in cui l’AID insieme alla glicosilasi genera un sito abasico… poi sulla destra ci sono 3 frecce che vanno a “class switch recombination”, “templated repair on a v pseudogene”, e a/t biased patch repair. Mi domandavo:
    -come avviene (a livello di meccanismi molecolari) lo switch di classe anticorpale?
    -cos’è la riparazione su uno pseudogene V? immagino significhi che si usa uno pseudogene V come stampo per riparare il sito abasico – ma come avviene, chi lo fa, e soprattutto perchè usa un sito che si trova a monte o a valle del segmento danneggiato invece che il filamento di dna complementare? e ancora: perchè usare uno pseudogene v e non un gene v come stampo di riparazione?

    e poi: pag 56, cosa sono le “different gene combinations” e come si formano? perchè mi pare di aver capito che durante la maturazione:
    1) si formano mutanti somatici: le vh e vl originarie sono modificate in modo puntiforme. ok.
    2) come sempre, si possono formare nuovi linfociti b (con vh e vl diversi) che hanno affinità elevata per l’antigene e sopravvivono e proliferano: ok.
    3) different gene combinations: il vh O il vl originali si associano rispettivamente a vl o vh diverse… ma questo cosa significa? che una sola delle due catene muta? o piuttosto (come mi sembra di aver capito) che si usano linfociti “nuovi” (come al punto 2) che usano la stessa vh (o vl) dei primi ma una vl (o vh) diversa?
    Le dispense dicono che la selezione avviene su base cinetica più che termodinamica. Cioè l’affinità del paio vh e vl originale può aumentare moltissimo, però può accadere che non aumenti abbastanza la costante cinetica, e quindi le combinazioni nuove che hanno costante cinetica migliore sono scelte? Ma come avviene questa selezione – dal momento che, in teoria, già con affinità solo micromolare e costante cinetica relativamente bassa il linfocita originario riusciva a sopravvivere?

    poi: i linfociti t helper attivano sia cellule b che cellule t citotossiche, a seconda della sottoclasse… ma come fa un t helper attivato ad attivare a sua volta un linfocita B che produce l’anticorpo giusto per quell’antigene, e non un linfocita b a casaccio? (evidentemente, se utilizzasse soltanto citochine, l’effetto andrebbe a influenzare qualsiasi cellula b nelle immediate vicinanze…)

    poi: dal momento che gli enhancer per i geni degli anticorpi si trovano tra j e c, quando l’intera catena (v+d+j+c) è trascritta, cosa accade alla sequenza enhancer? è trascritta anch’essa?

    infine: dove si trova nel locus la catena invariante leggera dell’anticorpo che è temporaneamente esposta sulla superficie in associazione alla pesante? e come si fa (a livello molecolare e regolativo, intendo), a passare dall’espressione di quella all’espressione della catena definitiva? idem a proposito della catena invariante del TCR.

    Chiedo scusa per la mole di questo post, ma sto cercando di risolvere le ultime “questioni in sospeso”… Grazie!!

  200. marta Says:

    Altra cosa: come mai la reazione linfocitaria mista riconosce solo Ag di classe II??

  201. det Says:

    … qualcuno saprebbe spiegarmi cosa è F0 nella fluorescence quenching????ho visto che l’ha chiesto anche qualcun altro..
    ma soprattutto..il prof ha spiegato questo argomento?sui miei appunti non ve n’è traccia!!!

  202. Mauri Says:

    Ciao det
    sono io che l’ho chiesto ma nessuno me lo ha saputo dire, cmq il prof ha solo fatto un accenno a questa tecnica spiegandone il funzionamento le formule nemmeno io le ho sugli appunti…
    Cmq ho scoperto che F0 è la concentrazione totale del fluoroforo, cioè data dalla somma di quello libero F più quello legato F-Q…
    Spero di esserti stato utile…ciao…

  203. Luby Says:

    ciao…qualcuno sa se è già uscito l’elenco delle persone iscritte per l’esame e la suddivisione in turni??

  204. cecilia Says:

    sì, è appena uscito:

    da Giulia Adavastro a Mariarosaria Cugno alle11.00 am
    da Claudia Massarotti a Beatrice Zelaschi alle 12.00 am
    da Amedeo Cutuli a Ilaria Martinelli alle 2.00 pm

    inoltre si ricorda di non saltare le lezioni…per non danneggiare chi verrà dopo di noi…(quelli prima di noi sono stati corretti, permettendoci ora di fare prove in itinere) ;-)

  205. Lady Mary Montagu Says:

    Qualcuno ha qualche idea di cosa sia lo Shift di repertorio nella maturazione della risposta anticorpale?…
    Il Drift mi è chiaro… Ma lo Shift credo sia stato scoperto troppi anni dopo la mia morte…

  206. stefano Says:

    ciao a tutti! io ho un dubbio che mi tormenta sui trapianti:
    sulle dispense c’è scritto che la risposta leucocitaria è predominante, e che i leucociti possono riconoscere mhc non self che presentanop antigeni proprio per l’ingombro dell’antigene stesso… in questo caso i leucociti riconoscono antigeni presentati dagli mhc non loro stessi come determinanti antigenici… allora come si scatena la graft verso le cellule estranee? hanno un ruolo i macrofagi magari di rielaborazione dell’mhc stesso?
    non riesco a spiegarmi come cellule che sono identiche in tutto e per tutto a quelle dell’organismo se non che per i geni mhc vengano riconosciute come estranee se questa molecola stesso non viene riconosciuta come antigeni dai linfociti stessi in soluzione, come è stato sperimentalmente di mostrato.
    grazie,
    stefano

  207. J.D Says:

    lo shift di repertorio è un processo che porta all’utilizzo di geni diversi da quelli utilizzati nella prima risposta anticorpale, ed è un meccanismo che avviene “in aggiunta” a quello del drift mutazionale, ha cioè lo stesso obiettivo: aumentare l’affinità degli anticorpi prodotti. Se guardi il capitolo “mutational drift and repertoire shift bla bla bla” nella foto della pagina si vedono linee tratteggiate al posto di quelle continue, quello sta appunto ad indicare l’utilizzo di combinazioni genetiche differenti. Amen

  208. koch Says:

    per stefano:
    così ho capito io:
    le cellule del trapianto esprimono, attraverso le loro molecole MHC di classe I ,delle proteine endogene, presenti nel citoplasma, che sono funzionali per la stabilità del complesso MHC. questi peptidi sono estranei ai linfociti Tc perchè appartengono all’organo trapiantato: i linfociti Tc non sono entrati a contatto con questi peptidi durante il processo di selezione negativa che avviene durante la maturazione del linfocita T.
    tuttavia le molecole MHC presentano variabilità soprattutto a livello dell’ansa che lega il peptide, perciò il linfocita Tc del ricevente le confonde per molecole MHC proprie, vi si riesce a legare-perchè il legame con le molecole MHC non coinvolge sempre gli stessi residui amminoacidici-e infine scatena la sua reazione citotossica…

    è questo che chiedevi?

  209. Lady Mary Montagu & Marco Says:

    Stefano… Ce lo stavamo chiedendo anche noi… a parte che a quanto abbiamo capito noi non è che “è stato dimostrato che i linfociti non riconoscono come antigeni le molecole mhc estranee”, ma quanto che mhc estranei possono interagire con i TCR nella presentazione dell’antigene senza grossi problemi… ma a questo punto avrebbe poco senso la tipizzazione tissutale della compatibilità mhc… non sappiamo davvero cosa pensare.

    (ma…. siamo sicuri che gli MHC estranei non abbiano dei determinanti antigenici allotipici come le Ig?!?!?! mi sembrerebbe la spiegazione in assoluto più logica e immediata!!!)

    per quanto riguarda i macrofagi però, essi esprimono mhc classe II e quindi una loro presentazione di parti dell’mhc estraneo porterebbe ad una risposta T helper, mentre il rigetto di allotrapianti sappiamo essere una reazione Tcitotossica…

  210. Lady Mary Montagu & Marco Says:

    @ koch: ma allora avresti un rigetto a maggior ragione con compatibilità mhc assoluta!!!!!!

  211. koch Says:

    ma la tipizzazione tissutale dell’MHC ha senso perchè altrimenti queste molecole vengono riconosciute come antigeniche e si scatena una reazione di rigetto iperacuto…

    e poi infatti dopo un trapianto bisogna prendere farmaci che in un qualchemodo ostacolino l’attività dei linfociti Tc (Ig Gpoliclonali anti linfociti o anticorpi monoclonali anti cellule T)

  212. Marco Says:

    beh, allora quindi la causa del rigetto di allotrapianti è l’antigenicità delle molecole mhc, e non la presentazione di peptidi endogeni! per lo meno principalmente!
    (la risposta che ti ho dato prima era volta a questa dimostrazione per assurdo)

  213. koch Says:

    al marco che ha scritto qualche giorno fa il poema amletico (è lo stesso che ora si accompagna a lady montagu? :-) )…
    per quanto riguarda lo switch isotipico, penso sia indotto dlla stimolazione da parte delle citochine, ad esempio IL4 induce lo switch a Ig E. quello che non mi è chiaro è che sulle dispense c’è scritto che è dovuto ad AID…però dice anche c’è una ricombinazione genica con perdita di sequenze di DNA tra le sequenze VDJ e quelle della porzione costante…AID è capace di fare tutto ciò????

    per quanto riguarda i linfociti Th…da quanto ho capito esistono 2 popolazioni di linfociti Th: Th1 e Th2. i linfocitiTh1 attivano i linfociti Tc e sono coinvolti nell’ipesensibilità di tipo ritardato, mentre quelli Th2 attivano i linfociti B. forse per attivare il linfocita B, il Th2 deve interagirci tramite le molecole MHCII che il linfocitaB possiede.

  214. koch Says:

    (e no…perchè se non fossero riconosciuti come estranei i peptidi, i linfociti Tc non avrebbero nessun motivo di scatenarsi!)

  215. Immuno Says:

    Scusate ma dove è pubblicata la suddivisione dei turni per il 27??? E come mai il 2° gruppo, secondo la divisione alfabetica, è finito alle 14???

  216. sidera444 Says:

    Ciao!Io non ho capito cosa si intenede per drift di repertorio…

    Grazie!

  217. Marco Says:

    @ koch:

    1- non sono io quello del poema… solo omonimia!!! =)
    2- forse ho capito e chiedo conferma… vero che quel peptide deve essere riconosciuto come estraneo, ma in quanto estraneo sarebbe tale anche se presentato dall’mhc compatibile, quindi: non è che il peptide viene riconosciuto come estraneo per un motivo di selezione negativa dei self-reactive durante lo sviluppo delle cell.T come dicevi tu, ma è riconosciuto come estraneo in quanto presentato da mhc estraneo (e in questo caso l’origine del peptide o la sua esposizione durante lo sviluppo è irrilevante), perchè viene orientato in modo diverso e pertanto percepito come diverso. può essere?!

    ps. scusa se continuo a confutarti, sto solo cercando di vederci chiaro in sta cosa =)

  218. myra05 Says:

    Vorrei chiedere al prof.Gherardi se fosse possibile iscriversi all’esame di aprile oltre la data di scadenza, in quanto a causa di qualche problema nn mi è stato possibile. Grazie!

  219. koch Says:

    ma no…
    non credo, sai…
    perchè se il peptide fosse riconosciuto come proprio, il linfocita tc non si attiverebbe dal momento che non riconosce l’mhc del trapianto come estraneo…

    quindi io credo si attivi perchè incontra un peptide per il quale ha un recettore valido. i tcr dei linfociti che abbiamo sono stati selezionati affinchè si leghino a peptidi non self esposti da molecole mhc self. questo vuol dire che il linfocita Tc si lega al complesso peptide mhc esposto dalle cellule del trapianto perchè pensa che mhc sia proprio, ma riconosce il peptide estraneo…

    spero di essere stata più chiara…e cmq confuta confuta!

  220. Marco Says:

    mmm… sto approfondendo consultando articoli molto recenti e farò sapere qualcosa…
    per la cronaca, stiamo sostenendo le parti di due scuole di pensiero (tu la “peptido-centrica” e io la “MHC centrica” che si oppongono da parecchio tempo sull’argomento… alla fine pare che la questione non sia chiara, ovvero potrebbe essere valida la mia tesi quanto la tua, per quello che si sa al momento (sta cosa mi diverte… XD)
    cmq, se “scopro” qualcosa di nuovo curiosando su science o nature online faccio sapere qualcosa! =)

  221. Marco Says:

    niente, tutto quel che son riuscito a trovare è uno studio del 2007 che si limita a constatare che in effetti il peptide endogeno viene presentato dall’MHC estraneo con una “inclinazione” differente, anche se questo non è necessariamente una prova per l’ipotesi “MHC-centrica”, è così e basta…

    mah………………………………………………..

  222. emmem Says:

    ciao a tutti!
    a proposito del riconoscimento antigene-mhc estraneo…nn per confondere le idee ma mi sa che quando si parla di reazione citotossica verso un allotrapianto non s’intende necessariamente che sia mediato da linfociti Tc…infatti diverso materiale che ho consultato descrivendo questo fenomeno parla più di Th, inoltre anche le immagini sulle dispense riportano un mhc di classe II come esempio….
    la questione si infittisce…
    anche perchè le cellule APC se nn mi sbaglio caricano sempre antigeni estranei (internalizzati per fagocitosi/endocitosi)

  223. Pink Panter Says:

    Ciao a tutti!
    A proposito della questione del rigetto da trapianto e delle molecole MHC, vorrei esporvi quello che ho capito io prendendo informazioni qua e la tra libri e internet.
    Secondo me la risposta immunitaria a un trapianto con MHC diverse è determinata dal fatto che MHC I diverse, le quali si formano legandosi ad un frammento proteico derivato dalla scissione proteosomica, legano porzioni differenti della stessa proteina. Così, ad esempio, la scissione dell’actina da parte del proteasoma forma diversi segmenti proteici lineari e la scelta di quale di questi portare in superficie dipende dalla specificità sul fondo della tasca della catena MHC I per un frammento o per l’altro. Così in caso di MHC non compatibili i TCR dei linfociti T (CD 8+) risciranno a legarsi comunque alla molecola MHC (anche se diversa) per quanto detto sopra ma riconosceranno come estranea la porzione peptidica scelta nella formazione dell’MHC I.

  224. Pink Panter Says:

    Cosa ne pensate…?

  225. emmem Says:

    a me sembra abbastanza corretto, xò mi chiedo: questo stesso meccanismo è anche valido per gli mhc di classe II e non solo di classe I?

  226. Pink Panter Says:

    Beh, direi di sì… MHC di classe II di aplotipo diverso, tra i peptidi internalizzati e processati dai lisosomi delle APC, andranno a scegliere frammenti diversi a seconda della loro diversa specificità di legame. Il discorso dovrebbe valere anche in questo caso…

  227. sidera444 Says:

    Ciao a tutti!! Qualcuno potrebbe darmi una mano a comprendere le reazioni di precipitazione e di flocculazione??

    Grazie a tutti!!

  228. Marco Says:

    @ Pink Panter: mah, io non credo che possa essere così, alla fine il sito di legame dell’MHC I non è specifico come può essere quello di un anticorpo o un TCR, altrimenti non potrebbe presentare una tale quantità di molecole, self e non-self (praticamente tutte quelle conosciute, e poi ricordiamoci che per l’MHC si parla solo di polimorfismo, e non di ricombinazione). Tuttavia potrebbe essere comunque una valida ipotesi…

    @emmem: ma a questo punto, se sono coinvolti anche i Th, QUALI antigeni estranei vengono presentati dalle APC?!!?! si tratta delle MHC dell’organo trapiantato (se non compatibile), oppure di altre molecole (complessi di istocompatibilità minori? peptidi endogeni?)?

  229. emmem Says:

    a me sembra di aver capito che le reazioni di rigetto avvengono:

    per quanto riguarda gli mhc I: perchè le maggiori variazioni, per un numero limitato di molecole mhc, sono nascoste dall’antigene.
    di conseguenza, una parte degli mhc, a seconda del tipo di antigene legato, viene ingannevolmente interpretata dai Tc propri come self-mhc, ma allo stesso tempo, quell’antigene, che è il risultato del processamento di una proteina estranea, viene riconosciuto come estraneo.
    di conseguenza il fenomeno è limitato a proteine del tessuto trapiantato che esibiscono variazioni abbastanza significative dalle proteine self. infatti la specifità degli mhc è bassa (altrimenti nn potrebbero essere “efficienti”) ma nn quella del TCR.
    quindi perchè si realizzi il fenomeno devono verificarsi 2 condizioni:
    1. l’ag deve essere tale da mascherare le differenze
    2. lo stesso peptide deve essere diverso da uno self
    Questo si verifica nn per tutti gli mhc ma solo per alcuni, ma questo è sufficiente a scatenare una risposta immunitaria (proliferazione di quei cloni, ecc…) che “esplode” dopo un periodo di circa 7-10 gg di sensibilizzazione…

    per gli mhc di classe II credo che il processo di base sia simile ma ho molti dubbi perciò non saprei dire….

    non so cmq quanto il discorso sia giusto perciò via libera alle correzioni!

  230. emmem Says:

    un’altra cosa…le interazioni sono dinamiche. per esempio i CDR1 e 2 dei linfociti T possono interagire sia con l’ag che con l’mhc, a seconda del tipo di peptide… quindi magari un linfocita con il suo CDR2 è “compatibile” con l’mhc e con il CDR1 nn lo è, però se un certo peptide impedisce l’interazione con il CDR1….allora….
    è possibile ke sia così? ………………….mmh…………..

  231. Marco Says:

    mah, secondo me se a questo punto il peptide va a mascherare le differenze, e viene nel contempo riconosciuto come “estraneo”, che differenza fa se l’mhc è compatibile o meno?! differenze non ce ne sarebbero, e il peptide presentato sarebbe cmq estraneo!

  232. J.D Says:

    Domandina i geni nel locus MHC fanno crossing over?

  233. ser bis Says:

    sì…e tra l’altro c’è anche tutta la storia del linkage disequilibrium

  234. Amelie Says:

    Ciao ragazzi!
    Faccio fatica a cogliere il rapporto tra ipermutazione somatica, drift mutazionale e shift di repertorio…
    Ringrazio anticipatamente =)

  235. Marco Says:

    @amelie:
    -ipermutazione somatica–> accumulo di mutazioni puntiformi nel gene del segmento V (in particolare nella zona delle CDR) causate dall’enzima AID (e altri) dopo il primo contatto con l’antigene
    -drift mutazionale—> poichè dopo il contatto con l’antigene il linfocita prolifera in una serie di cloni, in ciascuno di questi cloni avvengono eventi di ipermutazione ed essendo questi casuali, non possono essere uguali, vi è quindi una certa “diversità” nei cloni (deriva mutazionale)
    -shift di repertorio—> altro meccanismo alternativo all’ipermutazione somatica per produrre anticorpi con aumentata affinità per l’antigene (dopo il primo contatto con esso). So che vengono proprio trascritti geni diversi, il COME tutto ciò avvenga per me è ancora un mistero…

  236. Luby Says:

    io avrei qualche problema riguardante la VDJ ricombinasi…in special modo i substrati (credo siano le sequenze segnale…) e la direzionalità (non ho capito molto bene come funziona la lettura in upstream insieme a quella in downstream….)
    spero che qualcuno ne sappia un po’ più di me…
    grasie…

  237. cecilia Says:

    ciao a tutti!
    ecco i nuovi turni per l’esame:

    alle 11.00 da massarotti a zelaschi
    alle 12.00 da adavastro a cugno
    alle 14.00 da cutuli a martinelli

    i turni, come già accennato oggi in classe, sono stati modificati per agevolare quanti hanno il tirocinio nel pomeriggio.
    il professor Gherardi dice inoltre che gli studenti che non si sono iscritti in tempo, possono lo stesso fare l’esame (mandate una mail al suo indirizzo).

    buono studio! ;-)

    (venite a lezione!)

  238. emmem Says:

    ciao!
    nel capitolo “transplantation” c’è un esempio di saggio di linfocito-tossicità

    ho alcuni dubbi su come interpretare i risultati
    All’esercizio DP03
    si ottiene una citotossicità elevata per i campioni con anticorpi contro
    A1, A11
    A3, A10, A11
    A10, A11
    ma dato che non c’è nessun campione contro il solo A10 a me sembra che il saggio dia la certezza della presenza di A11 e basta.
    C’è qualche altro principio che ignoro? :-(

  239. Laura Says:

    Ragazzi ma è normale che nell’esercizio del capitolo dei gruppi sanguigni mi venga che non è possibile manco una trasfusione??
    A me son venuti:
    Gruppo D1: A Rh+
    Gruppo D2: AB Rh-
    Gruppo R1: 0 Rh-
    Gruppo R2: 0 Rh+
    Vi prego aiutooo!Grazieeeee

  240. sidera444 Says:

    Si laura, anche a me risulta così!
    Io invece ho un altro problema…stavo guardando gli esercizi presenti su un libro di immuno che ho in casa e ho trovato questi problemi…come si risolvono?

    Antigene e anticorpo sono presenti in soluzione a concentrazioni iniziali di 5 x 10^-8 M e 10^-7 M rispettivamente. All’equilibrio la concentrazione del complesso antigene-anticorpo è di 3 x 10^-9 M. Si calcoli la Kd di questa reazione.

    In questo caso si applica subito l’equazione: Kd=[A][B]/[AB] e quindi si ottiene come risultato 1,66 x 10^-6? Perché, se non ricordo male, a lezione il profecdisse che, di fronte ad un esercizio del genere, era necessario ricavare le concentrazioni di antigene e anticorpo..in che senso?

    -Antigene e anticorpo sono presenti in soluzione a concentrazioni iniziali di 1 x 10^-8 M ciascuno. All’equilibrio, la concentrazione dell’antigene libero è di 1 x 10^-10 M. Si calcoli la Ka di questa reazione.

    -La Ka di una reazione antigene-anticorpo è di 1 x 10^4 M-1 e la concentrazione di complesso antigene-anticorpo è di 1 x 10^-8 M. Si calcolino le concentrazioni iniziali di antigene e anticorpo assumendole uguali.

    -Un anticorpo primario (Ka= 1 x 10^8 M-1) e un mutante somatico (Ka=1 x 10^10 M-1) sono presenti ad una concentrazione di 1 x 10^-7 in soluzione con l’antigene. In entrambe le reazioni, la concentrazione di complesso antigene-anticorpo è 1 x 10^-9 M. Calcola la concentrazione di antigene libero nelle due reazioni.

    Non abbiamo fatto esercizi di questo tipo in classe quindi non credo che in esame ci siano..però non si sa mai……

    Help me!!!!

  241. Laura Says:

    sidera444 invece credo proprio che ci saranno perchè ci sono anche negli esempi sul sito.. T_T
    non hai per caso quanto deve venirti dai calcoli?
    forse lo diceva perchè le concentrazioni iniziali non sono come le concentrazioni all’equilibrio…

  242. sidera444 Says:

    e quindi tipo nel primo come si ricavano queste concentrazioni?

    Grazie!!

  243. Laura Says:

    eh non lo so..è per quello che ti chiedevo se hai almeno quanto deve venire cosi lo ricavavamo magari! :p

  244. sidera444 Says:

    no, nn ce l’ho..è un libro vecchio e manca qualche pagina…:p

  245. emmem Says:

    ma voi come avete risolto il genotipo A del problema DP03???

  246. Luby Says:

    @ Laura e sidera444…secondo me bisogna usare semplicemente le concentrazioni iniziali dell’Ag e dell’Ab…

    cmq, per l’esercizio sui gruppi sanguigni…anche a me viene così…nessuna trasfusione possibile…poverini….

  247. det Says:

    ragazzi scusate ma dove sono questi esercizi?a me han detto che ce ne sono tre sul sito ma non li trovo …

  248. Luby Says:

    @det: se vai nella sezione Blood Groups trovi l’esercizio citato da Laura…

  249. Luby Says:

    @emmem: non trovato l’esercizio, quello presente nel capitolo Trapianti…mmmh…

  250. Laura Says:

    det se vai nella sessione exams negli esempi ci sono!
    non è che per caso il prof apre il blog e ci aiuta???

  251. sidera444 Says:

    Ragazzi ma dove si fa l’esame?

  252. emmem Says:

    @luby nella parte dei trapianti, al paragrafo “the basis of tissue typing” c’è un collegamento che si apre se clikki “example”

  253. Laura Says:

    nell’aula dove abbiam fatto lezione!!sidera hai novità sugli esercizi??

  254. Laura Says:

    io non ho capito bene cos’è l’idiotipo..è un qualsiasi determinante antigenico della catena variabile?

  255. emmem Says:

    l’idiotipo è la struttura tridimensionale del sito di legame, determinata in parte a livello germinale in parte dalle VDJ ricombinasi.
    Un antigene può legarsi xò anche solo ad alcune delle anse!

  256. sidera444 Says:

    Ciao a tutti! Nessuno ha dunque scoperto come si calcolano le concentrazioni di antigene e anticorpo avendo le concentrazioni iniziali?

    Il profe a lezione disse a proposito di Ka, Kd ecc.:”Se avete le concentrazioni iniziali di antigene e anticorpo non sostituitele in [A][B] perchè questa è la concentrazione di antigeni e anticorpi liberi, dovete quindi ricavare le concentrazioni della specie”

    Come si fa?

    Grazie!!

  257. apc Says:

    per calcolare le concentrazioni di A e B al equilibrio (o in ogni altro punto..) possiamo fare questo tipo di considerazione: al inizio ci sono i concentrazione iniziali per comodita [a]i e [B]i ma quando la reazione va avanti ci sono [A] e [B] diversi perche sono concentrazioni di Ag e Ab liberi, ma una parte delle Ab e Ag non e libero piu perche in complesso [ab], pero a nessun tempo non aggiungiamo o togliamo niente dal nostro sistema quindi si puo considerare [A] come [A]i meno quello che nel complesso quindi: [A]=[A]i-[ab] e [B]=[B]i-[AB]

  258. Laura Says:

    uh dici?sperando di avere tutti i dati necessari..magari la [AB] non ci vieni data…

  259. sidera444 Says:

    Quindi, per esempio, in questo problema: “Antigene e anticorpo sono presenti in soluzione a concentrazioni iniziali di 5 x 10^-8 M e 10^-7 M rispettivamente. All’equilibrio la concentrazione del complesso antigene-anticorpo è di 3 x 10^-9 M. Si calcoli la Kd di questa reazione.”

    si fa:

    [A]= 5*10^-8 – 3*10^-9

    [B]= 1*10^-3 – 3*10^-9

    ??

    Grazie!

  260. Laura Says:

    ok ho capito che mi porterò la calcolatrice! XD
    bo se è giusto a me viene che la Kd=151,9 x 10^-8

  261. Andrea Says:

    HELP ME!!!!
    Ho un dubbio atroce: L’Rh agglutina????
    Negli appunti del prof in una parte scrive che l’anticorpo anti-Rh è un classico esempio di anticorpo non aglutinizzante… Ma quando c’è la spiegazione dell’Rh, il prof scrive: “In 1939 Levine and Stetson reported a haemolytic reaction in a woman who had received a blood transfusion (ABO compatible) from her husband and who had prior delivered a stilborn child. The serum of this woman AGGLUTINED the red cells of 80% of the people of the same ABO group. In 1940 Landsteiner and Wiener were immunising rabbits with the blood of Rhesus monkeys. The antibody obtained was named anti-Rhesus and was found to AGGLUTINATE the red cells of 85% of Caucasians. These individuals were said to possess the Rhesus factor.

    Quindi gli anticorpi verso il fattore Rh agglutinano o no?????

  262. Laura Says:

    credo proprio che agglutini c’è anche un esercizio su quello!spero di non dirti una cavolata! :D però sono abbastanza sicura!

  263. sidera444 Says:

    Mi chiedevo la stessa cosa..:se si effettua una trasfusione di sangue da un soggetto di gruppo A Rh+ a un soggetto di gruppo AB Rh- si verifica emolisi o agglutinazione? E da un soggetto A Rh- e 0Rh-?

    Dubbio esistenziale……………..

  264. Laura Says:

    Ragazzi secondo voi questo come si risolve:
    Dati gli aplotipi MHC di classe I del padre (A37-B21-C13/A13-B2-C18) e della madre (A1-B9-C13/A4-B5-C11), scrivi gli aplotipi possibili dei figli.

  265. Ciccillo Says:

    Ma è vero che è cambiata l’aula per l’esame del guppo del pomeriggio?

  266. Andrea Says:

    Ciccillo, si è vero… è cambiata l’aula per l’esame. Il gruppo da cutulo a martinelli sosterrà l’esame alle 14 nell’aula di anatomia comparata. L’aula si trova sempre in piazza botta… stesso portone, ma invece di attraversare il cortile, trovi il dipartimento subito sulla sinistra.
    Notizia ufficiale data a lezione di patologia giovedì mattina dalla prof.

  267. koch Says:

    trasfusione da A rh + ad un soggetto ab rh – si verifica prima agglutinazione perchè il soggetto A rh+ possiede anticorpi antiB. se il soggetto non era ancora venuto in contatto con rh, può anche fare in tempo a non immunizzarsi nei suoi confronti perchè gli eritrociti ab vengono rimossi in fretta (l’ho scritto nei miei appunti).

    gli anticorpi anti rh non dovrebbero agglutinare. a proposito il prof ha scritto questo intervento nel blog
    (un po’ più in su)

    There are no anti-D natural antibodies of the kind that cause immediate aglglutination and haemolysis of red blood cells due to ABO incompatibility.

    If D+ cells are transfused into a D- subject, therefore, antibodies need first to be produced and the IgM initially produced may cause complement-dependent haemolysis. The majority of the anti-D antibodies, however, undergo a rapid isotype switch. Depending on the subclass. the resulting IgG may cause a certain degree of complement-dependent red blood cell lysis (IgG3 antibodies for example are good at complement fixation) but the main mechanism leading to the destruction of red blood cells by anti-D antibodies is their phagocytosis and degradation by spleen macrophages.

    Please note that, as a consequence, the extent of intravascular haemolysis is generally limited in the case of Rh incompatibility whereas it is substantial in the case of ABO incompatibility.

    magari il test con il siero di scimmia rhesus agglutina perchè le scimmie hanno antiRh di tipo che agglutinano.

    per quanto riguarda il fatto che il siero della donna agglutina le cellule del sangue del suo stesso gruppo non so…avrei detto che portava ad emolisi!!

  268. Ciccillo Says:

    Qualcuno di voi mi può spiegare bene l’esperimento di Michell e Miller? Cavolo, proprio non riesco a capirlo!

  269. Luby Says:

    @koch: beh, io ho capito che l’Rh agglutina quando si va a cercare il genotipo di una persona…il prof ci ha fatto vedere degli esempi in classe, le piastre con gocce di sangue, chiedendoci i vari sierotipi…sono nella sezione antibody-antigen reactions…se guardi bene sulla piastra gli ultimi due pozzetti hanno come reagente l’anti-D ed effettivamente a volte avviene agglutinazione che indica positività…credo invece, come hai detto tu e il prof ha ribadito, che in una persona non avvenga agglutinazione ma, appunto, emolisi…
    referendomi alla prima parte del tuo commento : “trasfusione da A rh + ad un soggetto ab rh – si verifica prima agglutinazione perchè il soggetto A rh+ possiede anticorpi antiB. se il soggetto non era ancora venuto in contatto con rh, può anche fare in tempo a non immunizzarsi nei suoi confronti perchè gli eritrociti ab vengono rimossi in fretta (l’ho scritto nei miei appunti).” la trasfusione da un soggetto A ad uno AB ovviamente può avvenire, l’importante è che ci sia compatibilità poi a livello dell’Rh…se avvenisse il contrario (da AB ad A) credo si assisterebbe ad agglutinazione e poi ad emolisi…proprio perché il soggetto A ha anticorpi anti-B…se il caso invece fosse ancora un altro, da A- ad AB+, allora la trasfusione avrebbe successo, perchè per prima cosa è compatibile il sistema AB0 e poi anche il sistema Rh (proprio perché il secondo soggetto ha la proteina RHD mentre il primo no e quindi non si ha una reazione anticorpale mirata a quel particolare epitopo, cosa invece che avviene nel caso posto dall’esercizio)…

    spero di non aver detto sciocchezze…se si scusatemi in anticipo…

  270. Luby Says:

    @emmem: ti giuro che non ho capito per niente l’esercizio sul test della linfocitotossicità…se qualcuno vorrebbe spiegarlo sarebbe cosa gradita…
    nel primo caso ho scelto per il gene A: A3 e A28 per il gene B: B7 e B44
    il secondo caso è un po’ più complicato: A10 e A11, B7 e B45…
    ma vi giuro che proprio ci ho tirato guardando le varie percentuali….

  271. Putative Says:

    Ciao a tutti!
    @ Luby: secondo me i tuoi risultati per il test di citotossicità sono giusti!
    Io penso di averlo capito e provo a spiegartelo. Per questo test si utilizzano antibiotici specifici contro i geni HLA (in questo caso i geni A e B, i più importanti nel rigetto) e se si ha buona citotossicità (quindi alte percentuali) significa che le specificità portate dagli anticorpi sono anche quelle espresse dal tessuto.
    La difficoltà dell’esercizio sta nel fatto che gli antibiotici utilizzati possono spesso essere contemporaneamente specifici per due o anche tre aplotipi diversi. Quindi nel risolvere l’esercizio bisogna andare per esclusione, selezionando i dui aplotipi A e i due aplotipi B che danno alta citotossicità in tutti i test in cui compaiono. Mi sono spiegata bene? Ho magari detto qualche fesseria?

  272. marta Says:

    dove avete trovato gli esercizi sul saggio di linfocitotossicità?

  273. emmem Says:

    si è vero!anch’io sono d’accordo! xò se A3,A10,A11 danno 95% di citotossicità e A10,A11 80%, chi mi dice che la tossicità non è dovuta interamente all’allele A11 in entrambi i pozzetti?
    e se fosse un raro omozigote?
    boh……………..

  274. Luby Says:

    @emmem: sempre seguendo il mio ragionamento, che a quanto pare è giusto (grazie Putative!!!) i geni sono per forza A10 e A11 perchè A3 e al 5%, A10,A11 all’80% e A3,A10,A11 al 95%, ossia la presenza di A3 è quasi ininfluente…

  275. Manent Says:

    Ragazzi ma solo io non sono capace di risolvere quest’esercizio?
    “Given the MHC class I haplotypes of father (A37B21C13/A13B2C18) and mother (A1B9C13/A4B5C11), write the possible haplotypes of their progeny”
    A me l’unica soluzione che è venuta in mente è di prendere i “cromosomi” così come sono e accoppiarli in vario modo… in pratica si otterrebbero 4 aplotipi così:
    A37B21C13/A1B9C13 A13B2C18/A1B9C13 A13B2C18/A4B5C11 A37B21C13/A4B5C11

    Ma mi sorgono dei dubbi:
    1. dopo tutto l’ambaradan del linkage disequilibrium… in questo modo sarebbe come se tutti e tre i geni fossero “linkati” strettamente (il che mi appare improbabile)
    2. ok che questi geni sono tutti sullo stesso locus (6p21), ma questo significa che non c’è nemmeno un crossing over???

    Puntualizzo che le mie conoscenze di genetica sono state rimosse causa spifferi nella testa… quindi se ho sparato qualche “insulsaggine” non temete di insultarmi!

    PS: avete visto che in fondo pagina c’è uno smiley??? ehe

  276. emmem Says:

    raga io continuo a nn vederci chiaro…il mio dubbio nn è su A3 ma sul fatto che, volendo essere pignoli, il test mi da la certezza di A11 xò non posso dire lo stesso di A10!
    cioè il mio quesito è che: la citotossicità all’80% e al 95% può essere dovuta esclusivamente ad A11 (infatti A1,A11 75%) nn posso attestare con sicurezza che il tizio ha genotipo A10A11! almeno fino a che il due sono sempre riconosciuti dallo stesso anticorpo.
    cioè magari se l’esercizio deve dare come risultato sempre due alleli allora ok, smetto di stressare con queste domande, xò, a rigore, come faccio ad essere sicuro della presenza di A10 se i due sono sempre insieme???

  277. Putative Says:

    @ emmen: con i dati che hai secondo me non puoi esserlo… E quindi il tuo ragionamento è più che corretto: per me dovresti segnare entrambe le possibilità, magari con un piccolo commento, in cui specifici che con i risultati a disposizione non puoi avere la certezza che sia uno solo dei due risultati.

  278. emmem Says:

    ok……..grzie putative :-)

  279. ff Says:

    mi rendo conto che l’esame è passato e che forse nessuno piu guardera questo blog…ma se dovesse capitare….be insomma.. volevo sapere..la fenomenologia del virus A N1H1 (influenza suina).grazie.

  280. Mauri Says:

    Ciao sinceramente nn so risponderti, so solo che si scatena come una normale influenza, solo molto più forte…cmq penso che tu possa trovare molte più informazioni sul web anche perchè è una cosa molto recente…
    ciao…

  281. stefano Says:

    se non sbaglio è lo stesso virus che ha causato la spagnola, l’asiatica e l’influenza di hong kong…in pratica ogni 10-15 anni il virus influenzale muta un po’ piu del solito divenendo un pericolo perchè la popolazione non possiede alcuna memoria nei suoi confronti e quindi è più facilmente colpita…
    cmq: si sa qualcosa dell’esame?

  282. Ciccillo Says:

    Ma i risultati dell’esame non escono più???? ;-)

  283. marco Says:

    sono usciti prima di mezzogiorno;-) sono nella bacheca appena entrato sulla dx

  284. Enrico Says:

    Ma su internet non vengono messi i risultati?

  285. Dome Says:

    Domanda: l’idoneità è da registrare sul libretto?

  286. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    I would like to enter a few comments following the marking of your exam papers of April 27:

    1. The exam results should now be online as well. However, please note that I had to re-enter each result individually. Hence if you notice any discrepancy compared to the results displayed on the noticeboard in Palazzo Botta, please contact me.

    2. Those of you who passed the exam will have to log the result on your logbook. I will write to your representatives next week giving instructions of the procedure. The exam date that will appear on your logbook will be a June one, even though you sat the exam on April 27th.

    3. The results that you have achieved have been outstanding. Out of 187 students who ultimately took the exam, only 15 failed and, out of these 9 were quite close to a pass. With some extra revision these students will also achieve a good mark.

    4. I have noticed, with much pleasure, that you continue to use this blog even after completion of the Course. I certainly encourage you to do so and during the weekend, when hopefully I will have some time in hand, I will answer to some of the most recent questions that have been posted.

    All in all, very well done

    Ermanno

  287. Fede Says:

    cari colleghi…cosa ne pensate della notizia riportata su questo sito?? svolta dell’immunologia o bufala?

    http://www.sciencedaily.com/releases/2009/05/090514084103.htm

  288. Ciullo Says:

    Hi, this is really nice post i like it so much
    thank very much

  289. Bevelle Says:

    Thank for topic , that’s great
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  290. Billingsly Says:

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  291. Maull Says:

    Kolay gelsin.

  292. Pownell Says:

    Nice post. I run a tech industry news blog at techindustrynews.org – you should check it out!

  293. Pru Says:

    ciao a tutti, salve prof., non ho ben capito i concetti di isotipo allotipo e idiotipo, potete aiutarmi?

  294. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Pru,

    Antibodies are proteins and are potentially antigenic when introduced in suitable hosts.

    Specifically when introduced into another species a strong antibody response is observed and the resulting anti-antibodies typically react against the heavy chain and can discriminate between one heavy chain and another. For example a rabbit antibody raised against human IgG may not react against human IgA. Hence, such antibodies are called ‘isotype-specific’ (with isotype defining the set of epitopes specific for each heavy chain class and subclass).

    Allotipic antigenic determinants (so-called ‘allotopes’) are demonstrated instead when antibodies are transferred between individuals of the same species if the antibody of donor and recipient differ as a result of allelic variation. Collectively these allotipic antigenic determinants constitute the ‘allotype’ of an antibody molecule.

    Finally the antigenic determinants associated with the antigen-binding site of an antibody (which is unique for each antibody produced by each B lymphocyte) constitute the antibody ‘idiotype’ and the individual antigenic determinants within it are called ‘idiotopes’.

    The understanding of the antigenic determinants associated with antibody molecules is important at the level of basic science (our Course) but, as you will find out later on in your studies, also has practical implications in a clinical context.

    Ermanno

  295. Fede Says:

    Buongiorno!!
    Volevo sapere cosa sono i CBA mice, ho cercato su internet e ho visto che ci sono molti tipi di questi topolini, non capisco se tutti i topi inbred siano CBA o se quest’ultimi abbiano una particolare carratteristica!!
    grazie mille

  296. Simo Says:

    Per Fede,
    dai miei appunti risulta che i topi inbred siano topi “geneticamente perfetti” utilizzati per sperimentazioni. Essi sono ottenuti tramite incroci fratello/sorella eseguiti per almeno 18 generazioni al fine di renderli, per ogni linea, perfettamente singenici ed omozigoti in tutti i loci.
    I topi CBA sono semplicemente una delle linee inbred, così come i B6.
    O almeno questo è quello che ho capito io=)…ogni correzione è ben accetta.
    Simo
    PS: per quanto riguarda particolari caratteristiche dei CBA ho letto qua e là che sono utilizzati in sperimentazioni sui linfociti ed in particolare ho letto articoli sulla leucogenesi. ciao ciao

  297. Simo Says:

    leukemiogenesi pardon..

  298. Silvia Says:

    Buona sera!
    Anche io avrei una perplessità. Negli appunti e nelle dispense c’è scritto che l’ibrido creato da una cellula B ed un mieloma per ottenere anticorpi monoclonali produce sia gli anticorpi della cellula B (quelli che vogliamo ottenere) sia quelli del mieloma: non ho ben capito come si fa ad “eliminare” gli anticorpi prodotti dal mieloma.
    Grazie per l’attenzione!

  299. Luigi Says:

    Se ho capito bene, vengono utilizzate cellule di mieloma che hanno perso la capacità di sintetizzare la catena pesante oppure entrambe le catene dei loro anticorpi, quindi alla fine gli unici anticorpi completi sono quelli della cellula B. Ora, quello che non ho ben capito è perché è sufficiente che la cellula di mieloma non sintetizzi la catena pesante affinché non vengano prodotti anticorpi misti.
    ciao

  300. Simo Says:

    Da quello che ho dedotto credo che l’importante sia che non vengano prodotti gli anticorpi completi specifici del mieloma(quindi basta che manchi anche solo la sintesi della catena pesante).
    Quelli ibridi mieloma+linfocita B non hanno alcuna specificità e diventano ininfluenti.O almeno questo è ciò che ho capito io.
    ciao ciao

  301. Vincenzo Says:

    Se ho ben capito, nell’esperimento di Köhler e Milstein si creava, tanto per cominciare, una coltura di cellule di mieloma abbastanza grande da giustificare un certo numero di cellule mutanti HGPRT- di modo da identificare gli ibridi successivamente. Ora il punto è che tra i mutanti si scelgono cellule in cui si è persa l’espressione della catena H(o al massimo sia di quella H che di quella L) e che quindi producano anticorpi non funzionanti. Credo che la domanda di Luigi a questo punto sia: come mai proprio la catena H, visto che il determinante antigenico è formato dalla parte N-terminale della regione V, sia della catena H che di quella L?
    Probabilmente senza catena H, avente la porzione costante che interagisce con la membrana tramite l’estremità C-terminale, il BCR non sarebbe funzionale, perchè incapace di interagire con la membrana, e quindi questo tipo di cellula non sarebbe in grado di riconoscere nessun tipo di antigene e quindi di produrrre nessun tipo di anticorpi.

  302. Simo Says:

    Grande Vincenzo non ci ero arrivato!

  303. Silvia Says:

    Ok, ho afferrato.
    Grazie mille a Luigi, Simo e Vincenzo! :)

  304. Luigi Says:

    Io credo che una delle ragioni dell’impiego di cellule di mieloma incapaci di produrre catene H sia la maggior frequenza di mutazioni nel gene delle catene H rispetto a quello delle catene L che è più corto. Cioè in pratica in una popolazione di cellule tumorali viene persa prima la capacità di sintetizzare le catene H, quindi se la cellula tumorale è incapace di produrre catene L molto probabilmente aveva già perso prima la capacità di produtte catene H.
    Silvia figurati! :-)
    ciao

  305. Luigi Says:

    In risposta a ciò che dice vince, se noi avessimo ottenuto dopo l’esperimento una popolazione di cellule che producono O anticorpi (e quindi recettori) B O anticorpi misti oppure anticorpi del mieloma, non ci sarebbero problemi a discriminare le cellule che ci interessano, separandole in diversi pozzetti e testandole per vedere quali rispondono all’antigene B, quindi utilizzare cellule tumorali incapaci di produrre anticorpi non sarebbe neppure necessario. Il problema secondo me, è che una cellula ibrida, ricevendo una copia di ognuno dei cromosomi della cellula del mieloma e una copia di ognuno dei cromosomi della cellula B, possiede i geni per tutte le catene e produce anticorpi B, anticorpi del mieloma e anticorpi in cui le catene si sono mischiate e lo stesso vale per i recettori. Ora se noi usiamo cellule tumorali a cui manca la capacità di produrre catene leggere o catene pesanti, sempre a patto che gli anticorpi misti non contino, nella cellula ibrida gli unici anticorpi funzionanti, come diceva Simo sono quelli B. Come ho scritto prima secondo me il motivo per cui sulle dispense c’è scritto che vanno usate cellule che non producono o la catena H oppure entrambe (ci si chiederebbe se non si possa ottenere lo stesso risultato con cellule che non producono catene L) , è semplicemente che se riesci ad ottenere cellule che hanno perso la capacità di produrre catene L, probabilmente non producono neppure quelle H per il motivo di cui parlavo prima. Però non so, è una congettura, non ne sono per niente sicuro… ciao

  306. Luigi Says:

    Credo di aver frainteso Vincenzo, ciò che fa giustamente notare nel suo post è soltanto che una cellula di mieloma che non produce le catene H non può in nessun modo produrre recettori sulla membrana, al di là di ciò che avviene poi nell’ibrido.

  307. Simo Says:

    Per chi oggi non è venuto all’ADE:
    il prof oggi ha fatto giustamente notare che in un mio post precedente si parla erroneamente di topi inbred come geneticamente perfetti. Mi scuso ma mi sono espresso male in quanto intendevo topi “geneticamente perfetti”(tra virgolette appunto) PER LE SPERIMENTAZIONI, quindi non necessariamente perfettamente sani , ma semplicemente aventi le caratteristiche adatte al dato esperimento(e ovviamente singenici ed omozigoti in tutti i loci). Anche l’essere soggetti a particolari patologie è una caratteristica che è importante per alcune ricerche. Scusatemi ancora.
    ciao ciao

  308. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Simo,

    Thank you for your comments in reply to Fede’s query (re: CBA mice). Your statements, especially your latest one today, are correct.

    For you and all other students interested in finding out more about inbred strains, one of the resources discussed at our seminar earlier today, namely the Mouse Genome Informatics (MGI) server, is a good starting point. It has a search option for the major inbred strains (http://www.informatics.jax.org/external/festing/search_form.cgi) and you can use this to find out more about a number of classic inbred strains.

    Ermanno

  309. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luigi (and Vincenzo and Simo)

    Thank you for your extensive discussion of the issue raised initially by Silvia (re: antibodies produced by hybrid myelomas).

    If the somatic cell hybridisation experiment is carried out between B lymphocytes and an antibody producing myeloma, the outcome of the experiment is very complex one because, assuming that the hybrid does not undergo loss of the relevant chromosomes throughout, it can produce: (i) the antibody of the myeloma, (ii) the antibody of the B lymphocytes and (iii) an extensive array of hybrid molecules in which all possible combinations of the two H chains (from the myeloma and B lymphocyte) and the two L chains assemble randomly and produce antibodies that are of little value but pause considerable difficulties in obtaining pure preparations of the B lymphocyte antibody.

    If, instead a myeloma is used for fusion that has lost expression the situation is significantly simplified. Such a myeloma, as some of you point out, cannot assemble a functional antigen receptor on the cell surface and/or secrete soluble antibody but the myeloma L chain can still assemble with the H chain of the B lymphocyte and generate scrambled and non functional (or poorly functional) antibodies.

    The best fusion partners are HGPRT- or TK- myelomas that have lost expression of both the H and L chain. The only antibodies that these hybrid cells produce, therefore, are the B lymphocyte one and purification of the antibody is immensely simplified.

    There was no positive selection that could applied upon the myelomas for the generation of the H- or H-/L- variants and gene targeting experiments (covered in today seminar as well) had not been developed at the time. The generation of these variants, therefore, relied on continuous growth of the cell lines in question for a period of several years and regular monitoring for the loss of expression of the H and/or L chains.

    Ermanno

  310. Fede Says:

    Grazie mille a tutti per le risposte!!

  311. Simo Says:

    Ragazzi non mi capacito di una cosa che credo sia una stupidata ma ho un dubbio atroce..nella figura ove si tratta l’esclusione allelica nella lettura “B and T cell development” le cellule B mature presentano sulla superficie anticorpi con catene H di differente colore(e quindi diverse), ma siamo tutti d’accordo nel dire che ciò non è possibile e le catene H dovrebbero essere tutte uguali vero??grazie..ciao

    • Vincenzo Says:

      Guarda anche secondo me sono uguali. I colori forse si riferiscono alla produzione dei recettori in momenti “evolutivi” diversi, ovvero magari nei primi due recettori la ricombinasi era ancora “accesa”, nel terzo momento i geni per gli anticorpi sono già pronti per essere trascritti e tradotti al momento della stimolazione antigenica (mia personale interpretazione senza alcuna prova di sorta :P ). Comunque spero davvero che non si riferisca alla diversità delle catene, altrimenti non ho capito assolutamente niente :P

  312. Simo Says:

    Grazie Vincenzo..lo spero anche io =)

  313. Fede Says:

    ciao a tutti, non ho capito se l’anti-D agglutina o meno l’rh, sulle dispense sembra che l’anti-rh non faccia reazione di agglutinazione ma se si guarda l’esperimento sembra proprio che l’agglutinazione sia avvenuta.

  314. costy Says:

    Buongiorno a tutti!
    Help!

    Gli esperimenti di Moiser di Mitchell e Miller hanno dimostrato che la presenza dei macrofagi è necessaria per la risposta immunitaria, ma il loro ruolo è solo la presentazione dell’antigene esogeno ai linfociti Th? Questa funzione non può essere svolta anche dagli stessi linfociti B? Perchè nell’esperimento di Cantor e Boyse è sufficiente la presenza dei linfociti Th perchè avvenga la risposta immunitaria (in assenza di macrofagi)?

    Cosa significa PFCs nell’esperimento di Mitchell e Miller?

    Perchè, nello stesso esperimento, il midollo osseo con cui i topi vengono ricostituiti è singenico, mentre i linfociti T devono essere allogenici?
    Cosa significa la dicitura “CBA x C57Bl/6 F1 T cells “? Se si riferisce al genotipo e significa che i linfociti T sono eterozigoti ed esprimono entrambi i prodotti genici, perchè non vengono colpiti dall’addizione di anti CBA Ab + C’?

    grazie

  315. Th Says:

    Ciao costy…
    ora provo a rispondere alle domande ma non prendere le mie affermazioni come verità di fede..allora…
    1.i macrofagi hanno appunto la funzione di fagocitare il patogeno esogeno e poi presentare i residui proteici della degradazione associati all’MHC ai Th. I linfociti B possono, credo, solo internalizzare le tossine e altri derivati patogeni tramite processi di endocitosi e poi presentare le molecole rimaneggiate a livello lisosomiale tramite MHC(quindi non espletando una vera e propria fagocitosi). Cosi come le cellule dendritiche.
    2. Nell esperimento con SRBC di Cantor e Boyse credo che siccome gli antigeni presentati dagli eritrociti di pecora vengono riconosciti dai linfociti B(presenti nel topo) e poi presentati ai Th si fa semplicemente notare come la presenza dei Th amplifichi la risposta mentre quella dei Tc
    non lo faccia, la presenza di macrofagi o meno non cambierebbe le sorti dell’esperimento visto i fini preposti dai due scienziatI(dimostrare la presenza di due sottopopolazioni).
    3.PFCs=plaque forming cells(credo siano i follicoli secondari nella milza)
    4.se ti riferisci all esperimento di Mitchell e Miller-> il midollo deve essere singenico e i linfociti T no perchè cosi facendo con gli anti CBA Ab+C’ distruggi sia B che T mentre con gli anti C57Bl/6+C’ distruggi solo i T: a questo punto riesci a dimostrare che la risposta umorale (introduci sempre SRBC) è data dai linfociti B e non dai linfociti T(in assenza di tutti e 2 +/-, in presenza di tutti e due ++++ e in assenza dei soli T ++++, ergo i T servono a poco)..
    sperò di non aver detto troppe scemenze…ciao

  316. Th Says:

    Comunque si sono eterozigoti e vengono colpiti dall’anti CBA+C’..

  317. michele Says:

    So che l’argomento è stato già toccato in questa sede da Enrico e il Prof. (9 e 16 aprile 2009) ma c’è un punto che mi resta poco chiaro. Parlando del rapporto fra il processo di selezione positiva per i linfociti T in via di maturazione che interagiscono con MHC self e il rigetto di allotrapianti, e alla luce del fatto che la struttura del complesso TCR-antigene-MHC permetta comunque interazione con MHC non-self, come mai l’esperimento di Zinkernagel non registra attività citotossica anche nei confronti della linea H2-a di cellule infettate? non sarebbe in fondo una situazione sovrapponibile a quella di allotrapianto?

    grazie

  318. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Simo and Vincenzo,

    You are right in saying that the schematic on allelic exclusion available on your website displays some H chains in different colours. This is wrong and it is a file problem. The schematic is supposed to show the H chain in a single colour throughout and three colours for the L chain (invariant, kappa and lambda). The file on my computer displays correctly and I will resubmit it to the University website to ensure that the correct colours are retained. Thank you for pointing out this technical issue.

    Ermanno

  319. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Fede,

    Re: Anti-D antibodies and agglutination

    The anti-D antibodies produced experimentally in order to demonstrate the presence (or absence) of the D antigen are chosen in order to cause agglutination because agglutination reactions are simple and very sensitive. In essence, the best IgM antibodies are chosen because IgM are the best agglutinins.

    In contrast, in the natural history of HDN due to anti-D antibodies, the antibodies most important in causing disease are IgG subclasses that can cross the placenta. These antibodies bind to the D antigen of fetal RBC and cause their destruction but, in the laboratory, they generally do not cause agglutination. Hence their demonstration required the use of a secondary antibody, as in the case of Coomb’s indirect test.

    Ermanno

  320. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Th and Costy,

    Re: role of macrophages, PFCs, Mitchell & Miller’s experiment

    Thank you, Th, for your valid input into the questions posted by Costy. Costy, in essence, B cells express MHC class II proteins and can present antigen to Th cells but macrophages (and related dendritic cells) are the best cells at doing so.

    The plaque forming cells (PFC) do not define a specific histological subset in lymphoid tissues. They are cells that produce antibody to SRBC that can be demonstrated in a Petri dish using Jerne’s plaque assay. Hence counting the number of PFCs is a way to measure the efficacy of the antibody response.

    In Mitchell & Miller’s experiment, as I have explained during the lecture and in other postings, the anti-CBA antibody kills both B and T cells in the Petri dish because both B and T cells express CBA antigens (the B cells in a homozygous form, the T cells in a heterozygous form). However the anti-C57BL/6 antibody that only kills T cells has no effect on the SRBC response, hence the conclusion of the experiment is that the antibody-producing cells are bone-marrow derived cells.

    Ermanno

  321. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Michele,

    Re: MHC restriction and allograft rejection

    Your question is precisely the question that has fascinated (and tormented) a generation of immunologists.

    In the experiment of Doherty and Zinkernagel it is clear that T cells selected in a thymus composed of cells expressing the H-2b haplotype are unable to interact with cells expressing antigen through MHC proteins encoded by the H-2a haplotype. The experiment has been carried out with inbred strains (A and B10), it can be repeated endless times, the results are always the same and the conclusion is obligatory: namely MHC restriction.

    In the outbred human population, it is clear though that a subset of TCRs are able to engage foreign MHC class I molecules after an allograft and the crystal structures discussed in the lecture reveal how this may happen.

    Imagine that both recipient and donor are heterozygous for the MHC class I genes A, B and C. In both subjects, therefore the products of six alleles are expressed. If the products of one pair of alleles (one in recipient and one in the donor) are sufficiently in the areas of the MHC protein recognised by the CDR1 and CDR2 loops of the TCR, this is sufficient in order to activate a robust T cell cytotoxic response.

    Clearly this is not the case in the experiment of Doherty and Zinkernagel where the alleles encoded by H-2a and H-2b are different enough but it happens in the vast majority of cases of allografts in an outbred population. Please also bear in mind that the A and B10 strains are inbred and hence homozygous whereas the majority of individuals in an outbred populations are heterozygous and this increases the chances of a promiscuous engagement of foreign MHC).

    Ermanno

  322. luckyconserva Says:

    buonasera………

    dunque ,

    i linfociti t helper inducono 3 processi da quel che ho capito , ma solo il primo mi è chiaro….

    1)proliferazione B-memoria e B-plasmacellule, quindi anticorpi specifici per l’antigene .. OK

    2) proliferazione di linfociti T “impegnati (ENGAGED) con l’antigene”: … (questi sono una sorta di “T helper memoria?”

    3)attivano i macrofagi: nel senso che li inducono a fagocitare agenti patogeni ancora in circolo. ma come fanno ad attivarlI ?

    4)…. poi c’è una quarto processo che è l’attivazione di linfociti T citotossici: ma perchè un linfocita T helper dovrebbe attivare un T citotossico se il primo riconosce solo cellule con MHCII , mentre il secondo solo cellule con MHCI ??

    5) altra domanda …. l’anticorpo interagisce direttamente con il batterio nell’attivazione classica del complemento. nel caso invece di produzione di linfB indotta dal linfocita Th, l’anticorpo reagirà con una cellula presentante l’antigene, ma la reazione è la stessa , quindi lisi della cellula tramite pori di membrana?

    LUCKY

  323. luckyconserva Says:

    … con la domanda 4) intendo dire (magari non è chiara) che non è nell’interesse del Thelper indurre la risposta di T citotossici, visto che lui ha riconosciuto un MHCII che il citotossico non può uccidere…

  324. Simo Says:

    Lucky provo a rispondere,
    allora..
    2)e 4) secondo me hanno una risposta comune..
    durante un infezione virale o comunque intracellulare(Mycobatterio) i linfociti T citotossici riconoscono gli antigeni associati con MHC di classe I..in questo caso le cellule presentanti l’antigene(APC) possono fagocitare cellule infettate dal virus i cui frammenti vengono considerati come un patogeno “extracellulare” ed esposto con MHC di classe 2! Quindi attivano gli helper che stimolano i citotossici che riusciranno a dare risposta(l’infezione è virale)..inoltre le APC hanno come tutte le cellule anche MHC di classe 1 quindi se invece vengono infettate dal virus lo presentano ai T citotossici dai quali però vengono poi distrutte.
    Per quanto riguarda T memoria non esistono, le cellule ENGAGED sono i T citotossici o gli altri helper attivati nel caso di infezione anche extracellulare.
    3) liberano fattori chemotattici, citochine
    5)L’anticorpo non agisce mai con un APC, credo, ma solo con patogeni extracellulari(virus, tossine) o aventi antigene di superficie(batteri).Poi può opsonizzare o fare ADCC ma non attacca cellule infettate, o che comunque hanno processato l’antigene, sono responsabili di immunita umorale e non cellulare sebbene la aiutino…

  325. michelle Says:

    buona sera professore stamattina Lei ha parlato delle origini de l’Aids e vorrei nello spirito scientifico discutere con lei la prima ipotesi che personalmente mi è sembrata un po scientificamente improbabile Le chiedo se ci sn prove scientifiche o altre attestando questa ipotesi nonché l’argomento mi tocca personalmente ma vorrei ragionare su questo con il suo aiuto ovviamente Grazie .

  326. luckyconserva Says:

    simo,, grazie, :)
    ma rimangono dei dubbi, perchè è diversa la risposta in caso di VIRUS O IN CASO DI BATTERI !!!
    1)il linfocita citotossico non riconosce MHCII estranee , MA SOLO MHC1, quindi chi si occupa di lisare la cellula con MHCII estraneo se non l’anticorpo? DI MHC1 SI OCCUPANO I CITOTOSSICI, MA DI MHC2 NO ! cioè secondo te succede questo:
    -arriva batterio
    -alcuni macrofagi lo “mangiano” e presentano l’antigene
    -apc con MHC2 quindi attiva i citotossici x uccidere MHC2 stessa, mentre i linfociti B sono fatti proliferare x andare ad uccidere i batteri non ancora mangiati oppure x fare ADCC e quindi aumentare la fagocitosi stessa
    ????????????

    2)e poi ho un pò di confusione sui passaggi della rete immunitaria… nel senso il macrofago quando interviene? può intervenire sia per primo oppure anche dopo, essendo attivato dal t helper, giusto? ci sono casi in cui il macrofago non riesce ad agire?

  327. luckyconserva Says:

    il fatto è che non mi risulta che celule con MHCII vengano lisate dai linfociti citotossici… o magari è così e io non avevo capito….

  328. luckyconserva Says:

    ok, mi sfuggiva il piccolo particolare che l’mhc2 una volta inglobato il batterio non deve essere lisata, al contrarop di quella virale, che invece va lisata.. grazie simo !!

  329. Simo Says:

    Quindi tutto ok…!anche il fatto che in realtà i T helper memoria esistano e io ho detto una gran cavolata nell’altro intervento=)..
    ciao Lucky ci vediamo a lezione..

  330. Derek Says:

    ciao a tutti!
    avrei qualche domanda
    1 qalcuno mi sa spiegare l’espermeto di P.Gorer…
    2 nel fenomeno d koch viene spiegato come questo vega usato per la diagnosi o in generale per verificare se il soggetto al quale viene somnistrata la tubercolina sia stato affetto in precedenza da tubercolosi o meno
    si dice:
    if a normal guinea pig is inoculated with a pure culture of tubercle bacillus, the wound closes rapidly and heals in the first few days. After 10-14 days, however, a firm nodule appears at the site of injection which opens forming an ulcer. This typically persists until the animal dies.

    io dico: ma se gli animali che sono sani muoiono e quelli che sono stati affetti in precedenza formano delle placche necrotiche ne caso in cui gli si somministri tubercolina, cm è possibile usarla comunemente per fini diagnostici?
    è molto probabile che questa mia osservazione sia frutto o della mia ignoranza in inglese o della mia ignoranza sulla tubercolosi ma volevo verificare che non derivasse da qualche altra forma di ignoranza per me ora più pericolosa imunologica (in chiave esame)
    3 nell esperimento di mitchell and miller la timectomizzazione serve a impedire che le celluce di midollo osseo singeniche immesse nei topi irradiati possano maturare e divenire cellule T andando a impedire di definire chiaramente le responsabilità rigurdo alla produzione d anticorpi tra le due sottopopolazioni linfocitarie (T e B), cosa che invece risulta possibile nel caso in cui gli unici t esistenti siano quelli del ceppo (non CBA) che abbiamo immesso nel topo.
    è una spiegazione che mi sono dato io ma volevo sapere se qualcun altro la codivide
    4 nel caso in cui la mia interpretazione sia giusta perche nell’esperimento di Cantor non avviene la timectomizzazione dei topi allora?
    vi ringrazo per l’attenzione prestatami e chiedo scusa nel caso che le stupidaggini da me dette abbiano urtato la sensibilità di qualcuno

  331. Simo Says:

    Ciao Derek,
    1.Gorer, come altri facevano per gli studi sui trapianti, in quegli anni stava provando a trasferire tumori da topi albini a topi neri, i quali però li rigettavano. Nello stesso tempo, in alcuni suoi studi sui gruppi sanguigni,aveva notato che il siero umano di soggetti A reagiva con gli antigeni dei globuli rossi di alcune linee inbred e lasciava intatti quelli di altre. Gli antigeni suddeti seguivano inoltre l’eredità mendeliana ed erano 3. Gorer collega i due esperimenti e dice che il rigetto dei tumori era dovuto alla presenza dell’antigene 2 sulle cellule del tumore e dell’anticorpo corrispondente nel siero dei topi neri.In vivo infatti il tumore viene rigettato. In vitro ripete lo stesso esperimento ma le cellule di tumore non vengono uccise dal siero e non funziona nemmeno la sieroterapia in topi affetti.
    Quindi: il rigetto non è di tipo anticorpale, ma necessariamente cellulare ed è dovuto ad antigeni di istocompatibilità.
    2. La diagnosi di tubercolosi viene effettata col test della tubercolina ed in parallelo altri strumenti diagnostici in quanto non sempre è affidabile il test cutaneo.
    Comunque la tubercolosi è molto spesso latente, ovvero ne sei infetto, ma è asintomatica, ma a volte può risvegliarsi ed attaccare l’organismo; inoltre non è detto che un individuo affetto ne muoia anche se non trattato(in assenza di cure uccide più del 50% di soggetti infetti ma non la totalità).
    Quindi il test(test di Mantoux, che ha dei parametri che non so spiegarti) viene effettuato per determinare se il paziente ha avuto in precedenza la tubercolosi o è stato immunizzato artificialmente(vaccino), se ne è affetto(se non sbaglio il risultato del test è simile al precedente ma molto più evidente), o se invece non è immunizzato e deve venire vaccinato.
    3.condivido=)
    4.Il topo è irradiato e quindi verosimilmente immuno-incompetente; gli vengono iniettate anche cellule B infatti. Entro certe tempistiche credo quindi che gli unici T e B presenti siano quelli iniettati, quindi per l’esperimento questo basta.
    credo che la timectomia sarebbe stato solo un passo in più da fare, non errato, ma comunque superfluo( e anche deletereo per quella povea bestia)=)
    spero di non aver detto cavolate..e..non rispondo sempre io per mania di protagonismo ragazzi ma semplicemente perchè leggo spesso il blog..giuro=)

  332. valentina Says:

    salve a tutti,come ci si iscrive all’appello del 9 aprile?

  333. Derek Says:

    Grazie Simo

  334. costy Says:

    Per iscriversi all’ esame: dovrebbe essere possibile iscriversi on line con la normale procedura di iscrizione tra qualche giorno, quando verrà aggiunta la data dell’ appello straordinario. Per il momento non è ancora possibile.

  335. luckyconserva Says:

    PERCHè NELLE CELLULE DI MIELOMA HGPRT- SELEZIONATE DOPO L’AGGIUNTA DI ANALOGHI DEL SUBSTRATO, DOVREBBERO ESSERCENE ALCUNI SENZA CATENE H O L ?? CHE COSA HA A CHE FARE LA MUTAZIONE NEL GENE PER I DUE ENZIMI CON LA MUTAZIONE NEL VDJ ??

    LUCKY

  336. GVH Says:

    Ciao!
    Non mi è chiaro come determinare i possibili aplotipi dei figli partendo dall’analisi degli aplotipi dei genitori….

    • Simo Says:

      Sembra difficile ma non lo è..il presupposto è che no avvenga crossing over..quindi prendi semplicemente i geni di un cromosoma della madre e li unisci a quelli del padre, per tutte le combinazioni possibili..4 in tutto..tipo..vado a caso non guardare numeri..PADRE: A7B12C3/A3B11C6 MADRE: A8B6C11/A9B7C8
      FIGLIO: A7B12C3/A8B6C11, A7B12C3/A9B7C8, A8B6C11/A3B11C6, A9B7C8/A3B11C6
      spero di non aver frainteso tutto=)

  337. Fede Says:

    Simo tu dici che il rigetto del trapianto non è di tipo anticorpale, secondo me se esegui un trapianto tra 2 soggetti con MHC completamente diverso (senza quindi analisi deali antigeni specifici) si ha un rigetto iperacuto come se ci fosse incompatibilità AB0, in questoi caso secondo me intervengono gli anticorpi.. non so se mi sono spiegata ;-)

    • luckyconserva Says:

      il rigetto del trapianto è di tipo anticorpale quando si tratta di trapianto xenogenico….. e di trapianto allogenico solo quando c’è incompatibilità ABO ed è quindi iperacuto.
      anche nel rigetto ACUTO, accanto alla risposta cellulo mediata che porta alla necrosi del parenchima dell organo trapiantato, agiscono gli anticorpi . questi si occupAno di distruggere le cellule endoteliali in modo che il trapianto non venga nemmeno vascolarizzato (COME NELL’IPERACUTO) o smetta di esserlo , quindi vasculite.
      quindi Sì nel rigetto del trapianto intervengono gli anticorpi, MA non tanto x la differenza di MHC (che è mascherata dall’antigene ESTRANEO e proprio x questo i linfociti reiscono a scatenare una risposta immunitaria su un MHC ESTRANEO) … almeno io credo sia cosi.

      gli anticorpi non intervengono in caso di una risposta immunitaria normale (non di rigetto del trapianto) in cui ci siano di mezzo cellule con MHC PROPRIO, o meglio intervengono, ma non direttamente sulla cellula con MHC. su quest’ultima agiscono i linfociti T (citotossici x MHC1 e helper x MHC2)…sono poi gli helper a far proliferare gli anticorpi.

  338. Cassandra Says:

    Ciao a tutti!
    non ho capito, quando si parla della stima del numero di geni in loci complessi
    (-counting bands in Southern blots
    -reassociation kinetics of DNA-DNA hybrids in solution
    -saturation sequencing of sequences obtained by PCR amplification and,
    -complete mapping and sequencing of the locus)
    il terzo modo per stimarli: cosa vuol dire sequenziare la saturazione delle sequenze ottenute da amplificazione PCR? Bisogna amplificare con la pcr il gene che ci interessa, e poi controllarlo per vedere come si ibrida?
    grazie.

  339. Fede Says:

    per luky,
    io intendevo nel caso in cui l’MHC sia palesemente diverso, come se non avessimo fatto l’analisi delle proteine di superficie. Per quanto riguarda il fatto che l’antigene copra i siti di legame ciò è utile solo nel caso in cui le 2 molecole MHC in questione siano tanto simili da legare , negli altri siti di contatto, lo stesso tcr..(ciò avviene quando si fa l’analisi delle proteine degli MHC in donatore e aziente poichè si ricerca la maggior similitudine)
    Grazie cmq

    • luckyconserva Says:

      si in effetti hai ragione, la storia del mascheramento della differenza ha senso quando le MHC sono simili. …
      se sono completamente diverse, però io penso che comunque il sistema possa reagire solo nei confronti dell’antigene, come nel caso dello xenotrapianto x esempio : sono il prodotto di GALGAL e le proteine del complemento il problema, non l’MHC… altrimenti non avrebbe nemmeno senso la questione del mascheramento da parte dell’antigene … quando MHC è completamente diverso non può nemmeno legarsi al TCR, QUINDI IL RIGETTO è ESCLUSIVAMENTE ANTICORPALE, ….

  340. Simo Says:

    Per Lucky,
    non centrano nulla l’una con l’altra, non sono in rapporto di causa effetto, semplicemente alcune cellule di mieloma perdono quelle sequenze(o ccomunque mutano li), quindi perdono la capacità di produrre anticorpi e quindi quelli che vengono prodotti dall’ibrido sono solo quelli del B.
    Credo……comunque sono d’accordissimo su tutto ciò che hai scritto sui trapianti.
    Per Fede,
    si intervengono anche gli anticorpi perchè l’MHC ha dei determinanti antigenici(esistono gli anti-HLA abs per la tipizzazione), però non credo sia il meccanismo principale in un trapianto che ha dei criteri(ABO compatibile, aplotipi simili).

  341. Ermanno Gherardi Says:

    To my students in Pavia,

    I trust that your revision of the Immunology course work is progressing well.

    I am very pleased that you are using the web journal regularly to exchange thoughts and I should be able to comment on several of your questions Thursday or Friday this week.

    In the meantime, I have set up the exam date of April 9th on your server, hence those of you who intend to enter the exam on April 9th can now do so. You may enroll until the 7th of April because on Thursday the 8th I need to travel to Pavia and let you know how many groups we will need on Friday 9th. So please check the web journal for this on Thursday 8th.

    It has been a pleasure to teach you, I hope that you have enjoyed learning Immunology and I look forward to excellent exam results.

    Ermanno

  342. Fede Says:

    Simo
    si infatti era proprio quello che intendevo!! ;-)

  343. Derek Says:

    Avrei una domanda da fare alla Simo…
    Simo…

    Mah perchè proprio i modelli…?? :)

  344. Francesca Says:

    Ma la lezione della professoressa Santoni rientra nell’esame?

  345. èlly Says:

    Buongiorno a tutti!
    1.studiando il meccanismo ADCC mi è venuto un dubbio.
    Nel capitolo sulle risp effettrici si dice che il meccanismo nel caso di cell NK coivolge PERFORINA e nel caso di macrofagi solamente granzimi.e le cell Tc non vengono neanche nominate. Mentre nel capitolo dell’ipersensibilità di tipo 2 si dice che il meccanismo ADCC coinvolge linf Tc e il legame Ag-Ab (Ab legato a sua volta al Tc) linduce una lisi PERFORINA-DIPENDENTE. qualcuno mi saprebbe spiegare queste differenze?
    2.gli epitopi sono componenti dell’Ag. Allora perchè quando si parla di isotipo, allotipo e idiotipo si parla di epitopi come se fossero dei componenti dell’Ab? es. Allotipo=definisce un epitopo derivato da sostituzioni alleliche nella catena H o L (che fa parte dell’Ab)

    • luckyconserva Says:

      1. non avevo fatto caso a questa cosa. io credo sia sbagliato….
      come dici tu giustamente l’ADCC è un processo che avviene mediante i macrofagi, gli eosinofili, i neutrofili e i NK, i quali legano gli Ab diretti verso una cellula bersaglio da uccidere. praticamente con il loro recettore x Fc dell’Ab, legano quest’ultimo, lasciando cosi libero il sito di legame Ab-Ag. E sono cosi “indirizzati” dall’anticorpo stesso alla cellula che presenta l’antigene e poi
      -Nk e eosinofili usano perforina
      -neutrofili e mcrofagi usano granzimi
      e ammazzano la cellula.
      I LINFOCITI T CITOTOSSICI NON C’ENTRANO. NON SO PERCHè VENGONO MENZIONATI NEL CAPITOLO DELL IPERSENSIBILITà DI TIPI II.
      L’IPERS. DI TIPO DUE OLTRE ALL’ADCC COINVOLGE ALTRI PROCESSI CHE RICHIEDONO L’ANTICORPO E CHE SONO L’EMOLISI DA PARTE DEL’igM con il complemente. e la degradazione di eritrociti da parte delle igE, che non riescono ad attivare il complemento e quindi richiamano i macrofagi che si pappano tutto :)

      2. gli epitopi sono componenti dell’antigene, infatti quando menziona allotipo isotipo e idiotipio, la premessa che sfugge è che bisogna considerare l’anticorpo come antigene !!!!! e quindi in pratica se noi mettiamo un anti-Ab, vediamo a quali parti dell’Ab si lega. queste parti sono appunto gli epitopi in questione !
      ISOTIPO= sono situati sulle regioni cost e distinguono le ≠ classi e sottoclassi immunoglobuliniche di una data specie animale. quindi in pratica sono le regioni che sono ovviamente diverse in ogni classe, M G A E
      ALLOTIPO= derivano da sottili differenze della sequenza amminoacidica codificate da alleli ≠ dello stesso gene. QUINDI PER ESEMPIO LE DIVERSITà TRA LE CARIE SOTTOCLASSI G o A
      IDIOTIPO= è la regione che lega l’antigene. diversa ovviamente x ogni Ab

  346. Dani Says:

    Ciao a tutti!
    Vorrei fare una domanda magari stupida: cosa vuol dire “mer” nell’ultima frase del capitolo sulla struttura delle mhc proteins? dice che le mhc di classe 1 legano 8-9 mer peptides, mentre le mhc di classe 2 ne legano 12-24.
    Invece i SUPERANTIGENI sono semplicemente degli antigeni che inducono un’attivazione talmente elevata di cellule T che portano a effetti dannosi invece di scatenare una risposta immunitaria efficace?
    ho capito giusto?

    • luckyconserva Says:

      anche io mi sono chiesta cos’è quel mer … bo magari vuol dire “una parte” però deriverebbe dal greco, m i risulta strano che in inglese ci sia una parola che derivi dal greco… mah, speriamo qualcuno ci risponda…
      comunque per i superantigeni sono proteina (es. ENTEROTOSSINA DA STAFILOCOCChi) che induce la proliferazione massiccia di linf T . questo avviene perchè l’MHC2 dellla cellula con il superantigene (una parte dell MHC fuori dal sito di legame x il superantigene) si lega a residui del TCR nel dominio Vbeta….
      ma non è una risposta efficace perchè fanno proliferare troppi linfociti T e quindi troppe citochine, provocando anche shock o morte!!

      • Simo Says:

        Anche io mi stavo spaccando la testa su quel mer…e mi sono risposto che con mer si intende il numero di residui del peptide che vengono legati..però MI sono risposto..il mondo scientifico potrebbe non pensarla così=)

    • fabio Says:

      avete poi capito cos’è quel “mer”? (io l’ho trovato in un articolo e non capisco cosa sia)

  347. Dani Says:

    Gli adjuvants invece sono sostanze che in ogni caso aumentano la risposta immunitaria, quindi aiutano gli anticorpi? questo sia per gli incomplete adjuvants che per quelli complete?

    • luckyconserva Says:

      quelli incompleti servono a rattenere l’antigene e a richiamare macrofagi nel luogo dell’ iniezione .si tratta di un olio naturale …..
      quello completo è come l’incompleto+ aggiunta di bacilli morti , e l’effetto che fa è potenziare il vaccino visto che ci sono i micobatteri … credo…. e a volte possono provocare reazioni abnormi perchè potenziano troppo la risposta. insomma sono usati con cautela…. se ti leggi i siti di “MEDICINA BIOLOGICA ALTERNATIVA” trovi un sacco di cavolate sui coadiuvanti, cioè io non ci credo, per me esagerano. è chiaro che vanno usati con cautela

  348. milklady Says:

    Ciao a tutti, studiando i determinanti antigenici sulle immunoglobuline non ho capito quale sia la relazione fra idiotipo da un lato e isotipo e allotipo dall’altro. Sul Kuby si legge che anticorpi anti idiotipo sono prodotti iniettando anticorpi che hanno una minima variazione nel loro isotipo e allotipo rispetto all’ospite. Perchè?
    Se due individui A e B sono di specie diverse, dunque con isotipo diverso, potrei capire che iniettando un dato anticorpo di A in B anche la regione variabile possa essere riconosciuta come estranea con conseguente produzione di anticorpi anti idiotipo da parte d B, semplicemente perchè si tratta di materiale proteico di specie diverse (o non è così immediato?)
    Nel caso in cui A e B siano della stessa specie e abbiano un allotipo diverso per un anticorpo IgG ad esempio: se inietto in B l’IgG di A avrò come risultato la produzione di anticorpi anti allotipo da parte di B. Ma perchè B produrrà anche anticorpi anti idiotipo? Se due anticorpi hanno allotipo diverso significa che hanno lievi variazioni nella sequenza amminoacidica delle catene costanti, dovute a diversi alleli di alcuni geni che codificano per la regione costante, ma questo cosa ha a che fare con la regione variabile? E’ sempre detto che se varia qualcosa nella regione costante allora varia anche quella variabile, con conseguente produzione di anticorpi anti idiotipo in tutti i casi in cui si producano anticorpi anti allotipo?
    Grazie

    • luckyconserva Says:

      mi sa che confondi idiotipo con isotipo innanzitutto. IDIOTIPO è la variazione nella regione VARIABILE, legante l’Ag, le CDR…… e per avere anticorpi anti idiotipo devi mettere insiem Ab che siano praticamente identici nelle regioni “isotipiche e allotipiche” cioè che siano della stessa classe e sottoclasse,e dunque abbiano e pokissime differenze nella regione costante (che è quella che determina l’isotipo, e che è uguale nelle stesse specie) ma senza nemmeno variazioni amminoacidiche anche di un solo a.acido ( che sono quelle che determinano l’allotipo e quindi l’appartenenza a una det. sottoclasse)…DUNQUE ZERO DIFFERENZE NELLA REGIONE COSTANTE …. in questo modo puoi vedere le differenze nell’unica parte restante cioè quella appunto che lega l’Ag …
      questa è la correlazione tra idiotipo e isotipo/allotipo

      quindi secondo me non ci sono Ab con diversa porzione costante ma stesso idiotipo.
      però ci sono Ab con uguale struttura costante e diverso idiotipo …

      • luckyconserva Says:

        invece l’iniezione di Ab di una specie animale in una specie ≠ induce una risposta anticorpale specifica per i determinanti isotipici estranei. Gli Ab anti-isotipici sono usati per determinare la classe degli Ab prodotti nel corso di una risposta immunitaria oppure per caratterizzare la classe di Ab di membrana espressi sui linfocitiB.

      • Simo Says:

        Lucky, condivido tutto il resto..però secondo me esistono Ab con stesso (o poco variato) idiotipo e diverso isotipo..esempio..nella risposta immunitaria anticorpale prima agiscono IgM (e anche qualche IgD se non sbaglio)poi subentrano IgG..diverso isotipo ma rivolte verso lo stesso antigene..certo c’è poi l’ipermutazione somatica..e a proposito di ste robe su idio, iso, e allo.. tra le domande d’esame c’è n’è una che vorrei sottoporti: A mouse monoclonal antibody isolated from the BALB/c strain is injected in C57BL/6 mice. The anti-antibody response is predominantly against:
        1 Isotypic determinants 2 Allotypic determinants 3Idiotypic determinants
        Io dico la 3=)

  349. Derek Says:

    Qualcuno mi può spegare
    bene l’esperimento di Baltmore?
    avevo preso degli appunti fantastici ma non riesco leggerli…!
    vi ringrazio anticipatamente

  350. luckyconserva Says:

    simo ma cos è BALB/c ? per cosa sta?

  351. Simo Says:

    è tipo CBA, sta per la linea inbred dei topi..credo..=)

    • luckyconserva Says:

      a si va bhè non è importante nella domanda il significato della sigla.
      si comnque IDIOTIPICI anche per me perchè comunque sono due topi…. mentre nella domanda in cui dice di mettere Ab umano in un topo C57, Lì è DIRETTA A ISOTIPO LA RISPOSTA, VERO ‘???

  352. Simo Says:

    Si si decisamente..allora l’abbiamo capito dai..forse..

  353. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luckyconserva, Fede, Simo (and probably others),

    Re: Cell-mediated and antibody-dependent effector mechanisms in allograft rejection

    I would like to clarify your discussion on this topic. After an allograft, there is an antibody response. However, as I said a number of times during our lectures, you not only have to record facts but argue about their significance. In the case of allograft rejection, the role of the antibody response is hardly significant because in animals that cannot produce antibodies (for example in chicken that have undergone neonatal bursectomy) the immune response to allografts is indistinguishable from that of control animals. The logical conclusion of this work, therefore, is that allograft rejection is effected by a cell-mediated (Tc) response.

    The above statement, however needs to be qualified as follows: in animals that have impaired cell-mediated immunity (whether genetic or acquired), the antibody response to the allograft acquires a more important role in rejection.

    Ermanno

    • luckyconserva Says:

      but in the case of xenograft rejection, is the antibody response the only one ? i understand the basis of the MHC recognition in the allograft rejection, but this process (MHC recognition) has no role in xenograft rejection because the MHC molecules are completely different…. it’s right?
      when i said that the antibody response is the only one, i referred to the case of xenotransplanation..

      • Simo Says:

        Come sei English Lucky..=)
        comunque ho trovato questo guardando qua e là su internet..

        Il problema del rigetto: immunologia dello xenotrapianto d’organo

        2. Quattro sono gli ostacoli immunologici da superare per realizzare con successo uno xenotrapianto da maiale a primate (umano o non umano). Primo fra tutti il rigetto iperacuto che è causato dagli anticorpi xenoreattivi preesistenti e dal complemento del ricevente che agiscono contro le cellule endoteliali dell’organo dell’animale donatore13. Secondo, il rigetto acuto vascolare, causato dall’azione combinata degli anticorpi xenoreattivi indotti, dalle cellule natural killer attivate e dai monociti del ricevente. L’azione combinata di questi stimoli (anticorpi antitrapianto e cellule attivate del ricevente) attivano le cellule endoteliali dell’organo donato. L’attivazione delle cellule endoteliali causa infiammazione e trombosi (aggregazione piastrinica e attivazione della cascata coagulativa) con conseguente rigetto dell’organo. Terzo, lo xenotrapianto potrebbe anche essere soggetto al rigetto mediato dalle cellule T, così come avviene nell’allotrapianto (trapianto tra individui della stessa specie). Infine, lo xenotrapianto potrebbe anche essere soggetto a rigetto cronico, problema quest’ultimo anch’esso comune all’allotrapianto.

        Spero non sia spazzatura che spesso si trova su internet..

  354. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Michelle,

    Re: AIDS origin – bush hunter hypothesis

    The bush hunter hypothesis as a mechanism that led the transfer of a SIV into a human is widely credited in the scientific and medical literature. This is different from saying that it is proven.

    Hence my answer to your question is that the bush hunter hypothesis is plausible but unproven.

    Ermanno

  355. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luckyconserva, Simo (and probably others),

    Re: Th cells, macrophages and Tc in the immunity to intracellular pathogens.

    You raise several interesting points in your discussion and, in order to clarify a few of your questions, let’s compare two types of intracellular pathogens: viruses and bacteria. (i) different viruses infect different cell types in the body, (ii) in most viral infections there is a strong antibody response, this generally leads to the appearance of neutralising that will block further infection by newly released virus particles, (iii) alongside the antibody response, there is a strong cell-mediated and this follows viral replication within the cell, presentation of viral antigens in association with MHC class I proteins and ultimately a Tc response that kills infected cells.

    The immune response to intracellular bacteria shows similarties with the above but mportant differences as well: (i) fewer cell types internalise bacteria effectively and phagocytic cells generally have a major role in this process; for example, in the important case of M tuberculosis – discussed in our lectures – the uptake of the bacterium is confined to macrophages and dendritic cells, (ii) degradation of M tuberculosis by macrophages through the lysosomal pathway is the basis for antigen presentation via MHC class II molecules, activation of Th1 cells and ultimately, the tissue response known as delayed type hypersensitivity (effected by macrophages but mediated by cytokines and other molecules produced by antigen-specific Th1 clones), (iii) the ability of M tuberculosis to survive and replicate in macrophages enables these cell concurrently to present bacterial antigens via MHC class I molecules (macrophages express both class II and class I) and this is a basis for a Tc mediated response that leads to macrophage killing by Tc. In summary the immunity to the early stages of M tuberculosis infection is Th1-dependent macrophage activation (discussed more extensively in our lectures as this is the basis of Koch’s phenomenon) and Tc-dependent killing of infected cells.

    Of course it is nothing short of outrageous that you study Immunology without a rigorous foundation of virology and bacteriology and this matter will have to addressed in future.

    Ermanno

    • luckyconserva Says:

      grazie Prof, anche io ho ho realizzato che gran parte dei miei problemi derivano dal non avere le basi della microbiologia. comunque ciò che non mi era chiaro era la replicazione del virus nei macrofagi e la presentazione dell’Ag tramite MHC 1…

      grazie mille

  356. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Derek,

    Re: Gorer and MHC

    The reply you from Simo to your query is spot on, I do not need add anything.

    Concerning your question on Mitchell and Miller’s experiment, irradiation and thymectomy are carried out in order to wipe out the immune system and reconstitute with cells (syngeneic bone marrow cells and F1 T cells) that enable discrimination between the two populations and hence identification of antibody-producing cells. The experiment aims to (and achieves) maturation of bone marrow derived B cells into mature B lymphocytes and plasmacells, contrary to what you write.

    There is no need to thymectomise the mice used by Cantor and Boyse for their experiment, if you read the experiment carefully.

    Ermanno

  357. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luckyconserva,

    Re: H and L loss chain myelomas.

    Mutations at the H or L chain loci that disrupt expression of H and/or L chain in myelomas are independent from the mutations at the TK or HGPRT loci (Simo’s comments on this are correct). In practical terms it is easier to select for TK or HGPRT mutations for two reasons: (i) these genes are on the X chromosome and, as a result, a single hit is sufficient and, (ii) it is possible to select for the TK- and HGPRT- phenotypes (and hence for the underlying mutations) because these mutants survive in selective media such as HAT.

    Ermanno

  358. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Cassandra,

    Re: Saturation sequencing

    If DNA amplification (PCR) is used in order to amplify multiple gene segments at the same locus, as in the case of antibody or TCR loci, there is no prior knowledge of how many gene segments are present at the locus. However, when the same sequence are obtained again and again, this indicates that most probably all gene segments have been sequenced and this provides an estimate of the complexity of the locus. It does not provide, however, information about the physical structure of the locus itself.

    Ermanno

  359. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Elly,

    Re: T lymphocytes and ADCC

    You are right in saying that the in the lecture on hypesensitivity, only T lymphocytes are mentioned and not macrophages, neutrophils and NK cells.

    These latter cell types are the most important effectors of ADCC and I simply forgot to list them in the relevant table of the lectyure on Hypersensitivity. I will do so when I revise the lecture.

    However, please beware that that T lymphocytes are also capable of ADCC although, in the case of Tc, perforin-dependent killing is the most mechanism of cytotoxicity and ADCC plays a lesser role.

    Ermanno

  360. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Dani

    Re: mer

    This is a suffix from a Greek word that means part. In modern scientific language it means ‘unit’. So, if you are discussing oligonucleotides and you write heptamer this means that the molecule consists of 7 nucleotide triphosphates. If you are discussing peptides and you write heptamer this means that the molecule consists of 7 amino acids.

    Ermanno

  361. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luckyconserva,

    Re: adjuvants

    The adjuvants used in experimental immunological experiments or in certain vaccines have nothing to do with the so-called adjuvants of complementary medicine.

    Ermanno

  362. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Elly and Luckyconserva

    Re: Idiotype, Allotype and Isotype

    I think that Luckyconserva has discussed this adequately but either one of you (or some other student, I cannot remember exactly) states that the same idiotype cannot exist with different isotypes. This is not true and the basis for this is the isotype switch.

    As a matter of fact the observation that the same idiotype can be found with different isotype constituted the key experimental observation that led Dreyer and Bennet to postulate the ‘two genes – one polypeptide’ hypothesis of antibodies.

    Ermanno

  363. luckyconserva Says:

    ok grazie simo, solo non comprendo ancora davvero come possa essere possibile che in uno xenotrapianto si abbia rigetto da parte di cellule T , che quindi riconoscono un MHC completamente estraneo, non vale qui il discorso del mascheramento delle differenze, o no ? quel discorso vale se abbiamo già tipizzzato i tessuti … da quel che ho capito…

  364. Alex Says:

    ciao ragazzi io non ho capito una cosa…
    ma nell’ipersensibilizzazione ritarda da tubercolosi sono i macrofagi che eliminano i bacilli di tubercolosi INTRACELLULARI…?
    ma come fanno scusate? devo aver capito male qualcosa…
    io pensavo che solo i linfociti t o nk potessero agire su patogeni intracellulari

  365. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Luckyconserva,

    Re: Cell-mediated and antibody-dependent effector mechanisms in xenograft rejection

    Everything I wrote yesterday about the role of cell-mediated and antibody-dependent effector mechanisms in rejection concerned allografts, as specified in the header of my posting.

    The mechanism of hyperacute xenograft rejection, as you had stated in some of your postings, is antibody dependent and bears similarities with that of ABO incompatible allografts. Cell-mediated responses play no role in a rejection reaction that often occurs within hours from the graft.

    However, in the pig to primate context, if the source of the pig tissue is transgenic for primate DAF or KO for pig 1,3-galactosyltransferase, the antibody-dependent hyperacute rejection is overcome and the graft is rejected by cell-mediated responses more akin to the ones that occur in the allograft (Tc activation by the MHC class I proteins of the graft is less efficient than in allografts but occurs). There is also a strong, graft-induced antibody response (different from the immediate response due to natural antibodies).

    These later responses still pause serious immunological challenges to xenotransplantation but their control is not outside reach. Thus it is very important, as I stated in the relevant lecture, that my students in Pavia understand that the transgenesis and gene targeting experiments have brought xenotransplantation in the realm of the possible and that, on biological grounds, the major reservations about xenotransplantation are no longer of an immunological but rather concern the risk of transferring one or more viruses that may cause severe diseases in humans.

    Ermanno

  366. luckyconserva Says:

    Alex, ciao… il macrofago ingloba i batteri, che diventano quindi intracellulari, e attraverso l’azione dei lisosomi li distrugge e i pezzi di antigene da esso derivanti vengono presentati sulla sua superficie dall’MHC2, e cosi il macrofago è riconosciuto dal linfocita TH, che attiva i linf B a secernere Anticorpi. questi anticorpi agiscono si batteri non ancora inglobati con il complemento…
    però non dimenticare che i macrofagi hanno anche MHC1, e se espongono l’antigene con MHC1 allora entrano in gioco i lintociti Tc, che lisano il macrofago infetto con il sistema perforina. questo secondo caso avviene quando il batterio riesce a sopravvivere alla distruzione macrofagica…
    si ora sono quasi certa sia cosi, il prof e le infinite discussioni con simo mi hanno chiarito molte cose…!! :)

    • luckyconserva Says:

      dimenticavo, nell’ipersensibilità ritardata,succede che i Th che hanno riconosciuto la cellula infetta richiamano macrofagi e li attivano tramite la secrezione di citochine… i macrofagi dunque provocano il danno tissutale

      • luckyconserva Says:

        l’esempio della tubercolina è adatto a capire questo fenomeno. a una prima reazione con il batterio della tubercolosi, l’individuo sviluppa Th specifici, …. Questa fissazione porta alla differenziazione dei Th in cellule TH1, che sono sensibili a un successivo insulto. (una sorta di Th memoria)… Negli individui già precedentemente sensibilizzati si avrà, dopo somministrazione di tubercolina , (ecco perchè viene usata a scopi diagnostici) un’interazione tra le cellule TH1 della memoria e le APC. si attivano questi linfociti e secernono specifiche citochine, che come effetto più importante portano all’attivazione del macrofago, alla sintesi più veloce di MHC2 x velocizzare la presentazione antigenica, e spesso si aggregano in granulomi…
        il tessuto si indurisce e dal tipo di “lesione” che si ha si fa diagnosi. se il paziente non ha mai avuto contatto con TBC allora l’effetto della tubercolina è minimo. perchè i linf th1 non ci sono

  367. Alex Says:

    Grazie lukyconserva
    il fatto è che mi sono immaginato quando ho letto che il batterio della tubercolosi era un patogeno intracellulare che non fosse possibile per i macrofagi raggiungerli all’interno delle cellule infettate…probabilmente ho frainteso il significato di parassita intracellulare allora (pensavo agisse come un virus!)
    ascolta ma quindi alla fine dei conti sono gli ab con il complemento a uccidere i bacilli
    e i macrofagi con gli hla 2 che han presentato l’antigene poi muoiono?
    che confusion!!

  368. Simo Says:

    Ciao Alex..il macrofago si mangia direttamente la cellula infetta, non muore e presenta l’antigene con mhc 2 poi continua vivere tranquillamente la sua vita..Se invece viene infettato lui stesso lo presenta con mhc 1 e viene ucciso dal T citotossico..e..si gli anticorpi possono uccidere il bacillo finchè è libero e non ha infettato la cellula..

  369. Alex Says:

    ah ok…non sapevo che i macrofagi potessero decidere di mangiarsi una cellula del proprio corpo infetta…
    altra questione:
    non capisco cosa si intende quando si dice che l’antgene di lewis è solubile…e che viene assorbito sulla membrana dgl eritrociti…ma se si forma sulle stesse catene oligosaccaridiche degli altri! come è possibile? e poi cosa vuol dire?

    • luckyconserva Says:

      il macrofago mangia il bacillo che è una cellula. !!! e la disintegra per presentarne le proteine, che sono poi gli Ag… e lo fa con MHC2 . quando non riesce ad ucciderlo per bene il batterio si riproduce dentro il macrofago stesso infettandolo !! e allora presnta le MHC1 !!! :)
      riguardo all’antigene di lewis nemmeno io ho capito cosa si intende per antigene solubile. io ho capito che è semplicemente come un allele che come gli altri codifica una transferasi e trasferisce un fucosio su una parte diversa della catena precursore rispetto a H e Se … mah…. vorrà dire questo che è assorbito dalla membrana,..

      • Simo Says:

        Esatto Lucky..però il macrofago può mangiare anche una cellula infettata dal bacillo..e presentare antigeni tramite MHC2..giusto??e si arriva allo stesso risultato che dici tu…

  370. Marco Says:

    Ciao Alex, la tua domanda non l’ho capita e cmq non creo di ssere nelle condizioni di risponderti
    a me non è chiaro come avvenga l’espressione del Rh ce, qualcuno l’ha capita bene?

  371. Simo Says:

    Marco non ho capito la tua domanda..

  372. Derek Says:

    Ciao a tutti io avrei una domanda da fare al professore:
    Riflettendo sui motivi rigurdo ai quali avviene il rigetto degli autotrapianti
    a lezione lei ha spiegato che il motivo per cui i tcr possono interagire con mhc I non self nel caso in cui questi presentino un peptide endogeno nn self (per esempio un peptide virale) sta nel fatto che le differenze di residui mmnoacidici della tasca presentante l’antigene in molti casi sono concentrati nel pavimento della tasca. pertanto l’interazione tra l tcr e l’ mhc non self(o almeno di quegli amminoacidi che gli permetterebbero di capire che è non self) è mascherata dall’antigene. in tale caso il clone di linfocita t citotossico con il cd3 corrispondente a tale eptide si attiverà e uccidera la cellula infetta.
    io mi chiedo però
    trapiantando delle cellule (abo compatibili) che abbiano (nel caso in cui non ci si sia stati attenti) un mhc I che l’organismo rconosce come non self. tali cllule esprimenti i loro peptidi endogeni che io immagino nel caso di una cellula non infetta siano uguali a quelli self dell’ospite)
    consderando tali cellule
    che cosa determina l’innescarsi dei linfociti t citotossici?
    potrebbe cortesemente, se non le è di troppo disturbo, rispondermi in italiano? non so bene l’inglese purtroppo
    la ringrazio anticipatamente, Semre forza Fiorentina!
    (tranne sabato) :)

  373. Fede Says:

    Grazie per i chiarimenti.
    Abbiamo detto che per ora non è possibile effetuare xenotrapinti per tutti i motivi elencati a lezione, ma io sapevo che molte volte la valvola mitrale è sostituita con una di maiale… se qualcuno sa qualcosa sarei molto curiosa di capire come mai con una parte di organo si può fare il trapianto… ;-)

  374. Marco Says:

    Vorei sapere riguardo al gene rh ce:
    Che ruolo ha nella determinazione Rh poistivo/negativo
    Quali differenti forme alleliche può presentare
    in che modo avviene l’espressione di due antigeni differenti dallo stesso gene.
    se tale gene roduce una ctene c ed una catena e questi poi vanno a unirs formando il complesso proteico transmembranare…
    insomma non capisco proprio cosa c’entri là in mezzo…
    poi un’altra cosa qualcuno ha capito se il BCG è inefficace nei paesi in via di sviluppo oltre che per le differenze genomiche dei ceppi) per motivi di genetica delle popolazioni vi presenti o se sia una questione ambientale (tipo l’essere vicio all’equatore)?

  375. fra Says:

    Ciao ragazzi! qualcuno è in grado di spiegarmi come si fa l’esercizio sulla vdj ricombinasi? quella tabella in cui ci sono le sequenze substrato e chiede di indicare se il prodotto della ricombinazione è funzionale o no… io non lo capisco proprio!

  376. Fede Says:

    FRA
    devi contare il n° di nucleotidi, devono essere o gruppi di7 o di9,
    gli spaziatori di 23 e 12 sono omessi..

  377. fra Says:

    a ok! ma conto solo le sequenze substrato giusto? e devono venire con polarità opposta…del tipo 7-9-9-7

  378. Derek Says:

    Ciao marco non credo che c’entrino fattori ambientali…però non lo sò…non deve essere dificile determinarlo però io credo…
    io avrei un’altra questione…
    nella piu classica risposta immunitaria umorale
    l’antigene penetra la bariera epiteliale e nfetta il tessuto, i macrofagi le cellule dendritiche e i neutrofili in zona fanno la fagocitosi ed espongono gli antigeni esogeni sul loro mhc2 poi le cellule dendritiche migrano nei lnfonodi e attivano i linfociti Th all’interno del linfonodo. a questo punto il th stimola tramite citochne opportune la proliferzione dei linfociti B
    infine i th e gli opportuni anticorpi vanno n circolo e raggiungono la sede di infezione.
    la mia domanda è:
    come avviene l’attivazione dei lnfociti b specifici e la loro trasformazione in plasmacellule secernenti gli ab opportuni se in sede linfonodale non è presente l’antigene specifico (che dovrebbe attaccarsi per forza ai bcr perche questi possano produrre anticorpi)

    • Simo Says:

      I linfociti B innanzitutto lo devono riconoscere prima che infetti una cellula..e non possono venire attivati da un mediatore(macrofago) ma solo stimolati..quindi nel momento in cui l’antigene(virus o tossina) è nel sangue( o nei liquidi interstiziali) vengono attivati dall’antigene stesso per legame con il BCR, ma non possono venire attivati in nessun altro modo, o meglio i TH2 tramite le citochine possono richiamarli nel luogo di infezione ma non attivarli a plasmacellule..le interleuchine stimolano la proliferazione degli attivati..per quanto riguarda l’attivazione dei linfociti B a livello linfonodale (follicoli primari->secondari) ricorda che anche nel linfonodo passano vasi sanguigni, e ci sono inoltre le HEV (le vene preferite dai linfociti per muoversi dal parenchima linfonodale al sangue e viceversa)..quindi anche li l’antigene può venira a contatto con un linfocita B.
      Credo=)

      • Derek Says:

        allora simo qui ci sono solo due possibilità
        come disse quel filosofo…
        se l’antigene non va dal linfocità B sarà il linfocità B ad andare dall’antigene
        quindi io credo a questo punto a meno che l’antigene non vada nel linfonodo tramite il sangue o i vasi linfatici siano i linfociti b che vanno nella sede di infezione…però mi sembra comunque strano visto che in teoria non dovrebbero andarsene in giro…mah
        DUBBI

  379. mike Says:

    non riesco bene a capire il meccanismo effettore cellulo-mediata DTH qualcuno mi potrebbe aiutare per favore ?

    • Simo Says:

      Allora..prima infezione con TBC..infezione a livello sistemico, non solo locale..prima risposta immunitaria..Th si attivano e diventano dei sorta di Th memoria(Th1)..se il soggetto sopravvive e può venire infettato quindi una seconda volta i Th1 memoria attivano subito i Tc e i macrofagi soprattutto che vengono richiamati nel luogo di infezione..questi lisano le cellule infette e provocano pero anche danni tissutali a livello locale..certo poca roba comunque rispetto al propagarsi dell’infezione…

  380. èlly Says:

    ciao compagni!
    1.Qualcuno mi sa spiegare come mai si dice che l’Ab non agisce mai da solo ma nei meccanismi effettori dell’immunità umorale come la NEUTRALIZZAZIONE diretta, l’Ab che si lega all’Ag solubile lo neutralizza direttamente. cosa significa? che l’Ab neutralizza l’Ag da solo senza l’aiuto di nessuno? come è fa?? infatti se la porzione Fc dell’Ab fosse legata a un macrofago sarebbe un meccanismo ADCC e non neutralizzazione diretta.. non capisco.. perchè da quanto ne so io l’Ab non agisce mai da solo..
    2. il fenomeno di Arthus è un esempio di ipersensibilità di tipo 3. il deposito di immunocomplessi causa attivazione del C’ seguita da accumulo di cell con att. fagocitaria che vengono degranulate e si ha la reazione infiammatoria con danno tissutale. è giusto? il C’ viene sempre attivato nelle reazioni di ipersensibilità di tipo 3?

  381. èlly Says:

    perchè io avevo letto da qualche parte che nel fenomeno di Arthus l’Ag interagisce con Ab troppo velocemente e precipita prima che il C’ venga attivato.infatti il C’ determina lisi delle cellule. nel danno tissutale si ha lisi delle cellule?non mi è chiaro e sto facendo confusione..

    • Simo Says:

      …ciao elly..per neutralizzazione si intende che l’anticorpo si lega ad esempio al virus, e precisamente in siti a lui necessari per aderire ad una cellula da infettare..a questo punto il virus è bloccato e non può più far nulla(che essere inutile un virus)..quindi questo complesso vagherà finche presumibilmente un macrofago si mangia il complesso..quindi appunto neutralizza l’attivita patogenetica del virus, senza distruggerlo, cosa che spettera a qualcun altro.–
      2.presumibilmente si il C’ viene attivato sempre, infatti è necessario si per la chemotassi dei neutrofili sia per la degranulazione mastocitica(che sono poi i due motivi che scatenano l’ipersensibilità locale), anche perchè gli immuno complessi sono formati da più anticorpi e più antigeni, e al complemento bastano due Fc per attivarsi, li ce ne sono un bel pò..e comunque non lo so per certo però credo che il complemento si possa attivare anche a complesso precipitato..e cmq si il danno tissutale è determinato da un danno alle cellule del tessuto.
      credo e spero sia cosi..

  382. èlly Says:

    grazie simo…
    però ho ancora un dubbio..il danno tissutale è causato da lisi delle cellule o semplicemente da:
    1. rilascio di sostanze in seguito a degranulazione nell’ipersensibilità 3
    2. attivazione dei macrofagi con conseguente fagocitosi nell’ipersen 4
    ???
    Altre due domande..
    -secondo te gli ibridi di cell con il fenotipo (HGPRT-/TK-)x(HGPRT-/TK+) soppravvivono o no in mezzo HAT?
    -l’effetto della timectomia neonatale sulla risposta anticorpale sarebbe nessuna variazione se guardiamo l’esp di Slick. ma in realtà sappiamo che i linf T sono necessari per avere una buona risp antircorpale. quindi io direi che l’effetto è una riduzione generalizzata della risp Ab. giusto?
    grazie:)

  383. Simo Says:

    ciao di nuovo elly…allora..
    Il danno al tessuto è dato da ciò che dici tu.. il complemento si impegna a lisare gli immuno complessi..credo…
    per quanto riguarda gli ibridi (che però non so bene come possano formarsi a meno che non siano mutate anche le cellule B) non dovrebbero sopravvivere perche si hanno Tk+ e quindi per la pirimidina ci sono, però non hanno HGPRT per produrre purina e la sintesi di Dna direi sia compromessa..anche questo però è un ragionamento mio..non so se sia esatto
    ..timectomia neonatale..si la risposta è sicuramente minore..infatti poi claman, mosier e in maniera indiretta anche cantor e boyse notano che servono i T (Th) per la risposta anticorpale..però Slick che era a livelli un pò più grezzi non credo abbia guardato la quantità di anticorpo, ma semplicemente la sua presenza..lui si preoccupava solo di capire chi-faceva-cosa..

  384. Ermanno Gherardi Says:

    To my students in Pavia,

    Re: Exam (9th April 2010)

    As agreed, here are the details of the exam tomorrow including a last-minute revision of the timetable due to your lecture between 9.00 and 10.00.

    The exam will involve three sittings at 10.15, 11.30 and 12.45 and the groups are specified below in order to ensure equal numbers in each sitting. You must report at least 5 minutes before the exam is due to start in order to avoid delays and disruption.

    (a) Year 2 students (189 students)

    10.15: First sitting (from Abdel Moneim Y to Covi R)
    11.30: Second sitting (from Croci C to Negri B)
    12.45: Third sitting (from Nguedop CL to Zucchi F)

    (b) All other students (higher Years, students of the Course taught in English, Erasmus students)

    Please join one of the sittings for Year 2 students. If your surname begins with letters Ab to Co join sitting 1, Cr to Ne join sitting 2 and Ng to Zu join sitting 3).

    Ermanno

    • fil Says:

      This means that if I’m a student in the third sitting I must be there also at 10 o’clock ?
      Or can I be there only for the third and final sitting (just to say, about half past twelve)?

      And i’m not sure about what means “your lecture between 9 and 10″… i.e. the read of all the partecipants at the exam, so all 189 students must be there for that?

      Sorry for my bad english.

  385. luckyconserva Says:

    iao DEREK…
    nella tua domanda volevi dire rigetto degli allotrapianti ..?!?!
    o autotrapianti ???

    comunque se posso dire una cosa, anche io ho dubbi simili ai tuoi, .. nel senso… mi sembra ci siano un pò di cose contraddittorie ….. …..
    abbiamo detto che TCR riconosce un MHC estraneo come self, e lo riconosce perchè le differenze tra MHC self e non self sono mascherate dal peptide…. MA ALLORA SEMBREREBBE CHE PIù IO METTO MHC COMPATIBILI, PIù FACILITO IL RIGETTO, PERCHè IL linfocita T , se l’MHC della cellula ospite è molto simile a quelli che lui ha imparato a riconoscere, allora la riconoscerò meglio…..?!?!?! non credi? perchè allora tipizzare i tessuti ??

    la mia domanda è allora MA SE IO METTO CELLULE CON MHC NON COMPATIBILE CHE SUCCEDE? è lo stesso discorso che facevo con Fede e Simo … se abbiamo detto che il TCR non può ricoscere MHC non self….. non si arriva ad una conclusione :( CI DEV’ESSERE UNA RISPOSTA “PRIMARIA” E PIù GRAVE CONTRO CELLULE CON MHC NON COMPATIBILE, altrimenti non avrebbe senso che nonostante il rigetto x citotossicità, il trapiato MHC compatibile dà più possibilità di sopravvivenza x il pz…. PERò IO NON HO CAPITO QUAL è questa risposta . …
    magari sono NK E MACROFAGI ????

    comunque IO NON PENSO CHE I PEPTIDI SIANO UGUALI tra ricevente e ospite. anzi, è proprio la differnza del peptide che è presentato dall MHC a scatenre la risposta in caso di compatibilità MHC… il linfocita vede un MHC self (che in realtà non è self ma lui pensa lo sia per i motivi che sappiamo) con un peptide non self (Ag) e quindi lo uccide. …

    però sul un libro , il kuby. c’è scritto anche che non solo i Tc agisono, ma anche i Th che riconoscono l’MHC2 di:
    -macrofagi o cell dendritiche estranee
    – cellule dendritiche proprie che hanno mangiato cellule del trapianto e che presentano quindi l’antigene sul loro MHC2, questa volta quindi davvero SELF !

    • luckyconserva Says:

      nella prima parte del discorso ho sbagliato a scrivere … volevo dire……….

      …..PIù IO METTO MHC COMPATIBILI, PIù FACILITO IL RIGETTO, PERCHè IL linfocita T , se l’MHC della cellula —TRAPIANTATA— è molto simile ……

  386. Derek Says:

    Hai Ragione, è probabile che i peptidi esposti siano con delle differenze (anche se cmq le proteine devono avere funzioni uguali e quindi non saranno cosi diverse più di quanto non siano quelle virali) ma questo non spiega il fatto della necessità della tipizzazione dei tessuti… mah…
    credo che o non abbiamo capito niente io e te (perchè vedo che gli altri queste domande non se le fanno) oppure sono cose che non si sanno punto e basta.

  387. luckyconserva Says:

    no anche gli altri se le fanno !!! secondo me è solo una questione di statistiche. hanno visto che con MHC compatibili c’è piu prob. di sopravvivenza
    comunque ieri io simona e ele siamo rimaste due ore a parlarne !!!!!!!!!!!!:(

  388. Pru Says:

    ciao ragazzi nn ho cpt quali sono gli antigeni di minore istocompatibilità e il loro ruolo nel rigetto dei trapianti…
    poi volevo chiedervi se sapete quali sono le strategie di produzione di anticorpi isotipo/allotipo/idiotipo specifici..

  389. luckyconserva Says:

    freeeeeeeeeeench ho trovato una spiegazione che forse è chiara

    I principali fattori che rendono i tessuti trapiantati esposti al fenomeno del rigetto, ovvero al loro riconoscimento come strutture non-self da parte del sistema immunitario sono:
    – la presenza di un assetto antigenico qualitativamente o quantitativamente diverso rispetto a quello delle strutture “self” (determinanti minori di istocompatibilità)
    – la presentazione di antigeni non-self nell’ambito di complessi maggiori di istocompatibilità (self o non self) o la semplice presenza di MHC non self in grado di attivare le cellule del sistema immunitario dell’ospite.
    – la presenza di una condizione di pericolo, ovvero di uno stato infiammatorio

    La sensibilizzazione del sistema immunitario al tessuto trapiantato sembra dipendere fortemente dalla presentazione antigenica nell’ambito di complessi MHC di classe II. Questi ultimi, a differenza degli MHC di classe I, non hanno un’espressione ubiquitaria, ma sono presenti unicamente su cellule specializzate nella presentazione antigenica (APC: antigen presenting cells) come le cellule dendritiche, e sono riconosciuti unicamente da linfociti della serie T di tipo CD4+. I linfociti T CD4+ sono anche noti come linfociti T-helper e occupano il vertice della gerarchia delle cellule del sistema immunitario poiché dirigono lo svolgimento delle risposte immunitarie umorali(T-helper 2->linfociti B) e cellulo-mediate (T-helper 1->linfociti T killer) oltre a determinare un effetto citotossico diretto (probabilmente decisivo nei trapianti) dovuto al rilascio di TNF (che causa l’apoptosi delle cellule endoteliali dei vasi che riforniscono il trapianto determinando lo sviluppo di fenomeni trombotici e in ultima analisi l’ischemia dei tessuti trapiantati). La presentazione ai linfociti T CD4+ di antigeni derivati dal trapianto può essere
    -mediata da APC del ricevente (meccanismo indiretto) o
    -mediata da APC del donatore presenti nel tessuto trapiantato (meccanismo diretto).
    Nel primo caso l’attivazione dei linfociti T segue i meccanismi classici del riconoscimento antigenico (riconoscimento di un antigene esogeno nell’ambito di un MHC self).
    Nel secondo caso invece alcuni linfociti T, selezionati durante la fase di istruzione timica (che avviene nella prima infanzia) per riconoscere (ad affinità intermedia) strutture MHC-self, cross-reagiscono ad alta affinità con strutture MHC-non self attivandosi.
    In entrambi i casi è necessario che uno stato infiammatorio determini l’attivazione funzionale delle APC, che altrimenti non sarebbero in grado di operare la presentazione antigenica e di migrare verso le stazioni linfonodali per interagire con i linfociti T. La presenza di infiammazione d’altra parte caratterizza invariabilmente i tessuti trapiantati a causa dei fenomeni traumatici e ischemici presenti nelle fasi di espianto, trasporto e innesto dei tessuti stessi…

    MA COSA VUOL DIRE CROSS-REAGISCONO ???????

  390. Marco Says:

    @ Fede o altri
    Nel esercizio VDJ ricombinasi lasciando dopo aver dato un occhio ai segmenti RSS, non bisogna tenere anche conto dei componenti nucleotidi codificanti nella ricombinazione stessa.
    In pratica se la ricombinazione avviene (corrette sequenze segnale), ma il numero degli amminoacidi non è multiplo di 3 si ha lo stesso la trascrizione o la catena viene terminata prima?

    • Pru Says:

      marco mi sembra di aver sentito a lezione che la VDJ non sempre rispetti la cornice di lettura…ma il dubbio su questo esercizio mi è rimasto

  391. Marco Says:

    Devono essere multipli di 3, yes, yes.
    @Lucky: pienamente d’accordo con te, è una cosa statistica, per quello hanno beccato il complesso minore e probabilmente sono implicate altre molecole non ancora identificate.
    Poi a voler cercare il pelo nell’uovo, non per tutti i trapianti (da organo a organo) la reazione di rigetto è direttamente proporzionale al mantenimento di un allineamento d’aplotipo.

  392. luckyconserva Says:

    comunque pru gli antigeni di minore istocompatibilità non sono stati identificati, cioè sono prodotti di geni sparsi, e anche loro insieme a quelli maggiori provocano una reazione di rigetto di trapianto. infatti si è visto che la terapia immunosoppressiva diminuisce i danni e fa vivere di piu i pazienti, e il fatto che abbia un buon risultato è dovuto proprio all’azione della terapia sugli antigeni minori….

    per quanto riguarda la produzioni di anticorpi io ho trovato questo:

    1. Ciascun isotipo è codificato da un distinto gene per la catena costante. Tutti gli individui di una stessa specie possiedono gli stessi geni per la regione cost ed esprimono nel siero tutti i possibili geni corrispondenti. Viceversa, specie ≠ ereditano geni ≠ per le catene pesanti ed esprimono isotipi ≠. Pertanto l’iniezione di Ab di una specie animale in una specie ≠ induce una risposta anticorpale specifica per i determinanti isotipici estranei. Gli Ab anti-isotipici sono usati in ricerca per determinare la classe o sottoclasse degli Ab prodotti nel corso di una risposta immunitaria oppure per caratterizzare la classe di Ab di membrana espressi sui linfocitiB.

    2. E’ possibile produrre Ab contro determinanti allotipici iniettando Ab ottenuti da un individuo di una specie in un altro individuo della stessa specie privo di quel determinante. Ab anti-allotipici possono essere porodotti da una madre nel coso della gravidanza in risposta a determinanti allotipici paterni espressi sulle Ig fetali, oppure possono essere prodotti in seguito a trasfusioni di sangue.

    3. Ab anti-idiotipici possono essere prodotti iniettando Ab con minime variazioni isotipiche e allotipiche (es. Ab monoclonale o proteina mielomatosa) in modo da poter apprezzare le ≠ idiotipiche.

  393. Matsuzaki Says:

    Hi, this is interesting. How are you doing with your blog? Do you use Twitter or other social media like this? http://bit.ly/bWQGY9

  394. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    As indicated in my latest posting, I have now completed the marking of your exam papers and I am writing here with several details:

    1. I have sent the results to the Department of General Pathology at the new building (so called Botta 2 in Cravino) and I expect that the results will be on the noticeboard there from 2.00 pm. I will also attempt to post them on the official website of the Faculty/Course and I hope that this will work smoothly, in which you may also be able to access the results online.

    2. As I am only allowed by Faculty rules to report a Pass (or lack of it), I want to add here that the vast majority of you have produced excellent exam papers and I will publish some statistics as soon as I have completed data analysis.

    3. The official date of this exam (in your log books and on University register) will be the date of the June exam. On your website this was previously stated as Monday, June 22nd but I have to request a change of date to Tuesday 15th of June. This is the date that will appear on your log book and on the official University log book and this is the date in which those of you who need to retake the Immunology paper, will be able to do so. Please take your student log books to General Pathology in the Botta 2 building in the days preceding the weekend of June 12th/13th in order to allow me to make the relevant entries into your log books and the official register before Tuesday 15th. Your log books will be ready for collection on Tuesday June 15th.

    4. There are a few students with special registration requirements (Erasmus students, students from other years, etc). I intend to contact these students directly by email. Alternatively, these students can email me to finalise arrangements.

    5. Finally, two extra-curricular events.

    The first one is that there will be a meeting at Collegio Volta (also on the Cravino campus) on Monday the 17th of May starting at 9.00 am and lasting through the day and focussing on the research work of students in Pavia. In the morning there will be presentations from a number of current PhD students, in the afternoon there will be a session on a proposal that I have made to the University of Pavia for an MB/PhD scheme. This is a mechanism for encouraging the medical students with an interest in research to receive full research training and I strongly recommend that those of you who have an interest in research attend this meeting at Collegio Volta. You would be most welcome and I would be very pleased if many of my students participated. I can also circulate the final programme of the meeting through your representatives (Andrea and Beatrice) in the coming days.

    Finally, last year we went for a pint of beer with the 2008/09 Immunology class as a way to celebrate the hard work and discuss future studies or anything else that came to mind. If you are interested in a similar outing this year, please let me know.

    Ermanno

  395. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    as I had indicated in an earlier posting, there will be a meeting at Collegio Volta (on the Cravino campus) on Monday the 17th of May starting at 9.00 am on the work of young research students in Pavia.

    In the morning there will be presentations from a number of students from a number of disciplines, in the afternoon there will be a session on my proposal to the University of Pavia for an MB/PhD scheme, a mechanism for offering full training to medical students with an interest in research.

    I have tried to attach the programme for the day (volta_gradsy_09a) but I it does not seem to have generated an active link. I hope therefore that you will get to see the poster of the Symposium somewhere in town or on the main University website (http://www.unipv.eu/on-line/Home.html) later today or tomorrow.

    See you at Collegio Volta on Monday the 17th of May.

    Ermanno

  396. Stefania Bennato Says:

    Gentile prof. Gherardi,

    sono Stefania Bennato, studentessa del II anno di Medicina e Chirurgia all’Università di Pavia; quest’anno ho seguito il suo corso di Immunologia e vorrei chiederle, anche a nome di alcuni miei compagni di corso, se c’è la possibilità di svolgere un internato di Immunologia nei prossimi mesi.
    Se questo fosse possibile, potrebbe indicarmi in che periodo lei sarebbe disponibile per tale internato, sia nei prossimi mesi estivi, che eventualmente all’inizio del prossimo anno accademico?
    La ringrazio per la cortesia,

    Cordiali saluti

  397. nonrugare Says:

    Salve prof
    sono uno studente che ha sostenuto il preappello di quest’anno purtroppo con esiti infausti (sono andato in confusione….)
    è possibile sostenere di nuovo l’esame a giugno oppure è necessario attendere l’appello di luglio?

    Grazie per l’attenzione,

    Arrivederci

  398. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    Re: logbooks and Immunology exam of June 15th

    I trust that your studies and exams are making good progress and I attach below the answer to a few queries that I received either directly or via Andrea. I have also sent the replies to Andrea in order for him to circulate them (I understand that Andrea has all your email addresses):

    1. Students who have not yet taken or passed the Immunology exam are welcome to leave their logbooks before Friday 11th at the new Institute Botta 2 at Cravino. In these cases I will only enter Course Title and Signature in the log books. For students who have already passed the exam, I will enter Course Title and Signature as well as exam results (so called Idoneita’).

    2. Students who need to have their logbooks back on Tuesday morning, are welcome to collect them from the new Institute Botta 2 at Cravino in the afternoon of Monday 14th. These students, however, need to send me their details (name & surname) by email in order to make sure that I have completed their entries in time. All other students may collect their log books on Tuesday 15th after 12.00 noon from the new Institute Botta 2 at Cravino.

    3. Students who entered the exam in April and failed to pass are welcome to re-enter the exam on Tuesday 15th of June.

    Ermanno

  399. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    I am writing here to all students who have expressed an interest in the Immunology Practicals to confirm that we will be able to hold these Practicals after the summer.

    My plan is to contact all students who expressed an interest in the Practicals during July in order to finalise dates and groups.

    It would also help me to know if the Practicals could be carried out in September or whether they would have to be scheduled after October 1st.

    Please email me about this or post an entry on our web journal.

    Ermanno

  400. maria chiara benvenuti Says:

    gentile prof. Gherardi
    le chiedo se può gentilmente dirci dove si terrà l’appello di esame di immunologia del 15 giugno (sul sito c’è scritto l’orario ma non l’aula)
    grazie mille
    cordiali saluti

  401. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    In repy to Maria Chiara’s query: the venue of the Immunology exam of June 15th (and the same is true for the July and September exams) is Palazzo Botta and the time for the exam is 2.00 pm.

    Ermanno

  402. Ermanno Gherardi Says:

    To the students taking the Immunology exam on Tuesday the 15th of June.

    Dear Students,

    Please bring your logbooks to the exam on Tuesday because I intend to mark the papers by the end of the day (if possible) and log the results straightaway into your logbooks.

    Ermanno

  403. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Students,

    I have signed/completed all the logbooks that you had left for me and transferred details of your exams, where appropriate, onto the University official register. You are very welcome, therefore, to collect your logbooks anytime that suits you from now (7.48 am on Monday the 14th of June).

    Ermanno

    PS We had discussions about a pint of beer together late this afternoon, but never finalised arrangements. I am available if you remain interested (I will attend a conference in Milan in the morning but will return to Pavia mid afternoon) but also perfectly happy to reschedule to a later date if you prefer. I hope that one of you will confirm matters with an email to me or a posting on our blog.

  404. Salvatore Gitto Says:

    Gent. mo Prof. Gherardi,
    mi scuso per l’ennesimo disturbo. Le scrivo per chiederLe se il Palazzo Botta in cui si terrà l’esame è in Cravino o in Piazza Botta (dove ha tenuto le lezioni).
    Grazie mille.
    Cordiali saluti.

  405. Buy Tramadol Online Cheap Says:

    I know this is really boring and you are skipping to the next comment, but I just wanted to throw you a big thanks – you cleared up some things for me!

  406. Ally Says:

    Good morning Prof,

    erm..I’d like you to confirm where the exam will take place on 13th September. Will it be in P.zza Botta as usual or are we supposed to join you in Polo Cravino?

    thanks a lot!

  407. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Ally,

    The Immunology exam on Monday will be at 2.00 pm in Palazzo Botta (Piazza Botta).

    Have a nice weekend

    Ermanno

  408. Corrado Says:

    buon giorno a tutti,
    è questo il luogo per poter fare domande e ricevere risposte sul corso di immunologia? Io ne avrei già una serie…
    CՏ qualche studente del secondo? Chi cӏ batta un colpo!
    ciao

    Corrado

  409. Il Bianco Says:

    @Corrado.
    Toc.

    Se hai domande da fare, fai pure. Anche io ne ho un bel po'; aspettavo qualche coraggioso che si facesse avanti.
    Intanto ne butto lì una:

    Ho capito per quale motivo il fenomeno di Koch venga usato in diagnostica (o almeno spero), ma non ho capito perchè dovrebbe essere una prova dell’immunità cellulare. Forse perchè se l’animale ha già subito la tubercolosi, la seconda esposizione al bacillo causa una risposta in minor tempo?

    • Il Bianco Says:

      Aggiungo un p.s.:
      Il fatto che il fenomeno di Koch sia una prova dell’immunità cellulare deriva (anche) dal fatto che non sia trasmissibile con il siero? E perchè comunque non è trasmissibile con il siero? La tossina della tubercolosi non attiva anche cellule-B, le quali poi producono anticorpi?
      Mi scuso per la mia ignoranza in fatto di Tubercolosi e di fenomeno di Koch, ma proprio non ne vengo a capo.

  410. Corrado Says:

    ciao Il bianco…
    provo a dare una prima risposta.
    nei miei appunti ho scritto che il fenomeno di koch prova che il rigetto immunitario è possibile solo in presenza di cellule e non di solo siero, dunque è cosa ben diversa dalla normale anafilassi. stessa cosa dell’esp. di Gorer. Il resto non ne ho idea, quando lo capsico ti aggiorno.
    ora metto in fila le mie domande sulla scoperta degli Anticorpi Monoclonali:
    1) con quale enzima i mielomi HGPRT-/TK- possono sopravvivere se siamo in un terreno Hat (quindi salta la via diretta di produzione dei nucleotidi) e non possono esprimere gli enzimi HGPRT e TK viste le mutazioni?

    2) Come fanno i mutanti a perdere la capacità di perdere catene H e L? E’ una mutazione spontanea come per i mielomi HGPRT- e TK-?

    3) Non ho davvero capito la seconda ragione dell’efficacia di questa tecnologia: cosa significa che “la procedura di fusione seleziona per le cellule immature dei Linf.B e dunque la presenza di cloni SPECIFICI tra gli ibridi è molto alta”??

    4)domanda di curiosità: come mai non sono possibili anticorpi monoclonali umani con Linf.B umani?

    grazie mille,

    Corrado

  411. Il Bianco Says:

    Mhm…
    Inizio dalla terza, poi vedo se trovo qualche soluzione per le altre.
    E’ un po’ complicato da spiegare, vediamo di andare per punti:
    1) Le cellule B immature sono cellule che non presentano ancora gli anticorpi sulla membrana cellulare. Pensa ad esempio ai Pro-B o ai Pre-B (queste ultime hanno solo la catena pesante esposta sulla superficie di membrana, ma non la leggera).
    2) Le cellule B mature, invece, hanno già gli anticorpi completamente formati, con catena leggera e pesante, esposti sulla membrana cellulare. Le plasmacellule, addirittura, sono così mature che liberano anticorpi nel siero.
    3) Ora, immagina che la ibridizzazione venga fatta tra una cellula di mieloma e un linfocita B maturo: il linfocita B sintetizza uno e UN SOLO tipo di Ab, proprio perchè è maturo. Dunque dall’incrocio tra un mieloma e un linfo B maturo tu ottieni una cellula immortalizzata che produce uno e UN SOLO tipo di anticorpo specifico contro uno e UN SOLO tipo di antigene.
    4) Invece se tu fondi un mieloma con un linfo pre-B, ad esempio, cioè con un B immaturo, tu ottieni una cellula immortalizzata che potenzialmente può esprimere qualunque tipo di anticorpo. Dunque dal B immortalizzato e immaturo tu puoi coltivare più cellule B, ognuna che si specializzerà in maniera diversa: otterrai tante cellule B diverse e tanti anticorpi diversi ma tutti specifici.
    5) Quindi: più è immatura la cellula B che usi, più cloni specifici avrai tra gli ibridi.
    Spero che sia giusto.
    Adesso medito sulle altre domande, ti faccio sapere se mi viene in mente qualcosa.

  412. Il Bianco Says:

    Eccomi di ritorno. Purtroppo, con poche certezze.
    Riguardo la domanda 1)
    Ho controllato sui miei appunti, e in effetti ho scritto che la fusione deve avvenire tra:
    – Mieloma HGPRT- e TK-, incapace di sintetizzare catena H e L dell’Anticorpo.
    – Linfo B HGPRT+ e TK+, capace di sintetizzare l’anticorpo.

    Però sul testo in inglese ho trovato che il mieloma utilizzato era ‘O’ HGPRT- ‘O’ TK-, non et…et… Quindi, con un solo enzima mutato, il mieloma può sopravvivere usando l’altro,di enzima, se non altro giusto il tempo necessario perchè avvenga la fusione con il linfo B.

    Però questa è solo un’ipotesi; tutto dipende se ho interpretato correttamente le dispense del prof. e la descrizione dell’esperimento.

    Per la domanda 2) non capisco se ti riferisci a:
    a) Il mieloma utilizzato nella fusione.
    b) L’ibrido che si forma tra un linfo B e un mieloma che possiede ancora i geni per H e L.
    Considero entrambi i casi; spero di non sbagliare:
    a) Se intendi il mieloma usato per la fusione allora sì, esso perde i geni per le catene H e L in maniera spontanea. Mi ricordo infatti che il prof aveva detto che Milstein aveva dovuto ‘aspettare’ molto prima di ottenere il mieloma adatto.
    b) Se intendi che il linfo B non produce più le sue catene dopo la fusione con il mieloma, questo è dovuto a processi di sintesi proteica: i geni del mieloma per le catene H e L e i geni del linfo B per le stesse catene vengono espressi in maniera codominante, dunque tutti assieme. Si ottiene in questo caso un ibrido aspecifico e sintetizzante anticorpi diversi da quelli delle cellule genitrici.

    Spero di essere stato utile (e di non aver detto troppe corbellerie). Ti lascio con due domande:
    Non ho capito l’azione degli sRNA interference in Drosophila e ho dei dubbi sul long patch repair nella lezione sulla ipermutazione somatica.
    A proposito del long patch non ho capito:
    a) In che modo esattamente (dal punto di vista dei nucleotidi e basi azotate e enzimi) avvenga.
    b) Se è la ‘seconda fase’ propriamente detta dell’azione di AID e UNG (nel senso che è un processo che OBBLIGATORIAMENTE avviene dopo l’azione di AID e ung) o se invece è un processo che avviene PARALLELAMENTE e indipendentemente dal processo di AID e ung, quindi una seconda fase nel senso che è meno importante o meno frequente.
    In generale, comunque, qualunque notizia è utile.

  413. Silvia Says:

    @ corrado e il bianco
    ciao! sono entrata nel journal per porre alcune domande e grazie al vostro intenso dialogo ho già trovato le risposte. Però mi sono anche crollate delle certezze:
    1) cito il bianco
    “b) Se intendi che il linfo B non produce più le sue catene dopo la fusione con il mieloma, questo è dovuto a processi di sintesi proteica: i geni del mieloma per le catene H e L e i geni del linfo B per le stesse catene vengono espressi in maniera codominante, dunque tutti assieme. Si ottiene in questo caso un ibrido aspecifico e sintetizzante anticorpi diversi da quelli delle cellule genitrici.”

    ma scusate….lo scopo non è proprio produrre cellule in grado di sopravvivere in coltura abbastanza a lungo (come le cellule di mieloma) da poter produrre anticorpi (PROPRIO QUELLI DEI LINFOCITI B) ?!?
    mi spiego meglio: io ho capito che nei primi esperimenti( senza mutazioni per i geni delle catene H e/o L) si ottenevano ibridi che producevano sì anticorpi, ma SIA quelli delle cellule di mieloma, SIA quelli delle cellule B, SIA “ibridi” (nel senso che, come hai scritto tu, dato che tutti i geni vengono espressi, i prodotti di sintesi…si mescolano).A questo punto si poneva il problema( e qui sta il punto chiave) di trovare un modo per ottenere solo gli anticorpi prodotti dalle cellule B….e per fare ciò era indispensabile utilizzare cellule di mieloma con una mutazione ad uno dei loci per le catene, in modo tale che nè gli anticorpi del mieloma nè gli ibridi potessero essere sintetizzati! pertanto venivano prodotti solo quelli delle cellule B

    Non è così? :-( forse ho solo frainteso il passaggio “le cellule B non producono più le loro catene”…nel senso che da quel che ho capito le producono, solo che essendo prodotte anche quelle delle cellule di mieloma gli anticorpi prodotti sono di vari tipi…

    2)cito la seconda domanda di corrado: 1) con quale enzima i mielomi HGPRT-/TK- possono sopravvivere se siamo in un terreno Hat (quindi salta la via diretta di produzione dei nucleotidi) e non possono esprimere gli enzimi HGPRT e TK viste le mutazioni?

    probabilmente la risposta del bianco ha più senso…comunque io ho pensato(forse ingenuamente)che le cellule HGPRT-, TK- inserite nel mezzo HAT non muoiano all’istante e che quindi contemporaneamente alla morte delle cellule che non subiscono ibridizzazione spontanea, si possano avere rari casi di cellule che invece mutano spontaneamente e che quindi non moriranno e, anzi prolifereranno…

    Infine, provo a rispondere alla domanda su Drosophila, sperando di non dire idiozie…
    io ho capito che gli si-RNA si formano dall’ mi Rna legato ad Argonaut, in seguito alla separazione dei due filamenti di cui tale Rna è composto. Quindi l’ siRna è il singolo filamento di 21 nucleotidi che rimane attaccato ad Argonaut e che legandosi agli mRna complementari “estranei” e potenzialmente dannosi per la cellula, ha proprio il compito di trasportare Argo al loro livello e permettere alla proteina di effettuare il clivaggio di queste molecole estranee, che verranno quindi degradate…e quindi non possono essere tradotte!
    Poi non so se gli si-Rna abbiano o meno anche un ruolo nel silenziamento genico, visto che comunque l’interferenza a rna non è solo un processo immunitario…

    Spero di non aver detto troppe cose banali o addirittura sbagliate!

  414. MpX Says:

    @ Il Bianco

    Per quanto riguarda la long patch BER dai un’occhiata a questo video. Dovrebbe essere davvero esplicativo:

    Per quanto riguarda il processo di ipermutazione somatica dobbiamo distinguere 2 fasi:

    1. Phase 1: si tratta dell’ipermutagenesi di C:G innescata dalla deaminazione di C a U da parte di AID.
    Se la replicazione avviene prima dell’azione di UNG avremo una transizione (U:G –> U:A); se la replicazione avviene dopo la formazione del sito abasico potremo avere transizioni o transversioni.
    L’azione di UNG rappresenta il primo step del processo di riparazione, che potrebbe concludersi con successo tramite long/short patch BER
    prima della replicazione.

    2. Phase 2: riguarda l’ipermutagenesi di A:T e richiede o la rimozione di U (prodotta dall’attività di AID) o il riconoscimento del mismatch U:G da parte di un complesso MSH2/MSH6. Abbiamo quindi la long patch BER in cui la specifica polimerasi è “error-prone” e potrebbe introdurre mutazioni N:T.

  415. Il Bianco Says:

    @Silvia.
    Grazie della risposta, e a proposito dei linfo B hai spiegato decisamente meglio tu di me.
    Mi ero espresso male: intendevo che se si fondono mieloma con ancora i geni per le catene H e L e linfo B si ottiene un ibrido ‘inutile’ perchè produce anticorpi che possono essere sia del linfo B, sia del mieloma sia ibridi nuovi. Quindi bisogna eliminare i geni per le catene H e L sul mieloma. Appunto, come hai detto tu.

    @MpX
    Grazie del video e della risposta. E dire che io ero rimasto a ‘esplorando il corpo umano'; ne hanno fatta di strada le animazioni, da allora!

  416. Elia Says:

    I signal this article, related to the first lecture topic on fundings to 3rd world countries:

    http://www.latimes.com/news/nationworld/nation/la-na-gates16dec16,0,3743924.story

  417. Alice Says:

    Ciao a tutti,
    una domanda: non mi sono ben chiare le definizioni di isotipo,allotipo e idiotipo..?

  418. Il Bianco Says:

    @Alice:

    1) Isotipo: Corrisponde alla regione costante delle catene pesanti. In altri termini, un isotipo è codificato da un distinto gene per la regione costante (IgG ha isotipo gamma, IgD ha isotipo delta ecc…).

    2) Allotipo: All’interno di una popolazione tutti gli individui hanno gli stessi geni per gli anticorpi (tutti gli uomini hanno gene gamma per le IgG, gene delta per le IgD ecc…), ma individui differenti, anche se della stessa popolazione, possono avere alleli diversi per lo stesso gene (alleli diversi per il gene gamma, per esempio). Questi differenti alleli rappresentano l’allotipo dell’Ab.

    3) Idiotipo: Corrispondono alle regioni variabili delle catene pesanti e leggere. Possono essere sia il CDR di un anticorpo, sia una qualunque porzione aminoacidica della regione variabile.

    Nota di fondo che non può mai mancare:
    Questo, almeno, è quello che ho capito io. Se ho sbagliato, chiedo scusa; nel caso, correggetemi. ^^

  419. Silvia Says:

    Ciao a tutti!
    Nella lecture sullo sviluppo delle cellule B e T, quando si parla dello switch di isotipo, c’è scritto che nelle cellule B mature vergini l’espressione di entrambe le catene m e d è garantita da un meccanismo simile alla poliadenilazione alternativa che avviene per il passaggio dalla produzione di Ab di membrana a quella di Ab solubili.Questa similitudine non mi è molto chiara! Qualcuno mi sa illuminare?
    ps. i due meccanismi di switch(Ab di membrana-Ab solubili e IgM e D-IgG) li ho capiti….è solo questa frase che non mi è chiara!

  420. Mattia Says:

    Buongiorno a tutti!
    Ho un dubbio sulla REAZIONE DI EMOAGGLUTINAZIONE per la DETERMINAZIONE DEI GRUPPI SANGUIGNI:

    A lezione avevo capito che, inserndo i vari antiA, anti B, antiD, quando appare un “puntino rosso” al centro del pozzetto, allora si ha agglutinazione… tuttavia rivedendo lo stesso argomento in microbiologia mi era invece sembrato di capire il contrario!: puntino centrale= sedimentazione e quindi no agglutinazione; pozzetto competamente rosso= agglutinazione. Qualcuno potrebbe chiarirmi il tutto, magari facendo riferimento alla immagine “blood typing through antibody-dependent red cell agglutinator” della lecture “antigen-antibody interactions”?
    Grazie!

  421. Il Bianco Says:

    @Silvia
    Si tratta solo di un’altra possibile forma di switch isotipico, diversa da quella IgM–>IgG.
    Praticamente:
    Le IgD non sono molto numerose nel nostro corpo, e attualmente non si sa neppure se vengano rilasciate come anticorpi solubili e quindi possano svolgere un qualche ruolo nella risposta immunitaria. Ciononostante le IgD sono, insieme alle IgM, le principali Ig che vengono espresse sulla superficie di membrana di cellule B mature. Per dirla in altri termini, un linfo-B maturo espone, sulla superficie cellulare, sia IgD che IgM, entrambe ovviamente specifiche verso un unico antigene. Quello che cambia tra IgD e IgM è solo la porzione costante C della catena pesante (che dà, appunto, la classe dell’anticorpo), mentre la regione variabile è identica per una IgM e per una IgD esposte sullo stesso linfoB (dunque specificità per un solo antigene).

    Questa la premessa, ora la frase: il prof voleva indicare che esiste uno switch di classe che permette al linfo B di produrre due Ig (una M e l’altra D) di membrana, tutte e due rivolte sempre contro lo stesso antigene. Questo switch avviene però non come quello IgM-IgG, ma come quello tra Ab di membrana e Ab solubile (cioè prevede un diverso sito poli-A dell’RNAm e, a seconda di quale viene usato, si esprimono IgD o IgM).

    Nota conclusiva e riassuntiva: Le IgD vengono espresse primariamente nello stadio di linfoB maturo, poi (non so quando, nè perchè, ma si tratta comunque di una fase maturativa antigene-indipendente) avviene lo switch di classe (basato sul poli-A) che induce il linfoB a produrre IgM anzichè IgD.

    Come al solito, spero di non aver detto troppe castronerie. ^^

  422. Il Bianco Says:

    @Mattia.
    Adesso mi hai messo il dubbio. Ti dico come avevo capito, ma ora non so più quanto possa essere valida la mia interpretazione:
    1) Metto eritrociti in provetta e aspetto che sedimentino (si depositano sul fondo, cioè si forma il Puntino).
    2) Aggiungo Ab rivolti contro un antigene del gruppo AB0.
    3) Agito la provetta. A questo punto:
    – Se c’è stata agglutinazione resta il puntino perchè gli eritrociti non tornano in sospensione nel liquido.
    – Se non c’è stata agglutinazione gli eritrociti tornano in sospensione nel liquido (compare il cerchio rosso, per intenderci).

    Però ammetto di poter aver frainteso: forse che l’agglutinazione permetta agli eritrociti di restare sospesi in soluzione (cerchio rosso) e ne impedisca la sedimentazione (puntino)?

    Mi aggiungo anche io alla tua richiesta di avere delucidazioni in proposito.

  423. Silvia Says:

    @ il bianco
    grazie della risposta….ora ci sono!

  424. Il Bianco Says:

    Domanda: l’esperimento di Baltimore per trovare i geni RAG1 e RAG2 della VDJ ricombinasi.
    Ho guardate sulle lectures, ma ho trovato solo un rapido accenno in proposito, e non so quanto possano essere attendibili i miei appunti…
    Ogni informazione riguardante sarà ben accetta, grazie!

  425. VDGGJ Says:

    Anch’io ho una domanda collegata all’esperimento di Baltimore.
    Nel paragrafo “STEPS IN THE RECOMBINASE REACTION”, si dice che quando le sequenze di riconoscimento sono in direzione opposta (head to head), il Dna compreso viene deleto. Se le due sequenza sono orientate nello stesso modo, il Dna viene invertito.

    Nell’esperimento di Baltimore, in particolare guardando il disegno che il prof aveva fatto, le due sequenza sono orientate in modo opposto. Quindi stando a quanto detto dalla dispensa, il Dna dovrebbe essere eliminato, quindi il gene tpg dovrebbe essere deleto.
    Invece, il Dna viene girato e quindi gpt viene trascritto e conferisce la resistenza all’agente patogeno.

    La frase di quel paragrafo è sbagliata?

  426. Mattia Says:

    @VDGGJ
    Avevo notato anche io questa cosa… nei miei appunti avevo scritto : direzione di trascrizione opposta=segmento invertito; stessa dir di trascrizione=segmento eliminato;
    evidentemente la frase del paragrafo è sbagliata…

  427. VDGGJ Says:

    Infatti, deve essere proprio così, altrimenti l’esperimento di baltimore non avrebbe senso.

  428. VDGGJ Says:

    Quando si parla di topo “irradiato”, cosa si intende di preciso? Vengono uccise sia le cell B che le T?

  429. Il Bianco Says:

    @VDGGJ
    Aspetta: gpt conferisce farmaco-resistenza al batterio? Io avevo capito che lo uccideva! O_o

    Riguardo al topo irradiato: non so esattamente in cosa consista l’irradiazione, ma sì, il topo perde tutti i linfociti, sia B che T. Almeno così mi è parso di capire dagli esperimenti descritti…

  430. VDGGJ Says:

    @Il Bianco

    Ti confermo che il gene gpt conferisce resistenza, non a un batterio ma all’acido micro fenolico. Quindi, solo le cellule che invertono la sequenza tpg resistono all’ambiente con l’acido.

    p.s.
    cercando su google, ho trovato una descrizione semplice dell’esperimento:

  431. Silvia Says:

    @ il bianco
    devo fare una rettifica rispetto a quanto avevo scritto su Drosophyla.
    Avevo capito ben poco a quanto pare: in realtà rileggendo gli appunti con gli occhi dello “studio serio” e illuminata da un video che puoi trovare all’indirizzo http://www.scive.tv/node/9346, mi sono resa conto che si tratta di due processi distinti.
    1- Gli miRna si formano per l’azione sequenziale di Drosha(nel nucleo) e Dicer (nel citoplasma) e vengono legati ad Ago che effettua il clivaggio degli mRna estranei. Come è spiegato nel video lo stesso scopo(cioè la non traduzione degli mRna) può essere raggiunto, in questo caso, anche attraverso il blocco della traduzione a livello ribosomiale.
    2- Gli siRna si formano per l’azione di Dicer2 da trascritti primari di pseudo geni, sequenze intergeniche e cosiddetti “clusters siRna” (in questo caso si formano siRna endogeni) OPPURE da dsRna virali (in questo caso di formano siRna esogeni). In entrambi i casi gli siRna vengono legati ad Ago2 che effettua il clivaggio degli mRna estranei.

    Spero che stavolta la spiegazione sia sensata…in caso contrario qualcuno mi corregga!!!

  432. Il Bianco Says:

    @VDGGJ
    Grazie per la risposta e il link, cercherò di capire qualcosa leggendo lì su.

    @Silvia
    Anch’io devo fare una correzione a quanto detto in passato sull’esperimento degli anticorpi monoclonali. Da quello che ho capito i passaggi per arrivare alla generazione dell’ibrido sono:

    1) Generazione di un mieloma mutato per HGPRT- o TK-. Questo viene fatto facendo crescere i mieloma in un terreno con analoghi dei substrati degli enzimi (es. tioguanina e bromodesossiuridina). In questo modo si ha che:
    a) I mieloma che sono HGPRT+ o TK + vedono i loro enzimi inibiti dall’analogo del substrato.
    b) I mieloma che sono HGPRT – o TK- non vengono colpiti dall’inibizione e vengono selezionati per formare gli ibridi.

    2) Fusione del mieloma HGPRT- o TK- con il linfo B HGPRT+ e TK+. L’ibrido è messo in coltura in un terreno HAT e, se ha conservato i geni del mieloma (cioè mutati) allora muore; se ha conservato quelli del linfo B (ed è questo che si vuole ottenere) sopravvive.

    Spero che sia giusto. Se non altro mi sembra che abbia senso. Se qualcuno ha idee migliori si faccia avanti, non sia timido! ^^

  433. Corrado Says:

    ciao a tutti,
    sto studiando il fenomeno di koch e…non capisco bene che si intende che non è trasferibile via siero. Innanzitutto per trasferibilità del fenomeno intendiamo la possibilità di generare in un secondo soggetto (sano oppure no?) gli stessi effetti (ipersensibilità ritardata al 2°-3° giorno post-iniezione) che dà il fenomeno?
    E poi cosa trasferiremmo? Il siero di un malato di tbc su cui vedo il fenomeno di koch oppure il tessuto necrotico dato dal fenomeno?
    insomma sono un pò confuso.
    grazie in anticipo a chi sa chiarirmi le idee

    Corrado

    • Corrado Says:

      ps. E’ più o meno il dubbio de Il Bianco all’inizio del nostro webjournal.
      qualcuno ha trovato soluzione?

  434. Anna Says:

    ecco, io non ho capito bene i due motivi dell’efficacia della tecnologia dell’ibridoma nella produzione degli anticorpi monoclonali;

    il bianco aveva già spiegato il secondo motivo, dicendo: dato che la fusione predilige le cellule B immature, il vantaggio è che si ottengono tanti ibridi capaci di produrre ognuno un anticorpo diverso, specifico.

    ma il primo motivo mi pare di capire che dica che si utilizzano cellule B già in partenza altamente specifiche.

    c’è qualcosa che non mi torna!!

  435. Silvia Says:

    @ il bianco
    mi sa che non avevo letto la tua spiegazione precedente sulla selezione di ibridi e sulla selezione di HGPRT- o TK-, ma quella nuova coincide con la mia interpretazione, quindi se sbagliamo,sbagliamo almeno in due!

    @ corrado
    credo che il fenomeno di Koch non sia trasferibile via siero nel senso che trasferendo il siero di animali (cavie nella fattispecie) che avevano sviluppato il fenomeno, in animali SANI, questi ultimi, entrando a contatto con il M.Tubercolosis, non sviluppavano la reazione di ipersensibilità ritardata , bensì la reazione immunitaria “normale” dovuta alla malattia (come se non fossero mai entrati in contatto con il batterio..e in effetti è così). Tutto ciò perchè l’ipersensibilità non è causata da eventuali anticorpi prodotti, che sarebbero trasferibili con il siero, ma da una reazione cellulo-mediata.Ecco perchè trasferendo le cellule del sangue(quindi anche i linfociti) e non solo il siero, si può trasferire la capacità di sviluppare il fenomeno SE SI HA UN CONTATTO CON L’ANTIGENE, esattamente come trasferendo gli anticorpi si può trasferire l’immunità(sieroterapia) oppure l’anafilassi…che si svilupperanno sempre al contatto con l’antigene

    come sempre questo è ciò che ho capito io…spero abbia senso…

  436. Il Bianco Says:

    @Anna.
    Sono andato a rileggere quel capitolo, e in effetti il primo motivo sembra essere l’opposto di quanto ho detto io. A questo punto credo di aver tradotto male (me ne scuso), eppure anche quella che ho dato io mi sembrava sensata come descrizione del fenomeno. Mah, aspetto che qualcuno faccia luce sul mistero.

    @Corrado.
    Aggiungo una cosa a quanto ha già detto Silvia: credo che i dubbi sul fenomeno di Koch verranno svelati nelle ultime lezioni dedicate ai Vaccini e all’Ipersensibilità (la seconda non l’ho ancora fatta, quindi non saprei dirti con assoluta certezza).

    Per esempio, già nel capitolo sui meccanismi di risposta del sistema immunitario si dice che la DTH (cioè la ipersensibilità ritardata o fenomeno di Koch) è un processo citochino-dipendente legato all’azione dei macrofagi e linfo T che provoca un danno tissutale (l’ulcera descritta da Koch?).

    Inoltre nel capitolo dei Vaccini ad un certo punto si dice: ‘There are bacteria, like Mycobacteria, that cause intracellular infection’. Quindi credo che il M.Tubercolosis si replichi intracellularmente, e perciò non determini attivazione del sistema linfocitario B (che si occupa per lo più dei microorganismi causanti infezioni extracellulari). Ora, dato che non ci sono linfociti B attivati, non ci sono anticorpi contro il Tubercolosis, e dunque l’immunità non è trasmissibile col siero.

    Comunque prima di dire troppe corbellerie credo che sia meglio per me fare anche il capitolo sulla ipersensibilità. Se scopro qualcosa di nuovo ti avviso.

  437. Mr. Medawar Says:

    Spero che le mie domande non siano banali.
    1) Nella sinossi della lezione sui trapianti si afferma che “in the case of rejection of allografts, forcing antigen is presente by forcing MHC and not by self-MHC”; domanda: ma nel caso in cui ci sia compatibilità HLA al 100%, non è come se il peptide non-self venisse presentato dall’MHC self? (ossia l’MHC del donatore viene riconosciuto come self) Questa domanda si ricollega poi alla penultima.
    2) Al di là della questione di come il TCR del ricevente sia in grado di riconoscere un peptide non-self presentato da una proteina MHC non-self, la spiegazione dell’alloreattività dei linfociti Tc del ricevente non sta nel fatto che in caso di incompatibilità HLA sono le proteine MHC in se stesse a fungere da antigeni riconosciuti come estranei e che scatenano quindi la risposta di rigetto? Quindi sarebbe inutile considerare anche il fatto che vengono presentati peptidi non-self, dato che l’incompatibilità dell’MHC è già di per sè sufficiente a scatenare una risposta, no?
    3) Non ho ben capito se, in generale, le proteine MHC presentano sempre qualche peptide (ossia, quando una cellula è sana, presenta sempre dei peptidi self sulle sue MHC) oppure se sulla membrana plasmatica possono anche trovarsi proteine MHC “nude” (ossia con la tasca di legame vuota); se la risposta è che le proteine MHC non sono mai “nude”, allora come si può affermare che sono i geni HLA a determinare l’istocompatibilità e quindi il rigetto del trapianto, se il loro prodotto nudo e crudo (ossia le proteine MHC) non viene riconosciuto come antigene, a meno che non presenti un peptide (sia self che non-self)? Oppure (sempre che la risposta è che le proteine MHC non sono mai “nude”) è a causa di epitopi presenti nelle proteine MHC (che, nell’ipotesi in cui non siano mai “nude”, sono pertanto comunque complessate con un peptide) che i TCR possono riconoscerle come estranee?( e quindi nell’ipotesi paradossale in cui una proteina MHC non self presenta un peptide self viene scatenata una reazione a causa dell’immunogenicità della proteina MHC non-self).
    4) La situazione prospettata dallo studio di Hennecke e Wiley mi induce a pensare che: poiché è possibile che i TCR dell’ospite divengano alloreattivi sia che una proteina MHC-self presenti un peptide non-self, sia che una proteina MHC-non-self presenti un peptide non-self (perchè la differenze tra le due MHC sono coperte dal peptide, trovandosi sul fondo della tasca di legame), a questo punto non c’è differenza tra una situazione di compatibilità o di incompatibilità HLA: anzi, se c’è compatibilità HLA al 100%, la cellula trapiantata presenta un peptide non-self su una proteina MHC-self (essendoci compatibilità HLA al 100% la proteina MHC del donatore è identica a quella del ricevente e quindi è identificata come self), scatenando l’alloreazione del linfocita Tc del ricevente. Essendo arrivato alla conclusione che non serve la compatibilità HLA per aumentare il successo di un trapianto, mi si potrebbe dire dove sbaglio?
    5) Il peptide non-self presentato dalla cellula trapiantata ha a che vedere con il complesso di istocompatibilità minore?

    Grazie infinite a chiunque mi vorrà aiutare

    • giovanni Says:

      Allora forse posso chiarirti un paio di questioni senza approfondire. Premesso che io sto facendo una prima “infarinatura” sul Murray che è fatto modestamente bene, e quindi non avendo fatto ancora quella parte sulle slide di gherardi prendilo con le pinze. Il rigetto nei trapianti è dovuto al fatto che la cellula T è in grado di riconoscere MHC (HLA) non-self ed attivare la risposta (differenze nelle catene pesanti).
      Quello che dici tu è legato al fatto che normalmente MHC lega proteine di scarto della cellula che però dovrebbero essere riconosciuti come neutri dai T CD8 come self (Il Murray lascia in sospeso il discorso), viceversa nei trapianti si esprimono peptidi diversi dall’ospite e quindi attivare la risposta, stesso discorso con i tumori che potenzialmente possono essere riconosciuti da T quando esprimono su MHC self un peptide anomalo.
      Spero di essere stato chiaro

      • Mr. Medawar Says:

        Grazie per la tua risposta.
        Quindi il rigetto è dovuto a due fattori:
        1) I linfociti T dell’ospite riconoscono come estranee le MHC non self (indipendentemente dal peptide che presentano) delle cellule trapiantate;
        2) I Linfociti T dell’ospite riconoscono come estranei peptidi non self espressi da MHC non self delle cellule trapiantate.

        Ho capito bene?
        Ma a questo punto, come si fa a dire che sono solo i geni HLA a determinare il rigetto, se anche i peptidi non-self presentati giocano un ruolo importante nel determinarlo?

  438. Mr. Medawar Says:

    Aggiungo: cercando sul libro Immunobiologia di Janeway ho trovato alcune cose che hanno incrementato notevolmente i miei dubbi, i quali sono ora scatenati e più che mai in fase iperacuta.
    Cito il testo di Janeway e in fondo metto il link all’immagine che riassume tutta la questione (è l’immagine descritta nel testo):

    “Mature T cells have, however, survived a stringent selection process for the ability to respond to foreign, but not self, peptides bound to self MHC molecules. It is therefore thought that the alloreactivity of mature T cells reflects the cross-reactivity of T-cell receptors normally specific for a variety of foreign peptides bound by self MHC molecules. Given a T-cell receptor that normally binds a foreign peptide displayed by a self MHC molecule (Fig. 5.17, left panel), there are two ways in which it may bind to nonself MHC molecules. In some cases, the peptide bound by the
    nonself MHC molecule interacts strongly with the T-cell receptor, and the T cells bearing this receptor are stimulated to respond. This type of cross-reactive recognition arises because the spectrum of peptides bound by nonself MHC molecules on the transplanted tissues differs from those bound by the host’s own MHC, and it is known as peptide- dominant binding (Fig. 5.17, center panel). In a second type of cross-reactive recognition, known as MHC-dominant binding, allo-reactive T cells respond because of direct binding of the T-cell receptor to distinctive features of the nonself MHC molecule (Fig. 5.17, right panel). In these cases the recognition is less dependent on the particular peptide bound; T-cell receptor binding to unique features of the nonself MHC molecule generates a strong signal because of the high concentration of the nonself MHC molecule on the surface of the presenting cell. Both these mechanisms may contribute to the high frequency of T cells that can respond to nonself MHC molecules on transplanted tissue.”

    ECCO IL LINK ALL’IMMAGINE descritta nel testo: http://img193.imageshack.us/img193/9004/crossealloreattivit.png

  439. Mr. Medawar Says:

    Terzo addendum: sono andato a leggere l’articolo di Jens Hennecke e Don C. Wiley. Riporto qui il passaggio che mi sembra molto importante e rilevante riguardo alla questione che ho sollevato sopra:

    “T cell alloreactivity, the major cause of organ transplant rejection and graft-versus-host disease, is the reaction of 1–10% of all T cells with nonself pMHC molecules against which they have not been previously negatively selected during development in the thymus (70). Mechanisms for the large T cell response in alloreactivity range from models where the TCR interaction is dominated by contacts with the allo-MHC to models where the TCRs interact mostly with the antigenic peptides (peptides that cannot be pre- sented by self-MHCs but can be presented by the allo- MHC) (references 71 and 72; for a review, see references 73 and 74). The observation of different bound peptide conformations resulting from residues of the MHC mole- cule that are out of reach for the TCR, might also be im- portant in the alloreactive T cell response. T cells that have been negatively selected or are not reactive against self-
    peptides presented by self-MHC molecules, may recognize those same peptides bound to an allo-MHC, where they could adopt different conformations, as seen in the HA peptide studied here. If the self- and allo-MHC molecule have identical residues on the part of the surface that is contacted by the TCR, so that contacts used during posi- tive selection may be conserved, and differ mainly in resi- dues buried in the peptide-binding groove, as in the case of DR1 and DR4, presented here, the opportunity for cross- reactivity might be enhanced.
    This structural study of TCR cross-reactivity empha- sizes that in addition to the peptide and MHC residues that are contacted by TCRs, the dependence of the con- formation of the bound peptide and of the MHC mole- cule on peptide and MHC residues inaccessible to direct contact by the TCR plays an important role in determin- ing T cell activation.”

  440. Silvia Says:

    @ Anna

    ti consiglio di leggere la risposta data dal prof. il 12 Aprile 2009 a Enrico!
    comunque da quel che ho capito mettendo insieme la frase della lecture e,appunto, questa risposta, la prima ragione è che i linfociti B utilizzati appartengono a topi fortemente immunizzati,cioè sottoposti a ripetuti contatti con l’antigene,il che aumenta notevolmente la specificità e l’affinità degli anticorpi da esse prodotti.La seconda è che la stessa procedura di ibridazione seleziona ulteriormente per linfociti B in attiva proliferazione,cioè per quei linfociti che sono stati sottoposti di recente a stimolazione antigenica (nel tessuto da cui si estraggono i linfociti sono presenti anche cellule B coinvolte in risposte immunitarie precedenti,quindi contro altri antigeni,e queste ultime non sono in attiva proliferazione). Una stimolazione finale (“final boost”) con l’antigene specifico può massimizzare la selezione.

    spero sia esatto…

  441. giovanni Says:

    @Mr. Medawar
    Perché (senza dimenticare che sono presenti altri geni di istocompatibilità) in fin dei conti è sempre MHC non self, il fattore dominante per un rigetto o meno. Ho letto quel che hai riporto dal Jenaway:

    Caso 1 dell’immagine immagine Interazione con peptide che normalmente non avviene è dovuto al fatto che MHC non è capace di presentarlo mentre MHC self non lo presenta nella tasca normalmente questo innesca la risposta. L’immagine non è perfetta ma dal tuo ost “In some cases, the peptide bound by the
    nonself MHC molecule interacts strongly with the T-cell receptor, and the T cells bearing this receptor are stimulated to respond. This type of cross-reactive recognition arises because the spectrum of peptides bound by nonself MHC molecules on the transplanted tissues differs from those bound by the host’s own MHC, and it is known as peptide- dominant binding”

    Caso 2: “the recognition is less dependent on the particular peptide bound; T-cell receptor binding to unique features of the nonself MHC molecule generates a strong signal because of the high concentration of the nonself MHC molecule on the surface of the presenting cell.” Praticamente questa volta MHC lega fortemente TCR senza bisogno di avere nella tasca un peptide, cosa che non accade normalmente con un MHC self in quanto il complesso è pMHC(peptideMHC)-TCR, complesso ternario.

    • giovanni Says:

      Non capisco perchè ma la spiegazione del primo caso è uscita malissimo. Comunque:
      Il peptide di norma non viene legato da MHC self ma lo può essere da MHC non self che presenta una variabilità maggiore nel suo dominio per il peptide. TCR riconosce quindi un peptide estraneo e attua la sua risposta.
      Il peptide è la causa primaria ma in fin dei conti se non ci fosse stato MHC non self a legarlo la cellula T non avrebbe potuto riconoscere l’antigene (risposta cellulo mediata)

      • Mr. Medawar Says:

        Ecco, quest’ultimo punto è fondamentale secondo me: cioè, se c’è compatibilità MHC al 100%, significa che l’MHC della cellula trapiantata ha più probabilità di presentare un peptide non-self che però assomiglia o è uguale a un normale peptide self dell’ospite?
        Se le cose stanno così allora mi si cominciano a chiarire le idee.

      • giovanni Says:

        Da quel che ho capito si, in pratica la parte determinante del MHC nel caso “peptide-dominant binding” è la tasca che lega il peptide da presentare e non la parte che si lega al TCR.
        Così TCR non distingue MHC self da non self ma si trova presentato un peptide che le MHC self normalmente non legano, si lega al complesso peptide-MHCnonself e attua la risposta immunitaria (rigetto).
        Dovrebbe essere così, magari aspetta la conferma di qualcuno che sappia meglio l’inglese.

  442. Anna Says:

    @silvia

    grazie, avevo cercato la risposta tra gli interventi precedenti ma dev’essermi sfuggita! ora è tutto chiaro

  443. Silvia Says:

    Ho letto il post di MpX sul processo in due fasi dell’ipermutazione somatica e mi si sono chiariti un pò di dubbi, però non sono del tutto sicura di aver capito la seconda fase….
    Quello che ho capito è che si tratta dell’ipermutazione a livello di dA-dT e che meccanismi che portano a tale ipermutazione possono essere due:
    1-dU viene rimosso da UNG e si ha la rparazione tramite BER, riparazione in cui la DNA-polimerasi è error-prone e quindi può inserire delle mutazioni (e queste mutazioni sembrano essere preferenzialmente a livello di dA-dT)
    2- Il mismatch dU-dG viene riconosciuto dagli enzimi MSH2/MSH6 e….anche in questo caso avviene la BER e quindi come sopra???

    è così?
    grazie in anticipo…

  444. Salvatore Says:

    REAZIONI DI EMAGGLUTINAZIONE

    ho letto delle precedenti domande e risposte circa le reazioni di emagglutinazione e nel dubbio mi soni informato :
    contrariamente a quanto pensavo pare che quando si aggiungono dei globuli rossi nel pozzetto questi siano visibili come un puntino… nel momento in cui si vanno ad aggiungere degli anticorpi e si verifica l’agglutinazione immaginate che si vada a creare una sora di reticolo in cui un anticorpo (pensate alle IgM) lega tanti antigeni anche in comune con altri anticorpi e questo porta alla formazione di un “cerchio” più ampio che indica la avvenuta agglutinazione.
    ora se non erro la risposta data in precedenza è diversa da questa… per chiarezza allego una immagine secondo me molto eloquente

    • Salvatore Says:

      scusate l’italiano pessimo ma spero di essere stato quantomeno chiaro xd

      • Silvia Says:

        ehm…ma allora perchè nell’esercizio sui gruppi sanguigni degli “esempi d’esame” il controllo nc è un cerchio pieno? non dovrebbe essere un puntino? nel testo dell’esercizio c’è proprio scritto “nc is a negative control: no agglutination”
        sono perplessa…

    • Salvatore Says:

      eh sono desolato… scusatemi per il casino… cmq confrontandomi con altri colleghi ho notato che gherardi ha spiegato esattamente come dice silvia e per gli esercizi vale come dice lui… io sono stato “tratto in inganno” dal libro (ho il kuby) che dice l’esatto opposto in una immagine… dovete scusarmi… su internet poi trovo siti (all’apparenza affidabili) in cui trovo come risposta e come immagini quello che ho detto ieri… sinceramente nn so a chi credere ma ai fini dell’esame credo convenga credere a gherardi…

      ecco qui lo spiegano approfonditamente http://www.medicine.mcgill.ca/physio/vlab/immun/hemag.htm
      spero di non essere impazzito xd

  445. Mattia Says:

    Buongiorno a tutti,
    riguardo gli ESERCIZI SULLA Ka:
    La formula: Ka=[AB]/[A][B] deve essere applicata utilizzando [A] e [B] INIZIALI o [A] e [B] RESIDUE (ovvero all’equilibrio)?
    Un’idea ce l’avrei ma non vorrei influenzare le risposte…

  446. Papaina Says:

    Ciao a tutti!
    anche io avrei dei dubbi sugli esercizi che ha mandato Gherardi.
    Inizio a rispondere a Mattia dicendo che secondo me bisogna utilizzare [A] e [B] all’equilibrio.
    Il primo dubbio che ho io riguarda l’esercizio su HLA: cosa si intende per alta percentuale di tossicità?
    Poi, nell’esercizio a crocette c’è una domanda che chiede il numero di geni coinvolti nel sistema ABO. A rigore sembrerebbero coinvolti sia H sia I. Però è anche vero che H lo esprimono tutti (a parte fenotipo di Bombay) mentre il gruppo sanguigno è determinato dall’allele nel locus I. Quindi, dire che ABO è regolato dai geni per H e per I è vero o falso?
    Grazie in anticipo

  447. Mattia Says:

    @Papaina:
    1)Anche io in effetti presupponevo all’equilibrio, mi è arrivata una conferma (a meno di smentite successive…)
    2)Esercizio su HLA: stiamo parlando del lymphocytotoxicty test: è spiegato nel paragrafo sulla tipizzazione de gruppi MHC, comunque cerco di farne un riassunto, per quanto ne ho capito: metti le cellule del soggetto in questione in pozzetti diversi e aggiungi anticorpi contro le varie varianti diMHC (o HLA che dir si voglia); queste varianti le hai indicate nella colonna “spcificità”; la colonna “toxicity”, quindi indica quanto l’anticorpo introdotto è tossico ni confronti di quegli antigeni, ovvero l’affinità di legame degli anticorpi anti-[ciò che è scritto nella colonna specificità]; questo vuol dire che se hai una tossicità elevata, probabilmente il soggetto avrà uno dei due antigeni (o uno solo se ce ne è uno) indicato nella colonna specificità; ilgiochetto per individuare i due alleli quindi funzina così: tiri una bella riga sugli alleli per i quali la tossicità è bassa (sia che si trovino nella casella corrispondente alla tossicità bassa, sia che siano associati ad altri alleli in altre caselle); gli alleli che ti rimangno con tossicità alta sono i due che stavoi cercando; nel nostro caso il donatore x me è A28 A3 (non potrebbe essere A2 perchè A2 da solo ha tosscità bassa e quindi è A28 a determinare l’alta tossicità) B7 B44 (discorso analogo); allo stesso modo il ricevente mi risulta A28 A3 B7 B45… c’è quindi 1 missmatch di mhc… se il trapianto si possa fare o no, io risponderei che si potrebbe fare, con terapia di CsA (anche x questo vedi grafico su capitolo trapianti)
    3)crocette: anche io ero indeciso su questo… io lo metterei vero e ci mtterei un apunto tipo quello che hai detto di fianco e ci aggiungerei che comunque ci sono anche altri geni che controllano ABO (tipo SE/se nei tessuti secernenti e epiteli…): se guardi la scheda sull’esame che ha inviato il prof, noti che ha proprio scritto esplicitamente che si possono fare osservazioni a lato e che saranno tenute conto nella valutazione finale…

    Spero di essere stato chiaro, soprattutto nel pto 2 che ammetto essere un po’ complicato da spiegare, ma una volta capito non è difficilisimo!

  448. Il Bianco Says:

    Riguardo [A] e [B]: da quello che ho capito studiando, sono le concentrazioni all’equilibrio. E infatti non so come risolvere il problema O_o
    Riguardo i gruppi sanguigni: io metterei vero, eventualmente la nota a fianco come suggerisce Mattia.

    Riguardo Koch: allora.
    Il fenomeno di Koch è un fenomeno di ipersensibilità ritardata di IV tipo, e l’ho capito. Ma: nel capitolo dedicato alla descrizione del DTH si dice che si verifica una prima fase di sensibilizzazione (prima esposizione all’antigene) in cui proliferano i linfociti Th. Poi, per una seconda esposizione all’antigene, si verifica la fase effettrice: i Th producono citochine, si richiamano macrofagi e avviene la lesione tissutale.
    Bene.
    Ma allora perchè nel fenomeno di Koch si dice che:
    1) Una cavia che è infetta da tubercolosi (e quindi ha già passato la fase di sensibilizzazione), se riceve la tubercolina ha una piccola ulcera che guarisce.
    2) Una cavia che non è mai entrata in contatto con tubercolina (e quindi non ha mai avuto la sensibilizzazione), se riceve il Tubercolosis vede lo sviluppo di una grande ulcera che non guarisce.

    In altri termini: la DTH non si dovrebbe manifestare in maniera più grave dove c’è già stata la sensibilizzazione (cioè nella cavia già infettata da Tubercolosi)? E non dovrebbe invece esserci una risposta minore se non è ancora avvenuta la sensibilizzazione (cioè nella cavia mai esposta al bacillo)?
    Dipende dal fatto che la tubercolina di Koch è ancora virulenta e può generare infezione come un normale M.Tubercolosis?

    Ogni volta che credo di aver capito il fenomeno di Koch sorgono nuovi dubbi, accidenti.

  449. Il Bianco Says:

    Aggiungo una nota a proposito di [A] e [B]:
    Cercando su questo blog ho trovato una descrizione di un problema simile a quello del nostro ‘esempio di esame’. Se cercate ‘April 24,2009′ dovrebbe uscirvi il commento di un certo apc che descrive la regola da applicare.
    In questo caso si trattava di un problema con delle concentrazioni [A] e [B] iniziali e [AB] all’equilibrio note e si chiedeva di calcolare la Kd (se girate un po’ nei post precedenti a quello di apc dovreste trovare il commento con il testo del problema). Credo che la formula usata per risolverlo sia quella giusta, voi che ne pensate?

  450. Papaina Says:

    grazie mille per le risposte!

    Per quanto riguarda il fenomeno di Koch e l’ipersensibilità ritardata, in effetti il dubbio del Bianco è lecito. Ho pensato che forse se l’individuo viene a contatto con il bacillo o la tubercolina per la prima volta non ha ancora sviluppato l’immunità acquisita che lo “proteggerebbe” dall’infezione, quindi l’infezione si propaga in tutto l’organismo perchè prevale il bacillo. Nella seconda iniezione di bacillo o tubercolina, invece, il bacillo trova una barriera immunitaria che gli impedisce la diffusione a livello sistemico, pur essendoci una reazione di ipersensibilità (più lieve della reazione provocata dal bacillo).
    Spero che si capisca quello che intendo dire. E’ una mia opinione, non sono sicura =)

    Ne approfitto per chiedervi altro sulle domande d’esame.
    – un anticorpo monoclonale isolato da topi BALB/c è iniettato in topi di ceppo C57BL76: la risposta anticorpale è diretta a…
    determinanti isotipici, allotipici o idiotipici?

    – un anticorpo monoclonale umano derivato da un mieloma è iniettato in topi C57BL/6. La risposta anticorpale è diretta a…
    (stesse opzioni)

    Tenendo a mente quello che abbiamo studiato per gli anticorpi monoclonali umanizzati, ho una mia idea sulle risposte. Però vorrei prima sentire dei commenti.

    Grazie

  451. Silvia Says:

    @ il bianco e papaina
    anche io darei la stessa spiegazione di papaina sul fenomeno di Koch con la precisazione (assolutamente opinabile,nel senso che è solo una mia idea) che la reazione è sì a livello locale(non vengono intaccati i linfonodi) ma è comunque più potente(è una ipersensibilità IV,a differenza della reazione che si ha nel caso di una cavia inoculata per la prima volta),tant’è che il tessuto va rapidamente in necrosi e poi si ha guarigione completa entro un tempo relativamente breve! Pertanto la risposta è effettivamente maggiore,il che non significa che il DANNO sia maggiore, ma al contrario che l’infezione riesce ad essere contenuta.

    Non so se sono riuscita a far capire quello che intendo, nè se sia corretto…spero di sì.

    per quanto riguarda gli esercizi…nel primo caso allotipo, nel secondo isotipo??

  452. caterina Says:

    Ciao a tutti!
    Mi sono venuti un po’ di dubbi e così ve li pongo..
    riguardo alla selezione positiva delle cell T..
    1. L’esperimento di Zinkernagel mi sembra contraddittorio dato che dimostra che la cell T riconosce MHC self e invece in realtà può legare antigeni trasportati sia da MHC non self che self…o no?
    2.La selezione positiva avviene nella corticale del timo perchè cell epiteliali timiche hanno MHC sulla superficie, giusto?Ma tali MHC non dovrebbero essere solo di classe1 dato che quelli di classe 2 sono solo su macrofagi,cellB e cell dendritiche?
    3. nella selezione negativa sono cell dendritiche e macrofagi a presentare antigeni self. ma dato che queste cell hanno MHC2 non dovrebbero presentare solo antigeni esogeni? oppure hanno anche MHC 1 sulla loro superficie?
    Grazie!!

  453. Papaina Says:

    @Caterina
    comincio dal punto 3: io credo proprio che macrofagi e cellule dendritiche abbiano entrambe le classi di MHC, dal momento che MHC I è espresso da tutte le cellule.
    per quanto riguarda il punto 1: non sono sicura di aver capito il tuo dubbio, ma posso spiegarti quello che ho capito io dell’esperimento, sperando di aiutarti. Praticamente, Zinkernagel utilizza un ceppo F1 (a/b) irradiato e timectomizzato e inserisce midollo osseo sempre F1 mentre i linfociti T hanno aplotipo B. Ci aspetteremmo quindi che tali linfociti riconoscano solo antigeni presentati da cellule con tale aplotipo (quindi con MHC di aplotipo b). Infatti avviene questo: Zinkernagel analizza le cellule della milza e osserva che nei confronti delle cellule di aplotipo b c’era stata attività citotossica, mentre ciò non era avvenuto nei confronti delle cellule a.
    spero che ti sia servito a qualcosa =)

  454. caterina Says:

    Grazie…per quanto riguarda Zinkernagel anch’io avevo capito così…ma il mio problema è dato dal fatto che noi sappiamo che in realtà i linf Tcitotossii riconoscono qualsiasi tipo di MHC, sia esso self o non self, purchè leghi un antigene,dato che così avviene nei trapianti! perchè la differenza tra gli MHC self o non sta nella tasca di legame con l’antigene…per questo mi sembra contraddittorio

  455. Silvia Says:

    @ papaina e caterina
    date un’occhiata alla risposta che il prof. ha dato ad enrico il 12 Aprile 2009
    Da quel che mi pare di capire in sostanza durante il processo di maturazione le cellule T, nel timo, sono selezionate positivamente per il legame ad affinità medio-bassa con le MHC self attraverso CDR1 e CDR2(forse la selezione positiva consiste nel fatto che vi sono anche cellule T che non legano proprio le MHC self o le legano con affinità bassissima) , ma le cellule che legano l’antigene self con alta affinità(attraverso CDR3) vengono uccise. E’ così?

    • Silvia Says:

      e il fatto che nei trapianti le cellule T selezionate per MHC self(che poi sono le uniche presenti sulle cellule di un individuo) riconoscano anche MHC non self è dovuto al fatto che i residui che permetterebbero il riconoscimento del “non self” sono nascosti dall’antigene e anche al fatto che il TCR lega con grande affinità l’antigene stesso
      Aspetto riscontri sul senso di ciò che sto dicendo :-)

      • Mr. Medawar Says:

        E qui si arriva a quello che da un po’ di giorni occupa i miei pensieri la sera prima di andare a letto, ossia: a che serve far sì che i due individui siano HLA compatibili se, al contrario, è meglio che le loro proteine MHC siano il più possibile diverse in modo tale che i TCR non si leghino a loro e non le scambino per proteine MHC self leganti peptidi non-self? (cosa che invece accade nel caso in cui le MHC non-self “assomigliano” a quelle self per il fatto che le differenze sono “mascherate” dal peptide).

  456. Giordano Says:

    A quanto ho capito io nella corticale avviene una selezione per quelle cellule le quali non riescono a legare MHC I (quindi è una selezione positiva perchè prendi quelle che rispondono POSITIVAMENTE al legame con MHC sulle cellule epiteliali corticali) mentre, nella migrazione di queste cellule selezionate positivamente da corticale a midollare (dove poi entrano in circolo se passate alla seconda selezione) si trovano sulla strada una serie di macrofagi e cellule dendritiche i quali espongono MHC di classe I e II, sia VUOTE, sia che presentino peptidi “self”.. quindi in questa seconda fase vengono eliminate quelle che legano (e quindi vengono attivate) dal legame con un MHC vuoto o con un MHC con un peptide self! La dimostrazione sta anche nei superantigeni i quali vanno a saldare un legame “TCR-MHC-Peptide Errato” scatenando una sproporzionata attivazione di linfociti Th… può essere chiaro?

  457. Giordano Says:

    @Mr. Medawar

    Suppongo sia così perchè gli MHC sono antigeni di istocompatibilità maggiori… se MHC è non self come per i gruppi AB0 avviene rigetto iperacuto… e poi ti ricordo che le regioni alfa e beta dei TCR così come le regioni prossime alla membrana nelle MHC variano di poco nella stessa specie, quindi vengono comunque riconosciute, per quanto differenti possano essere le regioni che determinano la specificità… può essere chiaro?

    • Mr. Medawar Says:

      A me risulta che il rigetto iperacuto è mediato da anticorpi naturali già presenti nel plasma che provocano danno all’endotelio, e quindi trombi e quindi fine del trapianto. Nel plasma ci sono quindi anticorpi naturali contro MHC non-self?
      Per quanto riguarda le regioni dei TCR che variano nella stessa specie ti riferisci all’allotipo?

      • Mr. Medawar Says:

        PS: quindi il rigetto iperacuto dovrebbe essere causato solo da incocompatibilità AB0, mi sono dimenticato di aggiungere.

      • Silvia Says:

        mmm…nell’organismo non ci sono anticorpi preformati contro le MHC (a meno che l’organismo non sia già stato esposto per esempio se sono avvenuti TRAPIANTI PRECEDENTI),però queste vengono riconosciute dai linfociti T in quanto alloantigeni e si ha un rigetto ACUTO(o almeno credo), che poi è il tipico rigetto da allotrapianto. Mentre il rigetto iperacuto si ha in caso di incompatibilità ABO OPPURE se vi sono anticorpi contro le MHC o altri alloantigeni già formati nell’organismo!

        PS. questo è quello che ho capito dagli appunti e dall’Abbas!

  458. Mr. Medawar Says:

    Continua a non tornarmi questa specie di ossimoro: da un lato voglio la compatibilità HLA evitare il rigetto, ma dall’altro il rigetto è provocato proprio dalla somiglianza tra MHC self e non-self; la compatibilità HLA dovrebbe peggiorare le cose, perchè se l’MHC delle cellule trapiantate è uguale all’MHC dell’ospite e presenta i peptidi delle cellule trapiantate (non-self), a maggior ragione ho rigetto, visto che dal punto di vista dei TCR quelli sono MHC self che presentano peptidi non-self.

    • Silvia Says:

      Forse in realtà l’ossimoro non c’è nel senso che POTREBBE trattarsi di due questioni distinte(ora provo a spiegare ma non sono sicura perchè effettivamente negli appunti tutto questo non è esplicitato)
      Allora…supponiamo di avere un trapianto allogenico di un tessuto qualsiasi. In questo tessuto ci saranno delle cellule dell’immunità innata ESTRANEE(cellule dendritiche ad esempio), quindi dotate di MHC non self, che presenteranno antigeni non self ai linfociti T, sia citotossici che helper visto che si tratta di cellule con MHCI e II. In virtù del fatto che le MHC non self non sono poi così diverse dalle self una volta legate all’antigene, le cellule del trapianto possono essere bersaglio dell’azione citotossica dei linfo T (e anche permettere l’azione dei T-h ed eventualmente reazioni di DTH etc). A questo non ci sono rimedi: che le MHC siano compatibili o meno l’antigene estraneo verrà riconosciuto e quindi l’unico modo per prevenire il rigetto è immunosopprimere la risposta T.
      Tuttavia è importante che le MHC siano self per un altro motivo, cioè che le MHC stesse sono alloantigeni, possono cioè essere processate dalle cellule dendritiche( o comunque da APC) dell’ OSPITE e quindi essere presentate come antigene non self da MHC SELF! In questo caso i linfociti T citotossici non possono agire direttamente sul trapianto, perciò il rigetto avverrà probabilmente a causa di DTH.
      Per questo è importante che vi sia compatibilità HLA!!!

      Spero sia chiaro(e soprattutto spero di aver ben interpretato l’Abbas…non ho riportato il testo perchè troppo lungo e poi perchè non credo sia propriamente legale, però se ne hai la possibilità di leggere con i tuoi occhi ed eventualemente correggermi è tutto nel capitolo 16,nella nuova edizione pg.377-382)

  459. Mr. Medawar Says:

    @Silvia: ho visto sull’Abbas. Il tuo discorso quadra. Solo un punto non mi è chiaro, ossia quello che dici alla fine sulla compatibilità HLA: più che per impedire la DTH, e quindi l’intervento dei linfociti Th a seguito della presentazione da parte delle MHC self dei peptidi processati dalle cellule dendritiche dell’ospite, non è forse necessaria per impedire un rigetto iperacuto mediato da anticorpi? In effetti “compatibilità HLA” non significa uguaglianza genetica dei geni HLA, ma solo somiglianza delle sequenze. La compatibilità HLA perfetta l’avremmo soltanto nei gemelli, credo. Quindi la compaibilità HLA mi risolve il problema del rigetto iperacuto mediato da Ig + complemento, mentre la terapia immunosoppressiva mi risolve il problema del rigetto acuto, mediato dai linfociti T citotossici che appunto riconoscono peptidi non self presentati da MHC non self che somigliano alle MHC self (ossia, le diversità in sequenza dei geni HLA si trovano tutte o quasi nella tasca di legame per il peptide dell’MHC non self).
    Però quello che ho detto non quadra col fatto che il rigetto di trapianti non è trasferibile col siero.

    • Silvia Says:

      Bè sì io per compatibilità intendevo somiglianza nell’ambito del possibile.
      Ma non ho capito perchè parli di rigetto iperacuto…non stiamo parlando di allotrapianti su soggetti mai trapiantati, e quindi di rigetto ACUTO? mi sa che mi sfugge qualcosa…cmq se consideriamo un rigetto acuto i due meccanismi più importanti che lo veicolano sono l’azione dei linfo T citotossici,come dicevamo prima, e l’azione dei linfo T helper che portano a DTH(oltre alle varie cellule dell’immunità innata) e quindi i conti tornano anche con il fatto che il rigetto non è trasferibile tramite siero!!! No???

  460. Mr. Medawar Says:

    Infatti, sì… ho parlato di rigetto iperacuto solo perchè non mi spiegavo la necessità di trovare donatore e ricevente con HLA il più simile possibile. Ipotizzando di fare un trapianto tra individui con compatibilità HLA allo zero %: il rigetto come sarà? Da chi sarà mediato? Io ho ipotizzato Ig, ma è sbagliato. Quindi è mediato dai citotossici. Questo significa che i citotossici riconoscono le MHC non self legandosi stabilmente a loro: cioè, il fatto che nel timo i linfocitiT siano stati istruiti a non reagire con MHC-self, non significa che questi linfociti così selezionati non scatenino una reazione incontrando MHC-non self mai incontrate prima del trapianto. Se a questo uniamo la spiegazione strutturale per cui il peptide non self maschera le differenze che la MHC-non-self ha con l’MHC-self, mi sembra quadri tutto

  461. Il Bianco Says:

    Lungi da me l’idea di cambiare argomento dal dibattito MHC e TCR, ma non avendo niente di nuovo da aggiungere, tanto vale buttare lì una domanda (anzi 3) su altre questioni:
    1) I vaccini tossoidi, a parte che tramite trattamento di tossina con formaldeide, possono essere ottenuti in altro modo?
    2) La frase ‘local dyads relationships are present within or between individual segments’ presente nel capitolo ‘The structure of antibodies and Tcell receptors’ nel paragrafo ‘Overall relationships between domains in an intact monoclonal antibody'; la frase, dicevo, esattamente, cosa vuol dire?
    3)Come avete passato la Pasqua, tutto bene? Questo non centra, ma mi sembrava maleducato non chiedere.

  462. Il Bianco Says:

    O, un’ultima cosa:
    4) In un esercizio come questo:
    La Ka è pari a X e la [AB] è pari a Y. Calcolare le [A] e [B] iniziali ponendo che siano uguali.
    Io userei la formula inversa di Ka=[AB]/[A]X[B] così da ottenere il prodotto A per B. Ora, se A e B iniziali sono uguali (e questo me lo dice il problema), anche A e B all’equilibrio sono identiche, no? In questo caso mi basterebbe estrarre la radice quadrata dal prodotto A per B e poi sommare il risultato con [AB] all’equilibrio, così da ottenere A e B iniziali. Il ragionamento fila o mi sono perso da qualche parte? Grazie in anticipo.

  463. caterina Says:

    @ Mr Medawar e Silvia
    anch’io avevo lo stesso dubbio di incongruenza di Mr Medawar che non mi faceva dormire e vi ringrazio per avermelo chiarito..l’unica cosa che mi chiedo ancora è:ma allora esistono MHC liberi,non leganti antigeni e probabilmente solubili, tali da poter innescare l’incompatibilità HLA?? sennò non capisco come possano fungere da antigeni di per sè ed essere processati dalle cell dendritiche e macrofagi come dice Silvia

  464. alessia Says:

    @il bianco:confermo il punto 4, il 3 e l’1 ti dico che non ne conosco altri e mi sono posta anche io il problema! per il 2 non so darti risposta!

  465. Giordano Says:

    Ammazza, non dormire per una questione così minuziosa per un esame è da Halcion! :D

  466. Silvia Says:

    Scusate la monotonia, ma l’argomento è sempre lo stesso: MHC e trapianti.

    1) Innanzitutto rispondo a Caterina: le cellule del donatore possono essere fagocitate e processate da APC specifiche e le MHC vengono esposte come normali peptidi

    2) Nello stesso testo in cui ho letto quanto scritto al punto 1 c’è anche scritto che nel riconoscimento diretto (cellula del donatore che presenta antigeni che nelle dispense c’è scritto essere non self) gli antigeni presentati sono antgeni dell’ospite quindi antigeni self.
    Comunque per farvi capire meglio cosa intendo vi metto il link(mi riferisco al paragrafo 16.1.1) così potete leggere con i vostri occhi. E con questa spiegazione secondo me è veramente tutto chiaro…eccetto la discrepanza tra ciò che c’è scritto qui e quello che dice la dispensa sigh:-(

    http://www.thenextdoctor.files.wordpress.com/2011/04/16-17.pdf

    fatemi sapere cosa ne pensate!!

  467. Papaina Says:

    Grazie mille Silvia, è stato utile =)

    Ho un altro quesito: come mai il siero della donna su cui hanno scoperto l’ Rh (che penso sia Rh-) agglutina cellule dell’80% delle persone dello stesso gruppo ABO (che penso siano Rh+)?
    L’anti-Rh non dovrebbe inibire l’agglutinazione?
    Cercando su internet inoltre spesso ho trovato pagine dove si dice che trasfusioni Rh+ a Rh- portano ad agglutinazione…premesso che tendo spesso a dubitare delle informazioni trovate nel web, c’è cmq qualcosa che non quadra…
    Aiuto!!!!

    • giovanni Says:

      Gli individui Rh+ hanno il fattore Rh sulla membrana quindi non hanno anticorpi anti-RH mentre quelli Rh- ne sono assenti e quindi hanno nel siero anticorpi anti-Rh che agglutinano sangue su cui è presente il fattore RH.

      Quindi esempio: A Rh- può donare a A Rh+ ma viceversa si ha l’agglutinazione.

      L’agglutinare l’80% della popolazione caucasica sta ha significare che all’interno di questa popolazione il fattore Rh è espresso maggiormente. Troverai più facilmente individui Rh+ che Rh-.

      • Papaina Says:

        Sì, è tutto chiaro ma il problema sta nel fatto che, nella lezione sull’interazione antigene-anticorpo, si parla degli anticorpi anti Rh come anticorpi che inibiscono l’agglutinazione. E’ proprio per questo che viene utilizzato il test di Coombs in diagnostica per vedere se una madre Rh- , per esempio, si è immunizzata durante un parto con figlio Rh+.
        Se gli anti Rh agglutinassero, non sarebbe necessario questo test per vedere se gli anti Rh hanno legato gli eritrociti del feto, dal momento che si potrebbe osservare come agglutinazione.

        Detto questo, come mai invece nel paragrafo sul sistema Rh si parla di agglutinazione? le due informazioni sono in contrasto!

      • giovanni Says:

        Perché sono presenti due classi di anticorpi IgG e IgM. IgM hanno capacità di agglutinare mentre IgG hanno solo capacità di provocare l’emolisi, e nell’attacco del feto sono quest’ultimi ad intervenire perché IgM non possono attraversare la placenta ed arrivare al sangue fetale.
        Quindi credo che intervengano solo IgC nel caso del Rh, però devo rivedere la parte che dici te. Non ne sono sicuro al 100%.

  468. Giordano Says:

    Dubbietto sulla creazione di anticorpi monoclonali: nella dispensa parla di sostituzione (non si capisce bene se in una coltura Littlefield, quindi con via normale bloccata, o in una coltura normale) di analoghi del subistrato di HGPRT e di TK per selezionare i linfociti B HGPRT- e TK-. Metto questi due analoghi, i due enzimi (se sono presenti nella cellula) attivano la via di riparazione, se non ci sono la cellula muore; se ci sono, sopravvive. Il mio dubbio è:

    1) se ci troviamo in una Littlefield morirebbero anche i linoficiti con i geni knock-out perchè non riuscirebbero ad attivare la via normale, nè tantomeno quella alternativa in quanto mancano gli enzimi
    2) se ci troviamo in una coltura normale, i linfociti attiverebbero ambedue la via normale e nessuno dei due morirebbe.

    Quindi in teoria o muoiono tutti e due, o vivono tutti e due… come si fa a selezionare realmente una serie HGPRT-/TK-? =)

    Giordano

    • corrado Says:

      @giordano

      era un dubbio che avevo anch’io all’inizio del web journal:
      ci troviamo in un terreno HAT e quel che ho capito è che:
      1. cellule b non ibridate muoiono perchè non hanno capacità di espansione in presenza di cellule immortali
      2. cellule mieloma non ibridate muoiono perchè non possono attivare le vie di recupero essendo hgprt- e tk-
      3. ibridomi sopravvivono perchè hanno capacità di espansione (dal mieloma) acquisiscono i geni hgprt e tk (dalle cellule b).

      • Giordano Says:

        quindi sostanzialmente gli ibridomi prendono sia i geni che gli permettono di sopravvivere, sia i geni che codificano per le Ig (ovviamente già riarrangiati) che andranno a produrre dalle cellule B, se ho capito bene…?

    • Giovanni Says:

      1)Non è la Littlefield altrimenti distruggi tutte le cellule di mieloma

      2)Da studi di biochimica la cellula preferisce di norma usare la via di recupero, credo che quindi l’incorporazione degli analoghi (deleteria) avvenga comunque mentre HGPRT- e TK- sono obbligati ad usare la via de novo

      • Giovanni Says:

        Che cazzaro non ho letto linfociti B pensavo ti riferissi al procedimento prima per trovare i mileomi TK- e HGRP-.
        In realtà i linfociti dovrebbero essere sia Tk+ che HGRP+ non hai linfociti Tk- e HGRP- per questo mi sono confuso.
        La spiegazione è quella di corrado

      • Giordano Says:

        ahaha infatti mi sembrava un po’ strana la tua risposta!

      • Giordano Says:

        ti chiedo una sola cosa… forse è una domanda stupida, ma come mai le cellule B non possono espandersi in presenza di cellule immortali (mieloma HGPRT-/TK-) in un terreno di coltura come HAT quando hanno comunque i geni HGPRT/TK?

      • Giovanni Says:

        Come scritto giù i linfociti B hanno di norma vita breve se non vengono stimolati a proliferare.

  469. corrado Says:

    buona domanda…..credo sia perchè (ricordo dalle lezioni di genetica) che normalmente le cellule proliferano solo se c’è abbastanza spazio, mentre inibiscono la replicazione se la densità di cellule attorno a loro è troppo alta, mentre le tumorali hanno perso questo sistema di autoinibizione. al momento non ricordo il termine che indica questo processo ma dovrebbe evvenire così (forse INIBIZIONE DA CONTATTO?). deduco che per questo motivo le cellule b non hanno capacità di espansione.
    confermate?

    ciao

    • Mr. Medawar Says:

      No, in realtà le cellule B hanno fisiologicamente una vita breve; sono fatte per sopravvivere e replicarsi quando il BCR incontra un antigene che si lega.

      • Giordano Says:

        aaaahhh è vero! grazie mille Mr.!

        ps minchia, Corrado, che trip incredibile che ti eri fatto! ahahah io non ci avrei pensato manco sapendolo!

      • Giordano Says:

        ah, peraltro ho scoperto che (anche se non c’è scritto) viene utilizzato un promotore che favorisce la fusione tra le cellule, altrimenti credo non avverebbe (se vi può interessare…)

  470. Paolo Says:

    Un promotore? Non veniva usato il virus Sendai per la fusione?

  471. Giordano Says:

    boh, io ho letto su wikipedia che viene utilizzato un promotore, poi con promotore si intende qualcosa che promuove, quindi magari è proprio il virus, non necessariamente qualcosa che è nel DNA, suppongo.

  472. Giordano Says:

    “È un virus a singolo filamento negativo di RNA, parainfluenzale di tipo 1. La sua capacità di aumentare la fusione delle vescicole lipidiche e delle membrane cellulari è stata scoperta all’inizio degli anni Ottanta e da allora è stata utilizzata per la formazione di liposomi di HVJ usati come vettori. Più recentemente, l’avanzamento delle ricerche genetiche ha permesso la costruzione di una nuova classe di vettori a RNA con espressione citoplasmatica, chiamati ‘SeV ricombinante non trasmissibile’. Studi recenti hanno mostrato la potenziale capacità di questi vettori di essere usati per terapie geniche e vaccinazioni.” (Fonte: Wikipedia)

  473. corrado Says:

    grazie per il chiarimento.

  474. corrado Says:

    exp slick:
    cosa cambia nella gallina che bursectomizzo da adulta normale oppure prima/dopo la cova? perchè nel primo caso continuo ad avere livelli normali di Ab e plasmacellule quando ho asportato la bursa= midollo=organo di origine dei linfo B?
    grazie

    • Silvia Says:

      Perchè la borsa di Fabrizio è un organo pienamente attivo solo nelle prime fasi dello sviluppo,come il nostro timo(solo che la borsa produce cellule B) e poi regredisce, con migrazione delle cellule B negli organi linfatici adulti.Quindi la borsa che viene tolta alla gallina adulta non ha più alcuna funzione!
      Ti quadra?

  475. corrado Says:

    si, dunque la ‘seconda’ bursectomia è fatta non su gallina adulta ma su pulcino (come la timectomia)?

    • Silvia Says:

      sì,esatto, e in questo caso la concentrazione plasmatica di linfociti è normale,così come la DTH e il rigetto, ma non ci sono plasmacellule nè ovviamente risposta anticorpale.

  476. corrado Says:

    ora è tutto chiaro. grazie.
    ciao

  477. Susumu Says:

    salve a tutti
    ci sarebbe qualcuno così gentile da spiegarmi l’esercizio sul test di linfocitotossicità e la sua risoluzione?
    grazie

    • Anna Says:

      in pratica devi trovare il genotipo degli hla sia del donor che del recipient.
      per farlo guardi i casi in cui hai una citotossicità alta e ne ricavi i due alleli che danno la risposta più citotossica, e quelli sono gli alleli posseduti dal soggetto.
      se una percentuale è associata a due alleli es. A1 A2 85% devi guardare gli altri casi che ti fornisce l’esercizio es. A1 10% in questo caso il soggetto possiede l’allele A2 perchè l’allele A1 da solo dà scarsa risposta citotossica. poi se i due aplotipi sono uguali, puoi fare il trapianto, credo.
      si capisce…?

  478. Ermanno Gherardi Says:

    Dear:

    Il Bianco, Corrado, Silvia, and Papaina

    Re Koch’s phenomenon

    You posted several queries/comments on Koch’s phenomenon and I would like to clarify some of your doubts.

    A part from the practical (ie medical) applications in the diagnosis of tuberculosis which you will study in other courses, Koch’s phenomenon is studied in our course because it constitutes one of the key experimental demonstrations of a hypersensitivity reaction not mediated by soluble effectors, namely antibodies.

    It is a hypersensitivity reaction because the tissue reaction upon secondary contact with M tubeculosis differs substantially from the reaction observed after the primary inoculum,

    It is cell-mediated and not antibody (serum)-mediated because if you transfer serum from a guinea pig that received a first inoculum of M tuberculosis into an animal that has never been injected with the bacteria, this second animal develops a primary tissue reaction and not a secondary one if injected with Mycobaterium. This contrasts sharply with anaphylaxis where you can transfer sensitisation with antibodies (serum).

    In contrast, you can transfer sensitisation to M tuberculosis with cells, as demonstrated by M Chase in 1945 and we now know that the Th1 subpopulation of T cells is critical for this type of hypersensitivity.

    Finally, there certainly is an antibody response to M tuberculosis. This has been studied extensively in recent years and if interested you may read this well written and short review article: F. Abebe and G. Bjune. The protective role of antibody responses during Mycobacterium tuberculosis infection. Clinical and Experimental Immunology, 157: 235–243 (2009) which you can freely download from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19604263. I personally believe that these studies on the antibody response to M tuberculosis will also prove important in improving the current (BCG) vaccine but there remains no doubts that a cell-mediated, Th1 dependent response is a hallmark of the immunity to this bacerium.

    Ermanno

  479. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Il Bianco (and also Corrado)

    Re: Why hybridoma technology is so effective.

    You posted several comments on this point at an early stage and I do not know if you subsequently managed to clarify issues (I have not read all the pposting yet) but I am keen to comment on this in order to make sure that you do not fail this question during the exam.

    1. Hybrid myelomas secreting specific antibodies are produced by fusion of a suitable myeloma partner with mature B (there are no immature B cells either pro-B or pre-B in secondary lymphoid tissues, such as spleen and lymphnodes, remember your anatomy and hustology). This does not mean that we only fuse mature B cells (if we use a crude population of spleen cells for the fusion, this contains B lymphocytes, T lymphocytes, macrohages, etc. All these cells can be fused by the Sendai virus and not only with the myeloma line but also among themselves. The reason with end up with B cell-myeloma hybrids at the end of the experiment is because cell fusions that do not involve the myeloma partner die off (are not immortalised) and, among the cells that have fused with the myeloma we only retain the ones that originate from B cells because we screen the hybrids for antibody production (hence a T cell-myeloma partner would be discarded because it does not produce antibodies).

    2. In order to appreciate the meaning of the statement ‘ Why hybridoma technology is so effective’ you have to reflect on the experimental strategy that is employed in order to produce hybrid myelomas and hence monoclonal antibodies. The animals that are used for this are hyper-immune, ie they have been immunised repeatedly with antigen and this ensures selection of antigen-specific B cell clones as well as the emergence of high-affinity variants through somatic hypermutation. Further, a few days before cell fusion, the animals receive a final injection of antigen and this leads to proliferation of antigen-specifc cells from the pool of memory cells. These proliferating B cells (called blasts with a generic term) appear to fuse preferentially and we know this because if we do an assay (Jerne’s plaque assay for example) on the total cell population we obtain a certain frequency of antigen-specific cells (let’s say 1 in 1,000 for the sake of example). However, when we measure the frequency of antigen-specific clones among the hybrid myelomas, this is higher (1 in 100 for example or 1 in 10). This demonstrates that the fusion process has selected for proliferating B cells.

    Ermanno

  480. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Silvia, Corrado, il Bianco

    Re: antibody expression in hybrid myelomas

    There seem to be uncertainties on this important point. Expression of the antibody genes in a B cell-myeloma hybrid is codominant, namely if the myeloma expresses H and L chains, the hybrid typically expresses H and L from the B cell and H and L chain from the myeloma.

    In order to recover only the antibody produced by the B cell, it proved necessary to generate myelomas H- and L-. Nowadays this task could be achieved effectively by targeting and inactivating the relevant loci on the myeloma chromosomes but C Milstein and his colleagues did not have this technology and the way in which he produced first H- cells and subsequently L- cells was through continuous growth and screening (no selection) for the H- and/or the L- phenotype.

    In contrast the generation of the HGPRT- or TK- mutants could afford genetic selection because, in the presence of 6-thioguanine or bromodeoxyuridine, the HPGRT- or TK- cells survive whereas the HPGRT+ or TK+ die making the process of generation of the HGPRT- or TK- cells much more straightforward than the one of generation of the H- or L- discussed above.

    Ermanno

  481. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Silvia

    Re: Expression of IgM and IgD – Isotype switch

    These are two different mechanisms. The BCR is present on virgin, mature B cells predominantly as an IgM but a small amount of the same VDJ rearrangement is expressed as an IgD. The mechanism underlying this choice is alternative splicing (similar to the mechanisms that underlies the switch from membrane bound to soluble antibody. Namely: the delta gene is adjacent to the mu gene and, if the entire mu gene is spliced out, the VDJ sequences are fused with the exons encoded by the delta gene and the result is an IgD. In these cells, however, the mu gene is not deleted and the choice between mu and delata occurs at the RNA level.

    This is in striking contrast to what happens as a result of class switch recombination (in B cells that have undergone antigen-specific stimulation) where a portion of the locus. Consider for example a switch from the mu to gamma4 isotype. If you remember the structure of the H locus the order of C genes in man is mu, delta, gamma3 , gamma1, alpha1, gamma 2 and gamma4 and in the cells that has switched to gamma4 the mu, delta, gamma3, gamma1 alpha1 and gamma2 are deleted (no longer present on the chromosome).

    Ermanno

  482. Ermanno Gherardi Says:

    Dear VDGGJ (and others)

    Re: steps in the recombinase reaction.

    The first paragraph of the lecture synopsis on this point is correct. The paragraph describes the fate of intervening DNA during a recombination reaction and refers to the orientation (head to head or head to tail) of the VDJ substrate recognition sequences. The head to head orientation (for example 7-12-9 and 9-23-7) is the most common and in such cases the transcriptional direction is the same.

    In the artificial VDJ recombinase substrate originally employed by D Baltimore and colleagues in the experiment that led to the isolation of the RAG1 gene, the substrate recognition sequences of a Jk and Vk gene segments are arranged head to tail and a gpt gene is inserted in between Jk and Vk. The direction of transcription of the Vk and gpt genes is opposite and, prior to recombination, Vk is expressed and gpt is not. After recombination, Vk is no longer expressed but the gpt gene is and the cells become amenable to genetic selection via micophenolic acid, from which the RAG1 gene was isolated.

    Ermanno

  483. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Medawar (and others)

    Re: Rejection of allogeneic grafts

    You raise several questions about this important topic and I will address some of your points here.

    1. MHC proteins that have reached the cell surface are always loaded with peptide, whether self or not self. An MHC protein that has not loaded peptide is degraded before it reaches the cell surface.

    2. As you correctly point out in the case of MHC-incompatible allogeneic grafts, the MHC proteins act as the major histocompatibility antigen but their peptides also need to be presented. Hence it has proved important to understand how the CTL of the recipient could detect foreign antgen presented by foreign MHC. The structural basis for such recognition has been discussed during the lecture.

    3. In the case of full MHC compatibility the donor MHC is seen as self-MHC by recepient cells but, in this instance, MHC peptides are not recognised as antigen because, once more they are identical to the recipient one.

    Ermanno

  484. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Caterina (and others)

    Re: Recognition of antigen presented by non-self MHC

    You are right in saying that in allogeneic graft recipient CTL recognise foreign antigen presented by foreign MHC (see earlier comments as well). However, you are wrong in saying that TCR can recognise antigen presented by any MHC. If this was the case the Doehrty-Zinkernagel would have given a very different outcome.

    TCR can recognise foreign antigen presented by foreign MHC when the antigenic peptides present on foreign MHC molecules ‘mask’ the differences between self MHC and foreign MHC. This still leave > 90% of recipient TCR unable to interact with donor MHC but the ~ 10% of TCR that manage to interact with donor MHC are more than sufficient to cause rejection.

    Ermanno

    • Mr. Medawar Says:

      Buona sera,
      riguardo all’incompatibilità HLA:

      1) il problema dato dall’incompatibilità è spiegato quindi solo dal caso che abbiamo visto a lezione, con le basi strutturali chiarite da Hennecke & Wiley, oppure ci possono essere altri casi in cui il TCR, nonostante abbia passato la selezione positiva di Zinckernagel, è in grado di riconoscere MHC non-self che non ha mai visto per crossreattività?

      2) A quanto ho capito la compatibilità HLA fa sì che donatore e ricevente, oltre ad avere MHC uguali abbiano anche i peptidi presentati dalle proteine MHC uguali, giusto?

      Grazie mille

  485. Ermanno Gherardi Says:

    Dear Silvia and Medawar and probably others,

    Re: Antigen recognition in allogeneic grafts

    I think that Silvia’s message posted on April 29th is largely correct (see also my earlier comments on this). but I would like to reinforce the point here that antigen recognition by TCR requires both (i) foreign antigen (ii) presented by self MHC (or a foreign MHC structurally disguised as self MHC. Both are needed and not just one of the two for a stable complex to assemble

    Hence, a foreign antigenic peptide has always to be present and engages the central are of the antigen-binding site of the TCR (the two CDR3) whereas CDR1 and 2 interact with the MHC itself.

    Ermanno

  486. Ermanno Gherardi Says:

    Dr Mr Medawar

    Re: Recognition of foreign MHC (your latest posting )

    I would like to re-iterate what has been discussed during the lecture on transplantation and what I wrote last night about this point.

    1. MHC, as the acronym states, are the major histocompatibility antigens. These proteins (and the products of another 50-100 genes that constitute the minor histocompatibility antigens ) are the proteins that cause rejections of allogeneic grafts because, unlike the products of all other genes they are genetically diverse in an outbred population.

    2. In order for the T cell of a recipient to recognise the donor MHC (and minor histocompatibiity antigens), these proteins have to be processed and presented by MHC proteins. So you have donor MHC proteins presenting MHC peptides and peptides derived from the nimor antigens and peptides from many other proteins which, however, are identical between recipient and donor and hence do not matter with respect to transplantation. The ones that matter are donor MHC presenting donor MHC peptides and donot MHC presenting minor histocompatibility antigens.

    3. Here you have a situation therefore in which the recipient T cells are faced with foreign antigen (an MHC peptide or a peptide from a minor histocompatibility antigen) presented by foreign MHC but the recipient T cells have been selected for self-MHC recognition and this caused a great difficulty in understanding the mechanism by which the TCR of recipient T cells could recognise foreign MHC peptides and peptides from the minor histocompatibility antigens presented by foreign MHC. The structural studies clarified that recognition occurs because non-self MHC can disguise itself as self-MHC if and when the sequence variation in the donor MHC are masked by antigen, at which point the TCR of recipient can recognise and react to the donor MHC peptides presented by donor MHC.

    Ermanno

    PS With the web-journal name that you have chosen for yourself, you must not fail any question on transplantation.

  487. Nicola Says:

    Ciao a tutti
    Non riesco a trarre delle conclusioni definitive dagli esperimenti di Gorer, ogni volta che penso di aver capito mi sorgono dei dubbi. Qualcuno può gentilmente chiarirmi bene la situazione? Dalle lezioni, nonostante le abbia tradotte e ricontrollate non riesco a capire bene da dove “arrivano” questi antigeni II e i rispettivi Anti-II.
    Grazie

  488. Francesca Mursia Says:

    A quanto pare sono la prima del mio anno a scrivere! Piu’ che un problema di studio per ora ne ho uno tecnico: non riesco a visualizzare la pagina “model organisms of immunity”, nella sezione seminar..sembra che il collegamento non esista! e’ un problema del mio mac o e’ successo anche a qualcun’altro?

  489. Drosophila Says:

    Salve, volevo condividere un dubbio/incertezza nello studio. Capitolo sui gruppi sanguigni: se ho capito bene la sostanza H è il precursore al quale vengono aggiunti i carboidrati specifici degli antigeni A e B (oppure nessun carboidrato nel caso di 0). Quando si parla del gruppo Lewis, non riesco a contestualizzare questa frase “the dominant allele, Le, encodes an a4LFucosyltransferase which adds a fucose to the subterminal Nacetylglucosammine of precursor substance or substance H” che significato ha quell'”or”? Cioè, la sostanza precursore non dovrebbe essere sempre H? magari interpreto male io o non ho capito ma questo passaggio mi è oscuro….in generale la struttura complessiva che accompagna gli antigeni ABO dovrebbe essere: catena carrier (4 tipi), H e antigene/nessun antigene se 0, giusto? Nemmeno sugli appunti presi a lezione ho chiarificato questo punto…Grazie

  490. Tommaso Manciulli Says:

    @Drosophila
    Leggevo anche io quel passaggio ieri.
    Come dici giustamente te la sostanza H è il precursore, per cui secondo me in quella frase “or” sta per ovvero.
    Quindi la traduzione in Italiano sarebbe:
    L’allele dominante, Le, codifica per una a4Lfucosiltrasferasi che aggiunge una unità di fucosio alla N-acetilfucosammina subterminale della molecola[sostanza] precursore ovvero sostanza H.

  491. Tommaso Manciulli Says:

    Oggi a lezione ho chiesto come mai per le colture virali di Poliovirus, Salk abbia usato proprio delle cellule di rene di scimmia.
    Io capisco usare del tessuto di un mammifero, ma perchè proprio il rene?
    Ho messo qui la domanda, caso mai qualcuno abbia la mia stessa curiosità.

    • MarcoMeazza Says:

      A Tommaso Manciulli: usavano proprio i reni di scimmia perchè erano considerati un ottimo substrato per far si che il vaccino anti-polio si replicasse velocemente. Infatti, il vaccino doveva in qualche modo essere prodotto su larga scala. Tessuto umano non poteva essere utilizzato, presero quello di scimmia.

  492. Daniela Petraglia Says:

    @Drosophila:
    secondo me invece si fa riferimento al precursore della sostanza H. Quindi l’enzima può agire:
    1)sulla sostanza H (che è in effetti il precursore, “la base” per gli antigeni A, B e 0) e allora si ottengono antigeni Le^b;
    2) sul precursore della sostanza H (quel precursore su cui dovrebbe agire la transferasi H per produrre l’effettiva sostanza H, quindi il “precursore del precursore” di A e B) e allora si ottiene un antigene Le^a.
    Se guardi lo schema della figura 4 è abbastanza chiaro: il precursore di H è la struttura con i 3 carboidrati rossi/rosa, la sostanza H invece è formata da questa struttura più il triangolino nero; l’enzima codificato da Le può agire o su uno OPPURE sull’altro.
    Questa è la mia interpretazione, non assicuro niente!

    Ciao ciao!

    • Chiara pircher Says:

      Daniela sono d’accordo con te…pero non ho capito una cosa!perché alla fine mette ALe^b? Non sono due antigeni diversi? Anche perché da quello che ho capito Le è solubile mentre A no!

      • Daniela Petraglia Says:

        Sulla solubilità di A e B non so dirti niente, potrebbe anche essere che l’aggiunta del gruppo fucosile (da parte della fucosil-transferasi codificata da Le) cambi le proprietà della molecola, però non saprei.
        ALe^b è in effetti un antigene diverso da A: se è prodotto il primo, allora la cellula ha almeno un allele Le dominante; se invece è prodotto l’antigene A, allora la cellula è omozigote recessiva le/le e quindi non ha l’enzima fucosil-transferasi.

  493. Drosophila Says:

    @Daniela grazie, ho guardato bene la figura dei quadratini e ho capito, è come dici tu e quandk parla di precursore del precursore si riferisce ai fenotipi in cui manca H…anche se non mi è ancora chiara bene la struttura dell’antigene e delle molecole che lo “sorreggono”… negli appunti ho scritto che la base è una molecola proteica o lipidica, che si ha uno spaziatore carboidrato tra questa e l’antigene…ho un po’ di confusione confrontando ciò che ho scritto con le slide: si può dire che il carrier carboidrato (quello di cui ci sono 4 varianti) sia lo spaziatore oppure per spaziatore il prof intendeva H? e poi, dove parla delle varianti di B (ramificata, non ramificata) cosa si intende secondo voi per antigene I o i? Non c’entra nulla con l’allele, vero?

    • Daniela Petraglia Says:

      Non so cosa avesse detto il prof (ero assente a quella lezione) e a cosa si riferisse con il termine “spaziatore”, per quello che ho capito dalle slides direi che il carrier è la catena di carboidrati (e, come dici giustamente, ne esistono di 4 tipi) a cui è ancorata la struttura trisaccaridica degli antigeni propriamente detti: H in partenza, poi eventualmente A o B a seconda del sierotipo.
      I e i fanno riferimento al tipo di catena carrier 2: questa esiste in forma lineare (indicata come i) nelle cellule fetali/di neonato, è invece ramificata (indicata come I) nelle cellule dell’organismo “maturo” dal punto di vista immunologico. Infatti di solito i sierotipi si indicano non tanto come “A”, “B”, “0”: sarebbe più corretto I^A, I^B I^0, indicando che l’organismo è maturo e quindi produce antigeni A, B o 0 ancorati a carriers maturi ossia ramificati (I e non più i).

      • Daniela Petraglia Says:

        Non garantisco su questa storia di I e i, però, anche perchè mi sembra di capire che la distinzione in ramificato e lineare sia relativa solo alla catena di tipo2 e non a tutte e quattro. Aspettiamo che commenti qualcuno più preparato o per lo meno più sicuro di quello che dice!

      • Daniela Petraglia Says:

        errata corrige: I^A I^B I^0 si riferiscono al genotipo, non al fenotipo, che è indicato semplicemente come A, B, 0, AB.

      • Elisabetta Napoli Says:

        Ok, allora per quanto riguarda la struttura abbiamo capito nello stesso modo ^^ ciò mi rassicura, grazie! Quindi per la storia di I e i, praticamente sarebbero modi per definire la struttura della catena carrier? Cioè I1, I2 I3 e I4 nella vita adulta (ramificate) e i1 i2 i3 e i4 nella vita fetale (non ramificate)?

      • Anto Says:

        Riporto in vita!Nella tabella dei gruppi sanguigni a pag 3 nel genotipo è sempre espresso I e mai i. Questo perchè vale per tutte le catene carrier la differenza vita fetale e vita adulta o vale solo per la 2 che è la più espressa?

    • Drosophila Says:

      ehehe è la mia stessa perplessità!!

      • Anto Says:

        In internet ho trovato questo:

        Esistono due genotipi differenti che realizzano due fenotipi: gli individui “I” possiedono un enzima che ramifica le strutture glucidiche del sistema AB0 sui globuli rossi; gli individui “i” non possiedono l’enzima. La maggior parte degli adulti ha il fenotipo I e possiede anticorpi IgM anti-i.
        Queste IgM non danno né reazione emolitica nel neonato né nelle trasfusioni.

        quindi a quanto sembra è un’ulteriore sistema di gruppi sanguigni e non c’è correlazione diretta ctena carrier 2 o no…ma è una cosa trovata su internet e non so quanto sia affidabile…

      • Daniela Petraglia Says:

        @Anto, fammi capire: questo enzima ramificante agisce quindi su qualunque catena carrier? Nelle slides si parla della 2 solo perchè è il substrato più frequente per la transferasi “H”? Può essere?

      • Anto Says:

        Purtroppo non ti so rispondere in modo adeguato,perchè non ho trovato nessuna spiegazione neppure sui libri.
        Nelle slides si parla solo di catena 2,ma in realtà a quanto ho capito la ramificazione dipende da un altro set di geni che possono essere espressi in modo diverso in momenti diversi della vita: nel feto non è espresso, mentre negli adulti che non hanno genotipo i / i sì.
        Secondo questo ragionamento nelle slides si parla della 2 perchè è il substrato più frequente della trasferasi H.
        Però ti ripeto che sono cose che ho trovato un po’ in internet e non ne sono affatto sicura, anche perchè a questo punto mi chiedo se la differenza di ramificazione possa comportare la presenza di determinanti antigenici diversi…

      • Daniela Petraglia Says:

        OK, grazie lo stesso!

  494. Chiara pircher Says:

    Dubbio! Ma come faccio a capire se c’e compatibilità tra donatore e ricevente nel test di linfocitotossicita??

    • Elisabetta Napoli Says:

      Il test sfrutta la reazione tra vari prodotti allelici MHC e anticorpi specifici. Lo usi per la tipizzazione di un tessuto. Nell’esempio che abbiamo fatto a lezione si avevano delle varianti alleliche diverse per i geni presi in considerazione (es. A1, A2, A11 ecc) e bisognava capire, sfruttando il diverso grado di citotossicità degli anticorpi usati, l’aplotipo MHC. Pochi anticorpi, però, sono diretti solo ed ed esclusivamente contro un solo prodotto di variante allelica, molti di più contro più prodotti di varianti alleliche insieme (es: un anticorpo X ha tossicità nei confronti del prodotto di A1, un anticorpo Y nei confronti di A2 e A11). Avendo di fronte un prospetto che ti indica i valori di citotossicità espressi in percentuale, puoi confrontare i valori per capire quali varianti alleliche esprime il soggetto a cui appartiene il tessuto. es: citotossicità per A1 e A11 -> 10% per A3, A10 e A11 -> 95%, per A10 e A11 -> 5%, per A3 ->80%, per A2 -> 8%, per A2 e A28 -> 90% il soggetto esprime le varianti alleliche A28 e A3, ovvero di quegli alleli per cui, anche in combinazione, sono sempre presenti valori di tossicità alta. Per quanto riguarda la compatibilità tra donatore e ricevente, credo che l’unica regola sia il fatto che si abbia la minore percentuale di differenza tra le varianti alleliche in tutti i geni MHC. Se sono stata confusa e/o ho sbagliato qualcosa non esitate a correggere! ciao!

  495. Elisabetta Napoli Says:

    Domanda di carattere organizzativo: come studiate il capitolo sul network immunitario? Generale o specfico per ogni citochina? (per capirci la tabella “the cytokines of adaptive immunity” a pag 5 di 7, sì o no?) Grazie!

    • Giulia Says:

      io ho studiato il testo, non tutte le tabelle: da quelle ho preso dei dati di modo da avere esempi per ogni questione di cui si parli (strutture, citochine dell’immunità adattativa che hanno un’azione su cellule dell’innata, citochine prodotte dai th1 e dai th2…)

  496. Giulia Says:

    Scusate ragazzi io non riesco a comprendere bene le definizioni di isotipi, allotipi e idiotipi: mi pare di aver capito che le differenze per gli isotipi sono nelle regioni costanti della catena pesante, codificati da geni diversi (ma sono solo tra specie diverse?), gli allotipi dipendono da variazioni alleliche (tra individui o nell’individuo?) mentre gli idiotipi dipendono da differenze nella regione variabile.. fino qui ho capito bene? ma qual’è la realzione tra questa distinzione e quella in classi e sottoclassi? se riuscite fatemi degli esempi! grazie mille!

    • Anto Says:

      * Isotipo –> riguarda la regione costante della catena pesante (principalmente) e per la catena leggera. Da qui le classi e sottoclassi (es. IgM e IgE hanno isotipo differente). Un individuo esprimerà tutte gli isotipi nel siero e un individuo di specie diversa esprimerà isotipi differente codificato da geni differenti.
      *Allotipo –> all’interno di una stessa specie, gli invidui erediteranno differenti alleli per alcuni dei geni che codificano per l’isotipo. Quindi, ad es. tra due IgG1 di individui diversi ci potranno essere differenze in alcuni amminoacidi.
      *Idiotipo –> sono differenze nella sequenza delle regioni variabili VH e VL

      Spero di esserti stata utile!
      CIAO

      • Giulia Says:

        Grazie mille! sei stato molto chiaro! ma quindi se un individuo è eterozigote per quel gene può presentare due allotipi di una determinata Ig?

      • Anto Says:

        Non sono sicurA (ehm…Anto sta per Antonella!), ma direi di no, perchè ho comunque l’esclusione allelica. Quindi un linfocito avrà un solo allele espresso.
        Penso invece che sia possibile che in quell’individuo due linfociti B che secernono IgG1 possano avere differenze alleliche nella catena pesante.
        Però è un’interpretazione mia, vediamo se arrivano conferme dall’alto!

  497. jacopoimmunology Says:

    Ciao a tutti! scusate ma in un trapianto allogenico, l’incompatibilità di un solo fattole HLA-B cosa comporta? Il donatore viene scartato oppure si prosegue con il trapianto? grazie mille!!

    • Drosophila Says:

      io credo che si possa continuare col trapianto. D’altra parte la regola è “MHC il più compatibili possibile”… effettivamente non trovo molto senso nel decreetare la fattibilità del trapianto considerando poi solo due geni MHC su 6 (se ti riferisci a quell’esercizio) e soprattutto senza avere un altro aplotipo donatore tra cui scegliere…cioè, se il mismatch è solo uno in linea generale continuerei anche se non trovo da nessuna parte una regola ferrea che determini questo tipo di cosa!

    • Anto Says:

      Secondo me nella realtà si fa un pro e contro per il paziente. Considerando il polimorfismo dei geni HLA dubito che si possa pensare: trapianto solo se ho compatibilità 6 su 6. Probabilmente per un solo fattore il trapianto si fa e si usa una terapia immunosoppressiva più pesante.

  498. Stefania Says:

    Ciao a tutti!! Ho un dubbio sull’antagonismo tra citochine. Nel paragrafo “The structural basis for cytokine redundancy” della lecture “The immune network” si afferma che l’arrangiamento eterodimerico dei recettori fornisce una base strutturale x le proprietà di ridondanza e antagonismo delle citochine. Per la ridondanza ok, nel senso che se la subunità responsabile del pathway di segnalazione si associa con subunità aventi specificità di legame diverse avremo che più citochine innescano lo stesso pathway. Per l’antagonismo invece la questione non mi è chiara. Qualche suggerimento??

    • Daniela Petraglia Says:

      Non potrebbe essere che il recettore di una citochina x (antagonista di una y) invii un segnale “parallelo” che vada ad inibire il recettore di y? La subunità di trasduzione del segnale di x sarebbe quindi in contatto sia con la sua subunità di legame, che con quella di y e farebbe da ponte tra una via e l’altra. è una mia personale interpretazione, non assicuro niente!

  499. Anto Says:

    Ciao a tutti! Ho un dubbio sui meccanismi utilizzati dall’HIV per sfuggire la risp anticorpale. Perchè il fatto che p120 sia altamente glicosilata è importante?E’ sempre perchè può schermare altri epitopi o perchè non essendo la parte proteica esposta le Ig si legano a epitopi non proteici non riuscendo così ad attivare la funzione helper e quindi una risposta anticorpale forte?

  500. Giulia Says:

    ho un dubbio: in quale momento e con quale meccanismo nel corso dello sviluppo dei linfociti T si passa dal “doppio positivo” (con espressione di CD4 e CD8) al linfocita Tc o Th?

    • Anto Says:

      Ciao!
      Io l’ho trovato sul libro.
      Le double positive superata la doppia selezione (restrizione MHC e Self-tolerance) si trovano nella midolla sel timo e lì, nonè ancora chiarito come, si ha la scelta definitiva CD4+ o CD8+ e in questo modo diventano Single Positive.
      Per come avviene ci sono due teoria (almeno all’epoca dell’edizione del libro, il Kuby, non so se ci sono studi più recenti):
      * in modo random
      * a seconda del tipo di MHC che incontrano durante la selezione, quindi, ad es, se incontrano la MHC I diventano CD8+

      • Giulia Says:

        grazie! il mio dubbio nasceva proprio dal fatto che nella seconda selezione per la self tolerance si parlasse ancora di stadio double positive ma l’incontro e la selezione in base alle MHC fosse precedente però in effetti non c’è motivo per cui anche all’interno della midollare non incontrino mhc che a seconda della classe le selezionino!

      • Anto Says:

        Anche dopo la selezione mhc sono allo stadio di double positive. Dopo entrambe le selezioni, nella midolla timica, le sopravvissute diventano single positive, ma non so se incontrano nuovamente mhc, sul libro questo non è scritto.
        Potrebbe essere che durante la restrizione mhc viene “presa la decisione” poi messa in atto solo se sopravvivono anche alla self tolerance. :-)

  501. Tommaso M. Says:

    Ciao ragazzi!
    Io ho tre domande. Ve le posto qui, sperando che qualcuno mi sappia rispondere:

    1) Domanda sulla struttura delle Immunglobuline:
    Nel paragrafo “Overall Relationships bw Domains in an Intact Monoclonal Antibody” si afferma che “local dyads relationships are present within or between individual segments”.
    Io non ho ben chiaro cosa sia una dyad relationship, e una ricerca sull’edizione Inglese del Lehningher non ha prodotto chiarificazione. Ho pensato che fosse una interazione tra strutture secondarie che porta alla formazione di superstrutture secondarie(come quella che si verifica tra le alfa eliche della proteina collagene) però va detto che sono più frequenti in proteine strutturali(tipo collagene, appunto), e comunque il Lehningher in Inglese usa il termine “supersecondary structures”, non dyads relationships.

    2) Nella lezione sui loci genici delle proteine del sistema immunitario(la XI), parlando del locus Vk, si dice che “The transcriptional orientation differ among different groups of genes”.
    La domanda che mi è venuta è “what is transcriptional orientation?”.
    La traduzione letterale suggerisce che sia la direzione seguita dalla RNApol II durante la trascrizione, ma è qui, direbbe il Bardo, che c’è l’intoppo.
    Perchè la RNA polimerasi(come la sua controparte per il DNA) segue sempre una direzione di lettura 3′-5′, e assembla sempre in direzione opposta.

  502. MarcoMeazza Says:

    Ciao a tutti, avrei anche io una domanda. If we talk about “primary repertoire” of antibodies, we can consider:

    • Multiple germ-line gene segments;
    • Combinational VDJ joining;

    The estimate is a primary repertoire of 10^6 possible antibodies.

    If we take into account the following:

    • Junctional flexibility;
    • P-region nucleotide addition;
    • N-region nucleotide addition;
    • Combinational association of light and heavy chains.

    possible antibodies become 10^9.

    Furtherly, if we consider affinity maturation/somatic hypermutation, the estimate could rise to 10^11.

    Is it right?

    Grazie ragazzi!

    • Daniela Petraglia Says:

      You should consider “combinational association of light and heavy chains” as a factor leading to the 10^6 repertoire size, not to the 10^9 one:
      there could be 5382 different H chains (no.VH x no.DH x no.JH)
      and 290 L chains [(no.Vk x no.Jk)+(no.Vl x no.Jl)],
      so the number of possible H-L combinations is 5382×290=1.56×10^6.

  503. Paola Says:

    ciao a tutti, ho un paio di dubbi,
    1- emoagglutinazione passiva: ho scritto negli appunti ma credo nn sia giusto, che Coombs ha tentato di ottenere reazioni di agglutinazione anche nei processi mediati da anticorpi antiRh assorbendo il fattore Rh prima su globuli rossi e poi su polimeri di sintesi…ma il fattore Rh non è già una proteina di membrana??
    2-solito problema dei trapianti… una volta determinato il genotipo col test di citotossicità, su quale base dico se il trapianto sarà accettato??
    devono avere gli stessi antigeni mhc?? le stesse percentuali di citotossicità?? grazie mille

    • Daniela Petraglia Says:

      Io avevo capito che Coombs ha ideato i due test per verificare se la madre di un feto Rh+ è Rh- (e la reazione è un’agglutinazione ottenuta grazie al reagente di Coombs).
      Un’evoluzione di questa tecnica di laboratorio e delle pratiche di agglutinazione in generale (ma non credo sia stata ideata da Coombs) è invece l’agglutinazione passiva, che impiega polimeri di sintesi come superficie a cui possano aderire molecole solubili: in questo modo quando si aggiungono gli Ab specifici, questi legano gli Ag sui polimeri, i quali agglutinano formando aggregati visibili; se tu non avessi queste superfici artificiali, non noteresti che è avvenuto il legame Ab-Ag perchè stai analizzando molecole non aderenti a una cellula (in parole povere: è come se tu fornissi una “finta cellula” che renda possibile l’agglutinazione).

  504. blood91 Says:

    Ciao a tutti!
    volevo dei chiarimenti riguardo alla questione del BCG(in particolare riguardo al sequenziamento del Sanger Centre del 1998).
    Grazie mille!!

    • Drosophila Says:

      il problema di BCG è che non in tutti i Paesi ha lo stesso effetto sulla popolazione: in alcune regioni- che spesso sono anche a basso standard economico sociale dove le condizioni di vita difficoltose di certo non favoriscono il debellamento di certe patologie- benchè ci si vaccini si contrae lo stesso la malattia. Ciò avviene perchè i ceppi di vaccino in giro per il mondo differiscono da quello originale sviluppato al centro Pasteur, e questa cosa è emersa chiaramente dopo il sequenziamento del Sanger centre: alcuni ceppi mancano delle porzioni di genoma che danno resistenza a particolari determinanti antigeniche del micobatterio. Queste differenze sono date dalle condizioni di coltura ma soprattutto dalle mutazioni random che sono emerse spontaneamente nelle colture secondarie. Si sta cercando di produrre un BCG “riveduto e corretto” che sovraesprima certe determinanti antigeniche risultando in tal modo più protettivo

  505. Paola Says:

    @marco,
    io avevo capito che se prendi in considerazione la flessibilità giunzionale, e l’ aggiunta di nucl N o P,l’ampiezza del repetorio potrebbe salire da 10^6 a valori superiori a 10^9, ma questo non accade perchè devi tenere come limite il numero di cellule B a disposizione, quindi 10^9 è l’ampiezza massima.
    con Il fenomeno dell’ipermutazione somatica si ottiene invece un aumento dell’affinità di tali anticorpi da valori micromolari 10^-6 ( valore ottenuto per correlazione con il numero di cell B=10^7 ) a valori nanomolari 10^-9( valore che, senza ipermutazione, tu potresti ottenere solo con dei repertori enormi di cellule; 10^10).
    io ho scritto così…aspetto conferma da qualcuno però perchè non ne sono troppo sicura:)

    • Tommaso M. Says:

      @Paola & Marco:
      Sono d’accordo con Paola, il suo ragionamento non fa una piega :D
      Tra l’altro Marco a me pare di aver capito che l’addizione di nucleotidi P e N comporti la junctional flexibility(o variability), per cui non vanno elencati come fattori separati.
      Inoltre bisogna anche prendere in considerazione delezioni e/o inserzioni nelle regioni codificanti, che avvengono durante la fase di trimming della reazione VDJ ricombinasica,

      Tra l’altro scusate ma io ho un problema, sempre sulla ricombinazione.
      Nelle lezioni si dice che le sequenze segnale per la VDJ ricombinasi sono costituite da una sequenza eptamerica palindromica, seguita da uno spaziatore di 12 o 23 nt, e da un nonamero non palindromico.
      Il problema è che a me non sembra che gli eptameri siano palindrome.
      Posto uno degli esempi presenti sulle slides:

      5′ V-CACAGTG-23nt-ACAAAAACC 3′
      3′ V-GTGTCAC-23nt-TGTTTTTGG 5′

      Ovviamente parliamo della prima parte della sequenza.
      Una palindroma di DNA è una sequenza che su uno strand si legge da sinistra a destra, su quello opposto da dx a sx nello stesso modo, ad esempio:

      AATT
      TTAA

      Tra l’altro tutte le palindrome che ho trovato cercando sui libri o in rete sono sequenze formate da un numero di nt pari, mai dispari: l’unica cosa che stona nella sequenza delle RSSs è il nucleotide centrale(nel caso sopra la coppia A=T), altrimenti sarebbe una palindroma.

      Qualcuno mi chiarisce il dubbio? >.>

      • MarcoMeazza Says:

        Grazie Paola e Tommaso! se riesco a capire ti dico qualcosa Tommaso!

      • Giulia Says:

        Tommaso anche io mi ero posta la stessa domanda e l’unica osservazione che sono riuscita a fare è che i due eptameri sono palindromi l’uno rispetto all’altro (guarda quelli dell’exam paper 3).. comunque sono d’accordo anche io su quanto dice Paola rispetto al repertotio primario! Invece per repertorio secondario cosa si intende? quello derivato dai processi di ipermutazione somatica?

  506. Paola Says:

    @grazie daniela:) avevo scritto male…:)

  507. Stefania Says:

    ciao a tutti!!
    Ho un dubbio sulla parte del ruolo della flora intestinale nello sviluppo del sistema immunitario (paragrafo “Friends, foes and immunity”). Il testo recita “these experiments offered a detailed analysis of the kinetic and specificity of the immunity induced by symbiotic bacteria as animals develop a specific anti-IgA response that persists in germ-free animals but is abrogated in animals colonised with an altered Schadler flora”. Per quale motivo i topi germ-free dovrebbero sviluppare una risposta ANTI-IgA??

  508. Tommaso M. Says:

    Stefania, ho chiesto al Prof. dopo un seminario la stessa cosa.
    Lui ha risposto che si e espresso male, che la risposta e mediata da Immunoglobuline A, presenti sopratutto nelle mucose, ed e diretta contro antigeni batterici.

    Scusate le e senza accenti, la tastiera e impazzita XD.

  509. Giulia Says:

    Ho un dubbio: nel capitolo sualla VDJ ricombinasi si dice che il segmento tagliato viene invertito e reinserito sul cromosoma nel caso l’orientamento trascrizionale dei segmenti di geni sia lo stesso, mentre se è un segmento invertito questo viene eliminato.
    Nell’esperimento di Baltimore (se ho capito bene dagli appunti in quanto sulle slides non è spiegato nel dettaglio) l’azione della VDJ permette l’espressione del gene gpt per la resistenza all’antibiotico altrimenti inesprimibile avendo orientamento trascrizionale opposto al promoter: così sembra che la VDJ ricomb tagli questo segmento, lo inverta e lo reinserisca.. non dovrebbe invece essere eliminato avendo orientamento trascrizionale opposto?

    • Drosophila Says:

      ti trascrivo il Janeway: “nella maggior parte dei casi i segmenti che vanno incontro ariarrangiamento sono orientati con lo stesso orientamento trascrizionale e la sovrapposizione delle RSS porta alla formazione di un’ansa contenente il DNA compreso tra le due… il DNA viene rilasciato sottoforma di struttura circola chiusa. In altri casi, i segmenti V e J hanno inizialmente sequenze trascrizionali orientate in direzione opposta. Per avvicinare le RSS occorre che il DNA assuma una struttura ad ansa più complessa. La riunione delle terminazioni delle sequenze eptameriche comporta inversione e integrazione della sequenza interposta di DNA in una posizione nuova.

      credo che per orientamento sulle slide non si intenda la direzione trascrizionale ma solo la disposizione di nonamero-spacer-eptamero..non sono del tutto sicura ma sul Janeway la figura è abbastanza chiara…infatti sulle slide dice sono “opposite orientation” mentre nell’esperimento di Baltimore si parla, o almeno io ho scritto negli appunti, di direzione trascrizionale..

    • Anto Says:

      io sul Kuby ho capito che è importante l’orientam trascrizionale.
      Se è lo stesso la parte tra le due sequenze codificanti è tagliata, se è opposto è capovolta e tenuta.
      Avevo scritto così anche sugli appunti.
      Spero si veda il link, c’è l’immagine del Kuby

      https://docs.google.com/viewer?a=v&q=cache:j95Kb1ZJv50J:faculty.irsc.edu/faculty/jcapers/Immunology/Powerpoints/Immunology%2520-%2520Chapter%25205.ppt+vj+recombinase+kuby&hl=it&gl=it&pid=bl&srcid=ADGEESjKV4ZO7jdlKoYVemTN5jpZYcpajzTdjs373ASB8CoOXWyAIRfK_KkkSSRLqpC_Dcz1BIIrYGtiXztaEyu-aIZHjZSYfVOO7HWkceMvlFLbCtxmZXJJzicOQJJNdQ-OySyjtgL9&sig=AHIEtbQV-nl4BaN-ok2G-CucgYV_DxUGSA

      • Anto Says:

        è alla 16ma slide

      • Giulia Says:

        @ Anto
        sulle slides del prof dice l’opposto: stesso orientamento inversione e reinserimento, orientamento opposto eliminazione…o forse sto iniziando a confondermi? (e l’impressione di confusione è alta)

      • Marco Says:

        Deletional joining: occurs when the two recognition sequences are in opposite direction and the two coding segments to join have the same reading direction.
        Inversional joining: occurs when the two recognition sequences are in the same direction and the two coding segments to join have different reading direction.
        Io ho capito cosi’!

      • Tommaso M. Says:

        Anche sull’Abbas dice il contrario del Kuby.

      • Anto Says:

        L’ho notato anch’io che è diverso, ma ho trovato questa spiegaz del prof (12 aprile 2009):

        if the transcriptional orientation of the gene segments to be recombined is the same, the intervening sequence is deleted; if the transcriptional orientation is opposite, the intervening sequence, after cutting, is inverted and there is no sequence loss on the chromosome.

        One additional point. The VDJ substrate recognition sequences are not always following exactly the last coding nucleotide of the V segment or preceding exactly the first coding nucleotide of the J segment. In a number gene segments there are several intervening nucleotides and VDJ-dependent trimming of the sequence at the junction is necessary in order to constitute a functional reading frame that spans V and J (or V, D and J in the case of the H chain).

    • Tommaso M. Says:

      Allora, sulla VDJ recombinasi:
      L’orientamento trascrizionale(ma io direi più l’ordine in cui sono disposte le sequenze delle RSSs) determina il destino delle due sequenze segnale stesse:
      Peendiamo una ricombinazione VkJk
      Se l’orientamento è del tipo head to head(o opposto), che per me significa
      5′ V-7-12nt-9—–9-23nt7-J 3′
      Le due RSSs danno DNA circolare o lineare che viene escisso dal cromosoma.
      Se invece l’orientamento è head to tail, e cioè
      5′ V-7-12nt-9—–J-7-23nt-9
      La seconda RSSs viene invertita e si forma una sequenza di DNA lineare(9-12nt-7-7-23nt-9) che rimane nel cromosoma, spostata rispetto alla sequenza VJ.

      La tabella presente nella lecture è un po fuorviante, perchè la disposizione J-7-23nt-9 non è prevista, per cui io mi son trovato un po’ spiazzato.

      Spero di essere stato utile.

    • Drosophila Says:

      la confusione è su orientamento e direzione trascrizionale! Quello che dice tommaso si riferisce all’orientamento, ed è corretto; ciò che è scritto sul Kuby o sul Janeway si riferisce alla direzione trascrizionale ed è altrettanto corretto, è solo un paciugo lessicale ;)

  510. alessandra Says:

    Ciao a tutti!
    Io sono molto confusa riguardo al meccanismo di ipermutazione somatica, in particolare
    1 dopo la formazione del sito abasico grazie alla glicosilasi i meccanismi di transizione e transversione da quali enzimi sono portati avanti e come?
    2 la “così chiamata fase2″ A-T in cosa consiste e come è collegata con la prima fase?

  511. Tommaso M. Says:

    Ciao Alessandra, provo a risponderti, avendone ragionato con uno di noi oggi, ma anche io ho un po’ di confusione in testa.
    Questa tabella(http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/lectures/files/somatic_hypermutation.html) deve essere a mio parere il nostro punto di riferimento, inoltre dobbiamo ricordare che:
    1) La transizione è una mutazione in cui si ha una sostituzione purina-purina(A->G) o una pirimidina-pirimidina(C->T)

    Dopo la formazione del sito abasico tu ti ritrovi in una situazione del genere:

    AATTGCG
    TTAAOGC

    Dove O è uno spazio vuoto.

    A questo punto possono succedere tre cose:
    1) La cellula non si accorge dell’errore e si replica utilizzando come stampo il filamento abasico.
    La polimerasi dei linfociti B inserisce un nucleotide casuale al posto di O, per cui tu avrai 4 possibilità, una delle quali equivale a una non mutazione. Ovviamente parlo dell’inserimento di una C.

    2a) La cellula si accorge della mancanza e ripara il DNA per intervento della attività di proofreading di svariati enzimi
    Rev1 ad esempio inserisce delle dCMP a partire da dCTP, e può o metterla nel punto abasico(niente mutazione) oppure metterla al posto della guanina(quindi si ha lo scambio della coppia tra i due segmenti), o almeno è quello che capisco da questo sito(http://www.uniprot.org/uniprot/Q9UBZ9#section_comments)

    2b) L’intervento di altri enzimi(polimerasi dotate di proofreading) determina prima l’inserimento di una A o una T al posto della C, e poi la sostituzione della G con la base corrispondente(T o A).
    Questo accade perchè a quanto pare le polimerasi dei linfociti B sono “propense all’errore”, ossia meno efficaci di quelle di altri tessuti.

    3) Si tenta la riparazione per escissione di basi, che può sfruttare una patch breve(1 nt) o una lunga(più nt) e anche qui si possono verificare errori con sostituzioni nucleotidiche di tutti i tipi, addirittura con inclusione di patches che hanno delle Uracili dentro, il che porta a mutazioni nelle coppie A-T.
    Gli enzimi coinvolti li trovi in figura sulle slide, ma tieni conto che quella figura descrive il processo “fisiologico”(secondo me) non quello che avviene nei geni V dei linfociti B.

    Tra l’altro l’Abbas dice che tutte queste meccaniche possono riguardare anche mutazioni “casuali” dei geni V(non indotte da AID), dato che una volta che viene fatto un danno al DNA(succede a ogni replicazione) i meccanismi di riparazione sono gli stessi che per le mutazioni indotte.

    Spero di non essere stato confusionario.

  512. alessandra Says:

    Grazie mille Tommaso per la tua disponibilità! Sei stato di grande aiuto

  513. Paola Says:

    ragazzi, ho trovato questa cosa su come valutare compatibilità o meno dopo test di citotossicità… dite che è affidabile??
    ” per non avere rigetto è necessario che gli alleli HLA HLB e HLC del donatore e ricevente siano uguali,se solo due dei tre sono uguali il trap è inizialmente accettato ma bisogna intervenire con terapia immunosoppress affinchè nn vi sia rigetto in seguito… se poi anche DR e DQ sono identici allora viene accettato permanentemente..”

    • Drosophila Says:

      ciò che mi chiedo io è: come si fa a decretare se un trap è fattibile o meno avendo a disposizione i risultati di comparibilità dei soli geni HLAA e B? si può fare unicamente un discorso che, a priori, ammette la perfetta compatibilità degli altri….oppure bisogna ammettere, sempre aprioristicamente che gli altri non siano compatibili…cioè, capite? non ha molto senso….

    • elizdra Says:

      Se quello che ha detto paola vale come assioma, allora si può dire che se ho un solo mistmach il trapianto va bene ma con farmaci immunosoppressori e se ne ho 2 non va bene?

  514. Chiara Says:

    Help!!Io ho scritto sugli appunti che un individuo eterozigote per i geni a b e c ha 6 MHC…ma quindi ciascun gene a b e c produce un mhc diversa?? Non ci capisco più niente!

    • Giulia Says:

      HLA A, B e C codificano per la catena alfa delle MHc di classe I ( la catena beta è invariante), quindi se tu hai un individuo eterozigote per tutti e tre gli alleli si producono sei catene alfa differenti e quindi 6 MHC I!

  515. Giulia Says:

    salve ragazzi ho trovato un’incongruenza: nel capitolo sui meccanismi dell’immunità innata si dice che Apobec catalizza la conversione di C in U nel DNA, nel capitolo sull’ipermutazione somatica però si dice che AID, ha un meccanismo simile all’Apobec ma agisce sul DNA e non sull’RNA come invece fa APOBEC nell’intestino.
    Quindi Apobec che agisce sull’ apolipoproteina B nell’intestino è differente da Apobec che invece agisce come enzima dell’immunità innata mediata da dna?

    • Anto Says:

      A quanto ho capito APOBEC è una famiglia di deaminasi. Quella che “lavora” nell’intestino sull’mRNA del gene che codifica per ApoB100 è APOBEC-1. Quella che “lavora” nell’immunità innata agisce su DNA non self, ma non è APOBEC-1.

    • Tommaso M. Says:

      Dato che si parla di enzimi:
      Giulia, ti ricordi che avevamo avuto il dubbio(tecnicamente ieri) sulla funzione di APEX?
      Una rapida ricerca su PDB ha dato il risultato che trovi al link:

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/79116

      Come noti c’è scritto che si tratta sia di una proteina in grado di dare Base Excision Repair, che di rimuovere nuclesidi su siti abasici e di attuare un “single nucleotide replacement pathway”, che di rimuovere nucleosidi per generare nicks nel DNA.

  516. Paola Says:

    @drosophila, è ciò che non capisco nemmeno io… sulle slide nn viene spiegato su quale base si decreta se è accettato o no, si parla solo di tipizzazione e confronto…e anche sugli appunti non ho scritto molto!
    ad esempio, l’esercizio sulla terza prova d’esame, come l’avete risolto?? rigettato o no??

  517. francescobassa Says:

    Ciao ho un dubbio se è già stato chiarito prima semplicemente trascrivetelo senza picchiarmi ma è davvero troppa roba da leggere per una persona sola :p Dunque il dubbio è: mi viene trapiantato un rene e si suppone che le mhc siano compatibili. Nel caso in cui le Mhc non siano compatibili al 100% come fa il mio sistema immunitario a riconoscerle e attaccare le celluline del mio rene trapiantato? Seconda domanda: nell’esercizio sul test di linfotossicità se il donatore ha MHC A 28- A 14 B27-B45 e il ricevente ha MHC A28- A 14 e B27-B44 quale sarà il risultato? rigetto? accettato ma con una breve durata? Qual’è il limite massimo di mismatches per far sì che ci sia un esito positivo del trapianto? Siate clementi.

    • Anto Says:

      Te la spiego come l’ho capita io, spero di non dire una scemenza.

      Nelle tue cellule un certo numero di proteine vengono fisiologicamente distrutte e il proteasoma le spezzetta. Parte di questi frammenti sono esposti sulla superficie cellulare legati a MHC I. Geni MHC diversi causano una diversa affinità per i vari pezzetti, di conseguenze i pezzetti esposti dalle mie cellule sono diversi da quelli esposti dalle tue anche se le proteine sono le stesse e il proteasoma lavora allo stesso modo.
      I tuoi linfociti T CD8+ sono quelli in grado di riconoscere Ag non self esposti da MHC self, quindi riconoscono il pezzetto di proteina esposto dalla mia cellula come non self. La presenza dell’Ag maschera il fatto che i miei MHC e i tuoi sono diversi.
      Risultato: i tuoi linfociti T CD8+ attaccano le cellule del mio rene.

      Per quanto riguarda il test di linfotossicità non so risponderti, mi spiace!E’ un dubbio anche mio!
      Anche perchè credo che un trapianto abbia sempre, a meno di trapianto tra gemelli identici, un risultato infausto sul lungo periodo anche con terapia immunosoppressiva (vedi il grafico http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/lectures/files/transplantation.html ).

      Spero di esserti stata utile!

      • Drosophila Says:

        @Anto ma se ammettiamo, come in effetti è, che le proteine presentate da MHC non self mascherino le differenze tra gli MHC di due individui, come la mettiamo con l’esperimento di restrizione MHC? In quel caso dovrebbe esserci un riconoscimento anche delle cellule con MHC non self, mentre dice chiaramente che questo non avviene… quindi o l’esperimento è una bufala oppure c’è qualche tassello che mi manca!c’è forse una differenza tra antigeni di patogeni e normali antigeni tissutali che mi sfugge?

  518. Paola Says:

    @drosophila,
    avevo fatto questa domanda al prof, e mi era stato risposto che l risultato dell’esperimento di Zinkernagel era dato dal fatto che erano stati usati mhc molto diversi anche al di fuori del sito di legame per l’antigene e per questo non erano riconosciuti da tcr.
    nel caso del rigetto invece, gli Mhc sono abbatanza simili a livello di cdr1 e cdr2 da essere riconosciuti come self.

    • Anto Says:

      Ti posto la risp del prof che c’è un post indietro (24/03/2010).

      In the experiment of Doherty and Zinkernagel it is clear that T cells selected in a thymus composed of cells expressing the H-2b haplotype are unable to interact with cells expressing antigen through MHC proteins encoded by the H-2a haplotype. The experiment has been carried out with inbred strains (A and B10), it can be repeated endless times, the results are always the same and the conclusion is obligatory: namely MHC restriction.

      In the outbred human population, it is clear though that a subset of TCRs are able to engage foreign MHC class I molecules after an allograft and the crystal structures discussed in the lecture reveal how this may happen.

      Imagine that both recipient and donor are heterozygous for the MHC class I genes A, B and C. In both subjects, therefore the products of six alleles are expressed. If the products of one pair of alleles (one in recipient and one in the donor) are sufficiently in the areas of the MHC protein recognised by the CDR1 and CDR2 loops of the TCR, this is sufficient in order to activate a robust T cell cytotoxic response.

      Clearly this is not the case in the experiment of Doherty and Zinkernagel where the alleles encoded by H-2a and H-2b are different enough but it happens in the vast majority of cases of allografts in an outbred population. Please also bear in mind that the A and B10 strains are inbred and hence homozygous whereas the majority of individuals in an outbred populations are heterozygous and this increases the chances of a promiscuous engagement of foreign MHC).

      • Drosophila Says:

        ok, grazie mille! avevo trovato anche una parte sul Janeways che dà ulteriori spiegazioni per suffragare la tesi!! :)

  519. Anto Says:

    Scusate non sono sicura della mia risoluzione di un esercizio.

    Indica l’esito della trasfusione di sangue da un soggetto A Rh+ ad un soggetto AB Rh-.
    Le possibilità sono:
    a. Successo
    b.Emolisi
    c.Altro

    Io ho letto questo post del prof (25 aprile 2009, nel post di Koch):

    There are no anti-D natural antibodies of the kind that cause immediate aglglutination and haemolysis of red blood cells due to ABO incompatibility.
    If D+ cells are transfused into a D- subject, therefore, antibodies need first to be produced and the IgM initially produced may cause complement-dependent haemolysis. The majority of the anti-D antibodies, however, undergo a rapid isotype switch. Depending on the subclass. the resulting IgG may cause a certain degree of complement-dependent red blood cell lysis (IgG3 antibodies for example are good at complement fixation) but the main mechanism leading to the destruction of red blood cells by anti-D antibodies is their phagocytosis and degradation by spleen macrophages.
    Please note that, as a consequence, the extent of intravascular haemolysis is generally limited in the case of Rh incompatibility whereas it is substantial in the case of ABO incompatibility.

    Quindi anche se causa in parte emolisi, la risposta sarebbe la c? Oppure b e c, nel senso che c’è emolisi, anche se non massiva, ma non solo quella?

    • elizdra Says:

      Secondo me anche se l’uccisione dei globuli rossi è per fagocitosi e non per complemento comunque vengono uccisi no? Quindi penso che il risultato finale si possa comunque chiamare emolisi; anche perchè la HDN sta per HAEMOLITIC disease, e è causata in risposta all’antigene D no?

      • Tommaso M. Says:

        Secondo me la trasfusione provoca emolisi delle cellule trasfuse(perchè il ricevente produce anticorpi anti-IgG verso l’Ag Rh. Ciò è sufficente a causare una reazione trasfusionale non gravissima(come mi pare sia scritto sulle slides) comunque la trasfusione fallisce bellamente.

        Tra l’altro se a qualcun altro venissero dubbi sulle compatibilità qui c’è una bella tabella.

        http://www.nobelprize.org/educational/medicine/landsteiner/readmore.html

      • Anto Says:

        grazie delle risposte.
        La mia domanda era però proprio sull’esercizio:
        * non c’è compatibilità Rh
        * c’è un rapido switch di isotipo da IgM a IgG
        * solo una parte delle sottoclassi IgG sono efficienti nell’attivare il complemento (IgG3)
        * non c’è emolisi massiva ed il meccanismo di distruzione dei globuli rossi con gli Ab legati è la degradazione e la fagocitosi nella milza
        Quindi mi chiedevo se la risposta corretta all’esercizio fosse “altro” e non “emolisi”.

      • Tommaso M. Says:

        Ciao Antonella, effettivamente mi sono reso conto di aver sbagliato(non c’è emolisi) quindi secondo me si deve mettere altro. Se poi è previsto, si deve specificare se cosa si intende, ossia che c’è uptake da parte dei macrofagi e degradazione.

  520. Tommaso Says:

    Ragazzi, una cosa sui vaccini.
    Ho appena finito di rivedere la lezione, e stavo riflettendo che il grafico sulla mortalita da epatite b negli USA potrebbe andar d’accordo con le tesi di Mckeown, dato che, se ci fate caso, la mortalita raggiunge un picco nel 1981(mi pare), poi comincia un trend negativo che e’ gia’ presente nel momento in cui comincia la somministrazione dei vaccini. Che ne dite?

  521. Pharma122 Says:

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    It is about CRISPR/cas system in S. Thermophilus. We know that cas is the complex which, provided of strands taken from pre-crRna, is able to degrade foreign DNA. What I don’t understand is:
    1- How and which enzyme (Cas!?) provides to recognize and extract the segment from the foreign DNA, FOR THE FIRST TIME?Or is it a different exonuclease?
    2-How is it possible to this exonuclease to recognize foreign and not itself DNA? Does it use an “own strand” as a sign of recognition?
    3- Is the selection of the segment random?

  533. Carmelo Zinnato Says:

    ciao renato

    per quanto riguarda il riconoscimento di dna estraneo per la prima volta, la figura bacterial immunity II mostra come sia proprio cas a degradare dna estraneo ( anche se nn si sa come faccia a distinguere il dna esogeno da quello endogeno). poi questi frammenti vengono inseriti nel locus CRISP. spero di essere stato d’aiuto….

  534. Carmelo Zinnato Says:

    ciao a tutti!

    studiando la ricombinazione VDJ mi sono venuti 2 dubbi.

    1) come fa la ricombinasi a scegliere quale segmento (sia questo V D o J) deve inserire nel nuovo gene fra i tanti presenti ? è un processo random?

    2)l’altro dubbio riguarda l’esperimento di Baltimore, con il quale vengono isolati i geni RAG. Questi geni se inseriti in un fibroblasto possono dare origine ad attività ricombinasica ( dimostrata attraverso l’acquisizione di una specifica resistenza all’acido micofenolico). dunque Baltimore dimostra come il frammento da lui inserito ha una potenzialmente attività ricombinasica (o meglio ancora la capacità di indurla); infatti questo viene chiamato frammento TRX-1.
    ma da dove arriva questo frammento?

  535. Renato Says:

    ciao carmelo. Scusa ma non so ancora darti una risposta a quello che hai chiesto. Per quanto riguarda la discrminazione tra DNA endogeno ed esogeno penso che potrebbero essere coinvolti processi di marcatura che permettono al complesso di rientrare nel nucleoplasma solo dopo aver caricato porzioni del DNA virale, e di uscirne secondo meccanismi analoghi….rimane un’ipotesi però!grazie comunque!

  536. Carmelo Zinnato Says:

    al max prova a chiedere a gherardi, io ti ho risposto in quel modo xkè mi ricordo che lui aveva detto così!
    spero veda la mia domanda, se no glielo chiederò a lezione…

  537. bb Says:

    Carmelo: per la tua prima domanda credo che sia un processo random, anche se nelle prime fasi dell’ontogenesi tendono a prevalere le combinazioni di DJ con i frammenti V più vicini. Per la seconda domanda, non ho capito esattamente che cosa chiedi. Anch’io ho un dubbio su quello, nel senso che i geni RAG attivano l’enzima ricombinasi, ma non lo codificano, giusto? Se è così, sono noti i geni che codificano per l’enzima ricombinasi? E’ la stessa domanda che avevi fatto tu?

  538. Carmelo Zinnato Says:

    non proprio. l’enzima ricombinasi di per sè nn esiste, o meglio chiamiamo ricombinasi quel complesso multienzimatico che è responsabile della ricombinazione VDJ e che è attivato come dici tu dai geni rag ( dalla proteina prodotta da questi geni). nel complesso ricombinasico ci sono diversi enzimi come dna pol, dna ligasi ecc. dunque, detto in altri termini, è l’espressione tessuto specifica di rag ad indurre attività ricombinasica come dimostrato da baltimore, che inserisce una copia del gene rag nel fibroblasto e ottiene ricombinazione come nei linfociti. la mia domanda è… baltimore inserisce una copia di rag (chiamato da lui nell’esperimento frammento TRX-1) nel fibroblasto per dimostrarne la funzione, ma lui da dove prende questo frammento? Lui inserisce nel fibroblasto un frammento di dna , un gene con attività potenzialmente ricombinasica, ma nn penso che abbia scelto una sequenza di nucleotidi a caso…. spero di essere riuscito a spiegarmi meglio =)

    cmq questa era una mia curiosità riguardo quest’esperimento che mi era poco chiaro, ma non penso che una domanda d’esame possa essere così specifica (almeno spero) =)

    grazie per l’aiuto!

  539. bb Says:

    Grazie per la spiegazione! In pratica l’enzima ricombinasi non esiste in sè, ma si tratta di un’attività specifica di enzimi già esistenti e quest’attività viene indotta da RAG, giusto?
    Per il tuo dubbio, prova qui: http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/lectures/files/references/schatz_1989.pdf, penso che il paragrafo The genomic walk to RAG1 sia quello che cerchi.

  540. Arien Says:

    Ciao a tutti!
    Io non ho capito una cosa, e cioè come fanno gli anticorpi anti-A/anti-B ad essere anticorpi naturali, già presenti nel siero. Il prof ha detto che gli antigeni A/B sono espressi da batteri della flora intestinale…. e quindi? I linfociti li riconoscono come antigeni non-self e per questo quando li incontrano successivamente danno via alla risposta imunitaria? Ma se è così perchè i linfociti non attaccano normalmente i batteri della flora? Spero che qualcuno possa spiegarmelo, anche perchè sulla dispensa non l’ho trovato scritto!

  541. bb Says:

    Gli anticorpi anti A e anti B vengono prodotti normalmente, come tutti gli altri anticorpi, nella forma di BCR durante la maturazione dei linfociti B. Gli anticorpi che reagirebbero con degli antigeni self (cioà gli anticorpi anti A per un individuo del gruppo A, quelli anti B per uno del gruppo B, nessuno per uno del gruppo 0) vengono poi eliminati tramite clonal deletion o inattivati tramite clonal anergy. Il fatto che gli antigeni A e B siano espressi anche dai batteri della flora intestinale, oltre che dagli eritrociti e dalle cellule endoteliali non cambia il meccanismo. Immagino che i linfociti attacchino i batteri che esprimono un antigene che non viene espresso dalle cellule dell’individuo.
    Io invece volevo chiedere: i linfociti di tipo B esprimono MHC 2, come anche i macrofagi. Le MHC 2 servono per presentare sulla superficie gli antigeni esogeni, derivati cioè dalla fagocitosi. Questo è ovvio per i macrofagi, ma per le B? I linfociti di tipo B sono in grado di effettuare la fagocitosi? se la risposta è no, da dove derivano gli antigeni esogeni presentati dalle loro MHC 2?

    • Arien Says:

      Forse non ho spiegato bene quello che non ho capito… tu dici: “gli anticorpi anti A e anti B vengono prodotti normalmente, come tutti gli altri anticorpi, nella forma di BCR durante la maturazione dei linfociti B. ” E fin qui ok… ma come fanno a sapere come sono fatti gli antigeni A – se il soggetto è di gruppo B (e viceversa) – se non li hanno mai visti?

      • bb Says:

        Arien: questo stesso “problema” esiste anche per tutti gli altri anticorpi che vengono prodotti, non solo per quelli anti-A e anti-B. La soluzione è che, tramite i processi genetici che precedono la sintesi degli anticorpi, le cellule sono in grado di produrre in maniera casuale un repertorio di proteine estremamente varie, e capita che alcune di queste si rivelino effettivamente adatte a legare gli antigeni con cui entrano in contatto, in questo caso i polisaccaridi A e B, in altri casi i determinanti antigenici dei batteri. In pratica non sa “come siano fatti gli antigeni”, ma va a tentativi e, sul numero di anticorpi che produce, finisce per indovinare..

  542. Renato Says:

    I linfocito B non hanno MHC II sulla membrana. Le MHC sono proteine a cui viene unito il peptide processato dalle cellule dell’immunità innata (dendritiche, macrofagi ecc). Sono i linfoiciti T, tramite i loro recettori TCR che legano le MHC (che però sono solo sulle membrane delle cellule che presentsano l’Ag)…i linfociti B, invece, si avvalgono di recettori BCR (che sono complessi Immunoglobulinici dati da 1 Ig di mem. più un complesso Ig alpha-Ig beta) che legano quindi direttamente l’Ag. L’attivazione provoca la proliferazione/diversificazione dei linfo B in B della memoria (poche) e plasmacellule. Le plasmacellule non hanno Abs di membrana e hanno vita breve(da qua la necessità di immortalizzarle per produrre Abs monoclonali), mentre quelle della memoria li devono avere per forza!….spero di non essermi sbagliato!

    • bb Says:

      Renato: ho capito che cosa intendi, ma ho trovato scritto sulle dispense (lecture 5) “MHC class II proteins are expressed only in certain cell lineages (such as macrophages and B cells) and present antigen to the other major subpopulation of T cells “.E’ questo che non mi era chiaro..

      • Renato Says:

        Mmmmm….non saprei…converrebbe chiedere se si tratta di una svista

      • Carmelo Zinnato Says:

        se leggi sempre nel paragrafo sulle MHC II dopo aver detto che sono espresse solo in certi tipi di cellule ti dice che i macrofagi possono esprimere peptidi esogeni grazie a un processo di fagocitosi ma altre cellule ( quindi suppongo i linfociti B ) anche grazie e processi di endocitotici ( mediati da recettore o in fase liquida ). spero di esserti stato d’aiuto!!

      • Renato Says:

        Grazie Carmelo. Però non ho ancora capito in che stadio ontogenetico siano queste B….

      • Carmelo Zinnato Says:

        direi cellule b mature

      • Renato Says:

        Grazie Carmelo, non riuscivo a capire in quale stadio dell’ontogenesi succedesse!

  543. Renato Says:

    Per essere più chiaro credo che solo le cellule fogocitiche dell’immunità innata esprimano MHC, mentre solo alcune tra quelle dell’immunità acquisita (T e forse NK-che però sn considerate cm funzionalmente appartenenti all’immunità innata) possano legarle tramite specifici recettori (come TCR)

  544. Chiara Says:

    Ciao a tutti! ho un dubbio: per quanto riguarda gli anticorpi, cosa si intende per “extranucleotidi” che codificano per il loop H3?

  545. Arien Says:

    Sulla dispensa c’è scritto “MHC class II proteins are involved in the presentation of exogenous antigens either as a result of paghocytic activity (as in macrophages or dendritic cells) or as a result of endocytosis (either receptor-mediated or fluid-phase pinocytosis).”. Forse la risposta è che i linfociti B usano l’endocitosi… però d’altra parte è giusto quello che ha scritto Renato!
    comunque grazie per le risposte bb, ora mi è tutto chiaro :)

    • Renato Says:

      Ho una teoria ma potrebbe essere una boiata pazzesca…le B prima di attivarsi hanno gli Abs sulla membrana. Dp aver legato l’Ag si attivano e si differenziano. Ora dato che le plasmacellule nn hanno la funzione di stimolare direttamente le T, si può supporre che non mettano neanche in atto i meccanismi per farlo (quindi esporre MHCII); per B credo si possano intendere quindi le cellule della memoria . Magari è possibile che nella differenziazione in B della memoria i complessi Ab-Ag sulla mem. Vengano riassorbiti sotto forma di vescicole, che poi vengono digerite. La porzione di Ag legata viene quindi scissa, processata e complessata con l’MHC II. Questo potrebbe essere anche il modo con cui, in parte, viene accorciato il tempo di latenza in seguito ad una seconda esposizione al patogeno.

      • bb Says:

        Non so, la teoria potrebbe funzionare, mi sembra solo strano che non sia spiegato da nessuna parte.
        Arien: Prego :)

  546. E.E Says:

    Mapping of some genes at the MHC locus indicate that the distribution of the aminoacidic substitutions occurs at preferred sites, which are highly polymorphic. Other sites are much less variable or they do not vary at all. It has been shown that the preferred sites for mutation are at the beta-sheet and the two alpha-helices which define the antigen – binding site.

    Can we conclude that ‘This phenomenon is the one that provides a high degree of specificity to the MHC proteins, so that they are the best tool for the self- non self discrimination process’?

    Thanks

  547. bb Says:

    To E.E: I teel you some definitions that might help, tell me if ou agree:
    Genetic polymorphism is the simultaneous occurence of different forms in the same locus in different chromosomes
    Genetic diversity is the proportion of plymorphic loci across the genome. Diversity is the genetic mechanism for specificity, since the more proteins are produced, the more likely it is that one will match the antigen.
    In the BCR and in the TCR, in CDR1 and 2, diversity is provided by genetic polymorphism.
    In BCR and in the TCR CDR 3, diversity is provided by genetic polymorphism AND junctional diversity
    In the soluble antibody, somatic hypermutation is added to the previous mechanisms.
    In the MHC, only genetic polymorphism is present.
    Sorry if I wrote such a long post to reply, but I have been thinking about it, and this is the complete picture I worked out. Tell me if you think it is right

  548. E.E Says:

    Instead of forms…alleles, I think it is clearer.
    ‘In the soluble antibody, somatic hypermutation is added to the previous mechanisms’. Yes. But the genetic processes responsible for the diversity of Ab are recombination and somatic hypermutation. I mean, polymorphism belongs to MHC only.
    Tell me, if you like, what you think about it

    • Renato Says:

      Yes I agree…but I have a doubt. If there are highly conservative loci against highly polymorphic, shouldn’t it mean that the frequency with which each combination should appear would be in some case lower and in some other higher higher than expected?

  549. E.E Says:

    As expected (not lower than) at the loci showing a low polymorphism level; higher than expected at the loci which are highly polymorphic. But I’m not sure I got what you mean.

    I have another question: which are the structural basis for cytokine antagonism (at the level of receptors and signalling pathways)?

  550. Lorenzo Says:

    Ciao a tutti!
    Per quanto riguarda la lezione sugli anticorpi monoclonali, non riesco a capire a cosa è servito fondere le coppie di mielomi? Cos’ha scoperto Milstein da questa cosa?

    • Angelo Says:

      Ciao Lorenzo!
      Il primo esperimento di Milstein e Kohler permise di comprendere che nella cellula ibrida le catene H e L (ereditate dalle cellule iniziali) venivano espresse in maniera codominante.

  551. E.E Says:

    What does distinguish immunoglobulin subclasses from one another? Eg What’s the difference between IgG2 and IgG3 or IgG1 or IgG4?

  552. E.E Says:

    I fear there’s no answer there…I mean, IgGs subclasses are mentioned but there’s no explanation on what makes classes and subclasses -of a specific class- different.
    Anyway…thanks for your reply.
    Does anyone know the precise role of RD(1,2 up to 5) found in BCG if compared to M.Bovis? I think they account for the loss of M.Bovis virulence, so that they also account for the attenuation process of BCG. But how can the awareness of these deletions make possilble the presence of new vaccines more effective than the current ones?

    • Renato Says:

      E.E about your first question: as you told different Ig (A,G,M) have different C sequences a, g, m. They’re all present at germinal stadium and when one of those is expressed the Ig has that specific isotype. Each isotype, then, can vary in individuals and in case of IgG were identified 4 subclasses enumerated on the base of their concentration. The sequences we’re speaking of are homologous for the 90-95% and the differ just on the dimensions of the hinge and the number of S-S linkage.

    • L.V. Says:

      “The subclasses – particularly in humans – have very similar primary sequences, the greatest difference being observed in the hinge region. The existance of subclasses is an important feature as they show marked differences in their ability to trigger effector functions. [...]
      IgG3 has a hinge that if fully extended would be about twice the length of the Fc, thereby potentially placing the Fab arms far removed from the Fc. On the other hand, IgG2 and IgG4 have short compact hinges that probably lead to close apporach of Fab and Fc. Interestingly, IgG1 and IgG3 are generally superior at mediating effector functions such as complement activation and ADCC relative to IgG2 and IgG4.” (Roitt’s)

  553. Penny Stocks Says:

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  554. ziiggg Says:

    ciao a tutti!
    non mi sono chiari alcuni punti sull’ipermutazione somatica..per esempio nei topics che si trovano al termine della lecture su questo argomento è citato “Phase 1 and phase 2 somatic hypermutation” ma non capisco molto in cosa consistano queste fasi. Il dubbio più grande però è il seguente: ung genera il sito abasico che viene riparato in 3 tappe(enzimi APEX1, POLBB e LIG3), ma questa riparazione non dovrebbe portare a una sequenza uguale a quella iniziale (come mostrato nella figura “short and long patch base excision repair”)? se il meccanismo consiste proprio nel fatto che la polimerasi sia incline all’errore allora che differenza c’è tra transizione e trasversione e perchè la transizione dC-dT è considerata “diretta”?

    • Chiara Says:

      La transizione dC-dT è diretta perchè è data direttamente dall’attività della sola AID, in ipotetica assenza di UNG. Se UNG è presente si forma un sito abasico che viene riparato e quindi è possibile avere sia transizioni che trasversioni.
      Per quanto riguarda la figura che dici tu, è vero, la riparazione porta a sequenza uguale a quella iniziale, ma perchè riguarda degli studi effettuati per ottenere quel risultato tramite degradazione e successiva riparazione, non la normale attività degli enzimi riparatori.
      Spero di esserti stata d’aiuto :)

    • Angelo Says:

      Per “Phase 1″ si intende la serie di reazioni che vanno dall’entrata in azione di AID alla formazione del sito abasico, mentre per “Phase 2″ tutto ciò che resta, fino alla completa riparazione del DNA. Per lo meno, ho capito così! =)

      • Angelo Says:

        L’ultimo mio commento non è preciso: ieri, nella lezione “Q e A” il Prof ha detto che con “Phase 1″ si intende l’azione di AID sulle coppie CG,mentre con “Phase 2″ -che non abbiamo trattato approfonditamente a lezione- si intende l’azione dello stesso enzima e di altri enzimi sulle coppie AT.
        Scusatemi. =)

    • ziiggg Says:

      Grazie mille per i chiarimenti :)

  555. yersiniapestis Says:

    @ziiggg:
    Ciao! Sperando di aver capito qualcosa, provo a risponderti ..
    Quella descritta nelle lezioni è prevalentemente la phase 1 del somatic hypermutation.. la phase 2 è stata solamente accennata.
    La riparazione del sito abasico non porta a una sequenza uguale a quella iniziale proprio perchè la polimerasi è error-prone e quindi l’inserzione del nucleotide è casuale.
    La transversione avviene solo se la replicazione del DNA avviene prima della riparazione del sito abasico, mentre la transizione avviene qualora la riparazione del DNA è avvenuta.
    Spero vivamente sia corretto .. :\

  556. Chiara Says:

    Ciao a tutti!
    ho una domanda riguardo la ricombinazione dei geni anticorpali: qualcuno potrebbe spiegarmi cosa succede alle sequenze intermedie durante la ricombinazione e come riesce quindi Baltimore, partendo da questo presupposto, a dimostrare la presenza di attività VDJ ricombinasica?

    • Renato Says:

      Riguardo a Baltimore ora nn mi viene in mente niente…cmq se per sequenze intermedie intendi le RSS (7-12/23-9) la risposta è dipende: se le sequenze hanno orientamento trascrizionale uguale (testa coda) la sequenza viene rimossa sotto forma di segmento circolare; se invece l’orientamento è opposto, la formazione della forcina non serve ad eliminare il segmento, ma a ribaltarlo; in questo modo la sequenza rimane ma il gene (per esempio J) a cui è attaccato viene riposizionato di fianco a V (se prima avevi RSS- V-RSS-J dp hai RSS- VJ-RSS). Inoltre il taglio delle sequenze da la possibilità di inserire i nt P e N (ricorda che nt N sono aggiunti solo nella catena H).
      Spero di esserti stai di aiuto!

  557. Fede Says:

    ciao ragazzi, per caso qualcuno saprebbe spiegarmi le strategie per produrre anticorpi isotipo/idiotipo/allotipo-specifici????

  558. Renato Says:

    Io ho dei dubbi riguardo all’esperimento di Mitchell e Miller.
    Loro dimostrano che le cellule che producono Abs sono quelle provenienti dal midollo (che in questo caso sono le CBA), mentre le C57B1/6 no(questo vuol dire che le hanno prelevate dal timo di questo F1?). In secondo luogo non ho capito cm lo dimostrano…intuitivamente mi verrebbe da pensare che prelevino delle cellule dalla milza del topo ricostituito e le dividano in 2 aliquote. Poi una la trattano in placca emolitica con anti-CBA ab+C’ e l’altra cn anti C57B1/6 Ab+ C’. A questo punto stimolano le 2 colture cn SRBC e vedono quali producono Abs. Vedendo che la coltura in cui l’Ab è regolarmente prodotto è quella cn le C57B1/6 deducono che siano le CBA a fare Abs…..ditemi che funziona così per favore!

    • ziiggg Says:

      ciao renato le cellule della F1 sono CBAxC57B1/6 e vengono prelevate dal dotto toracico di topi F1 (non dal timo). Inoltre l’esperimento non viene condotto in coltura ma in vivo. La dimostrazione si basa sul fatto che in questi topi i linfociti T e B possiedono antigeni differenti e quindi si può neutralizzare una o l’altra popolazione usando Ab anti-C57B1/6 o anti-CBA rispettivamente per linfociti T o B. i topi in cui era iniettato il primo Ab hanno una risposta anticorpale normale per cui significa che quella popolazione(linf. T) non è coinvolta nella produzione di Ab, mentre accade il contrario (la risposta crolla) se a essere “neutralizzati” sono i linfociti B.

  559. Renato Says:

    no rileggendo quello che ho scritto è evidente che non abbia senso…mooolto bene

  560. Fede Says:

    Ammetto che questo esperimento mi da qualche problema cmq ti dirò lo stesso quello che ho capito sperando che abbia senso. Vengono irradiati e timectomizzati dei topi adulti in modo tale da fargli perdere l’intera memoria immunologica acquisita nel corso del tempo, e subito dopo vengono ricostituiti con midollo singenico. Due settimane dopo viene iniettato l’antigene CRBC insieme a cellule T di CBE e C57BL/6 (F1). Facciamo passare ancora una settimana ed osserviamo la risposta immunitaria nella milza quando: 1) effettuiamo un trattamento con un anticorpo anti-CBA più complemento; 2) effettuiamo un trattamento con l’anticorpo anti-C57BL/6 e complemento. Si osserva che nel primo caso la risposta contro CRBC non si verifica mentre nel secondo caso si. La spiegazione, secondo me, consiste nel fatto che CRBC è una cellula estranea che il nostro sistema immunitario sconfigge opsonizzandola con anticorpi così da farla fagocitare dai macrofagi, quindi se le cellule B hanno qualche problema CRBC sarà libero di vagare nel nostro organismo. Le cellule T si occupano essenzialmente dei patogeni intracellulari e possono fare bene poco contro CRBC, infatti anche se nel caso 2 non potevano agire, la risposta immunitaria si è svolta regolarmente.

    • Renato Says:

      Si le cose stanno più o meno così, però il trapianto fatto dopo la ricostituzione non è. CBA e C57B1/6 ma un F1 tra le 2 (all’inizio anch’io non capivo perché pensavo che F1 fosse B1/6 e quindi CBA xB1/6 doveva essere un F2). Quindi anti C57B1/6 Ab è sufficiente a losare l’F1, mentre le CBA che producono Abs sn qll della ricostituzione;)

  561. Fede Says:

    perfetto questo pezzo mi mancava…. grazie tante ^_^

  562. ennepi Says:

    Ciao a tutt*,
    nella lezione sui trapianti ho un dubbio riguardo al riconoscimento degli allotrapianti: il problema della formazione del complesso TCR–MHCnon-self si pone solo se prendiamo in considerazione il meccanismo diretto di riconoscimento, giusto??
    Grazie in anticipo

  563. yersiniapestis Says:

    Hello everyone..
    I have had some problems with transplants and positive selection.
    In the lesson on transplantation we have said that foreign tissues are presented by foreign MHCs and we have said that this is due to the fact that the TCR does not recognize the specific sequence variations because buried by the peptide. Considering this, why does positive selection occur since we could virtually bind to all MHCs as the difference among them is not distinguished by the TCR?
    Thank you :)
    Have a nice day

    • ziiggg Says:

      I think positive selection occurs because you must delete all tcr that are unable to react with self-mhc.. In addition to this i think that normally tcr can distinguish the differences between different mhc as zinkernagel and doherty ‘s experiment suggests (but i’m not sure..)

      • yersiniapestis Says:

        Yes but still in positive selection we select TCRs with a specific affinity for sel-MHC.. Isn’t this useless if then Tcells bind also to foreign MHCs??

    • Gabriele Says:

      To be as simple as possible: some TCRs cannot bind even self-MHC. In this case they die, but that’s all about positive selection: it avoids keeping in our body cells which would not recognize even our MHCs.
      I think that’s the priority for our body under a Darwinian perspective: recognize self.
      The fact that they can recognize allo-MHC is considered less important and thus no mechanisms are triggered to prevent/favour it.

  564. Francesco Says:

    Buon giorno, desidererei chiarirmi una piccola cosa riguardo alla struttura degli anticorpi. I loops di VH (H1, H2, H3) hanno una consistente differenza in termini di lunghezza rispetto a quelli di VL (L1, L2, L3)?

    Chiedo ciò perchè, nel paragrafo riguardo alla struttura dei TCR (Lecture 8 del prof. Gherardi) si afferma che la lunghezza dei loops dei segmenti Valfa e Vbeta (dei TCR) assomiglia rispettivamente a quella dei segmenti VL e VH (degli anticorpi). Pertanto deduco che ci sia una differenza tra i loops di questi ultimi (VL e VH) in termini di lunghezza…Sbaglio?

  565. Martina Says:

    Buongiorno a tutti!
    Avrei un dubbio sul secondo esercizio del test di linfo-citotossicità che trovate a questo link: http://nfs.unipv.it/nfs/minf/dispense/immunology/lectures/files/images/lymphocytotoxicity_test.jpg
    Secondo me il genotipo del secondo paziente è A10 A11 B7 B45; però visto che la citotossicità A1 A11 è pari al 75% mentre quella A10 A11 è pari all’80%, e non si sa quale sia la citotossicità specifica di A1 e A10 mi è sorto questo dubbio: è possibile che il test non abbia dati sufficienti per identificare il genotipo?
    Grazie in anticipo per la risposta :)

    • Francesco Says:

      Secondo me i dati a disposizione non sono sufficienti per determinare il genotipo.
      Per quanto riguarda gli alleli A potrebbero essere benissimo A1, A10 e A11.
      Per gli alleli B mi pare che la situazione sia un po’ strana…soprattutto nel gruppo B27,B44, B45 (ultime quattro righe…)

  566. Fa Says:

    Buondì, qualcuno riuscirebbe a spiegarmi l’esercizio sulla V(D)J ricombinasi, in che casi la lettura delle basi è out of frame?
    Grazie per la disponibilità

    • Elena Says:

      Ciao, credo che l’esercizio a cui fai riferimento sia questo

      Nella prima riga trovi la sequenza dei segmenti Vk e Jk prima del riarrangiamento: sotto la sequenza dei nucleotidi e sopra quella degli amminoacidi nelle porzioni codificanti. La ricombinasi dovrebbe mantenere intatta la sequenza degli amminoacidi riportati: Ser,Thr, Pro, Trp Thr Phe.
      Durante la fase di trimming, la ricombinasi elimina delle basi tra il segmento codificante e la sequenza target: in questo modo il frame di lettura può essere alterato.
      Nella seconda riga la sequenza è in frame: i nucleotidi non codificanti che vengono lasciati sono TRE e fanno appunto una tripletta. Gli amminoacidi dopo la Prolina non sono modificati (Ser, Thr, Pro, Pro, Trp, Thr, Phe).
      Nella terza riga la sequenza codificante è uguale a quella della prima riga e il riarrangiamento è in frame.
      Nella quarta riga viene eliminato UN solo amminoacido, quindi la sequenza dopo questo è alterata perchè le triplette non sono formate dagli stessi nuceotidi della prima riga. Lo stesso avviene nella quinta riga, dove i nucleotidi eliminati sono DUE e abbiamo Val, Asp, Val invece di Trp, Thr, Phe.

  567. Fa Says:

    gentilissima, grazie ancora.

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